Sporenmessung

Hallo Martin,

die Kästen sind für die Sporenmessungen: Die lange Achse des Rechtecks für die Sporenlänge, die kurze Achse für die Breite.

Angesichts deines Motivs vermute ich, du wolltest die Kalibrierung vornehmen: Dafür musst du auf "µm kalibrieren" klicken statt auf "Spore messen". Dann bekommst du, wie du es erwartest, nur eine einfache Linie.

Beste Grüße

Sabine

Hallo Mario,

wenn ich die Maße als Exceltabelle abspeichere sind die MW-Maße oben/unten in der Tabelle vorhanden wie gewünscht. Und sie entsprechen denen vom Fischer'schen Programm. Super!

Genau diese Maße meinte ich. Die braucht man als Angabe für die Sporengrößen.

Auf der Programmseite sind rechts unten die absoluten Min-Max Werte zu sehen.

Wenn man in einem Artikel die Sporenmaße angibt, dann macht man das meist in den MW-Bereichsgrenzen.

Im obigen Beispiel wäre das:

Sporen: 17,94-19,78 x 13,34-15,03 µm, Q: 1,25-1,42 oder noch "genauer"
Sporen: 17,94-18,86-19,78 x 13,34-14,18-15,03 µm, Q: 1,25-1,34-1,42

bzw. besser lesbar (eigentlich auch das Vernünftigste in meinen Augen)

Sporen: 17,9-18,9-19,8 x 13,3-14,2-15,0 µm,

Q: 1,25-1,3-1,4

Das wäre die optimale Angabe.

Wenn das noch unten stehen würde.....

Mario,

du hast hier ein verdammt gutes Werkzeug genau für das Messen von Pilzsporen geschaffen, das sich einfach bedienen lässt und alle wichtigen Ergebnisse berechnet.

Das blau markierte oben wäre das Sahnetüpfchen auf der Torte.

So oder so, ich werde das Programm verwenden.

Liebe Grüße

Peter

Hallo Mario,

Glückwunsch zu dem Programm!
Aber es ist nicht nur der geschätzte Mittelwert von L, B, Q und V unter Zugrundelegung eines Vertrauensniveaus von z.B. 95 % interessant. Auch die Schätzwerte der Populationsgrenzen (der Von-bis-Werte) von L, B und Q sind sehr wichtig. In vielen ernstzunehmenden Büchern, z.B. in "Pilze der Schweiz", werden die geschätzten Populationsgrenzen angegeben, nicht dagegen die Mittelwerte (Definition auf S. 15 in Band 3). In anderen Büchern findet man sowohl als auch, z.B. in Christan, J. "Die Gattung Ramaria in Deutschland" oder auch in der Buchreihe "Fungi of Northern Europe".

Herzliche Grüße

Bernd

Hallo Mario,

ich kann mich nur anschließen und sagen, dass das Programm Top ist 🙂👍

Zitat von Peter

Sporen: 17,9-18,9-19,8 x 13,3-14,2-15,0 µm,

Q: 1,25-1,3-1,4

Zitat von Peter

Das blau markierte oben wäre das Sahnetüpfchen auf der Torte.

Genauso sehe ich das auch 🙂👍

Mario dein Programm wird auf jeden Fall eine Menge Arbeit erleichtern.

Jetzt geht es erst einmal in den Wald ein paar Pilze suchen und dann wird dein Programm ausgiebig benutzt

VG : Thorben

Hallo Mario,

das war für mich anfangs auch nicht klar.

Beispiel für den Mittelwert der Sporenlänge: Das ist das arithmetische Mittel der Länge aller Sporen auf dem Objektträger. Hat man z.B. 200.000 Sporen auf dem Objektträger, dann muss man zur Ermittlung des Mittelwerts alle 200.000 Längen einzeln ausmessen, alle Werte addieren und das Ergebnis durch 200.000 dividieren. Damit hat man dann den Mittelwert aller Sporen. Das geht genauso, wie wenn man den Notenschnitt in der Schule bestimmt, z.B. den Notenschnitt in der Deutschnote aller Realschüler in Deutschland.
Da man aber nur, sagen wir, 25 Sporen zum Ausmessen heranzieht, muss man eine Hochrechnung auf die Gesamtheit aller Sporen durchführen. Man kann das guten Gewissens tun, da man weiß, dass sich die Größenverteilung von Sporenlängen (ebenso wie von Sporenbreiten, Schlankheitsgraden und Volumina) mit der Gauß'schen Normalverteilung beschreiben lassen.

Das Ergebnis dieser Hochrechnung ist aber kein einzelner Wert, sondern ein Intervall, ein Wertebereich, innerhalb dessen sich der wahre Mittelwert irgendwo befindet.

Herzliche Grüße

Bernd

Zitat von huehnchen69

Hallo Martin,

die Kästen sind für die Sporenmessungen: Die lange Achse des Rechtecks für die Sporenlänge, die kurze Achse für die Breite.

Angesichts deines Motivs vermute ich, du wolltest die Kalibrierung vornehmen: Dafür musst du auf "µm kalibrieren" klicken statt auf "Spore messen". Dann bekommst du, wie du es erwartest, nur eine einfache Linie.

Beste Grüße

Sabine

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Hallo Sabine,

ich wollte tatsächlich erstmal ausprobieren wie man eine einfache Linie zieht zum Sporen messen. Ist das ausschließlich zum kalibrieren möglich?

LG Martin

Sporen: 17,9-18,9-19,8 x 13,3-14,2-15,0 µm,

Q: 1,25-1,3-1,4

Hallo Mario,

diese beiden Angaben beinhalten alles, was der Mykologe an Maßangaben braucht. Die Mittelwerte sind enthalten und der Bereich bis zu den Konfidenzgrenzen (Vertrauensbereich).

Die absoluten Min/Max-Werte braucht man normalerweise nicht. Diese "Ausreißer" gibt man nur in Ausnahmefällen an.

Wenn der Platz auf der Fläche rechts unten im Programm nicht ausreicht, muss es auch nicht so wie oben dargestellt werden.
Stattdessen geht genausogut

Auswertung

L 17,9-18,9-19,8 µm
B 13,3-14,2-15,0 µm

Q 1,25-1,3-1,4

oder irgendwie ähnlich.

Ich fände es irgendwie schade, wenn die fertige Auswertung nicht auf der Seite erscheint.

Gruß

Peter

PS: Bei der verbesserten Programmversion wollte mein Virenscanner (NORTON) keine Bewilligung erteilen...

Zitat von Mushroom Martin

Hallo Sabine,

ich wollte tatsächlich erstmal ausprobieren wie man eine einfache Linie zieht zum Sporen messen. Ist das ausschließlich zum kalibrieren möglich?

Hallo Martin,

die Linie braucht man nur einmal zum Kalibrieren.

Lade einfach mal ein Bild mit Sporen. Ziehe eine Linie von der du denkst, sie könnte 10 µm lang sein.

Danach kannst du sofort die Sporen mit dem Rechteck messen.

Wenn du das Prinzip verstanden hast, wirst du zum Kalibrieren die Linie nicht "einfach so" ziehen, sondern dazu das Bild eines Objektmikrometers nutzen. Einmal kalibriert kannst du dann alle Sporen messen, die mit dem gleichen Objektiv aufgenommen wurden.

Gruß

Peter

Zitat von Peter

Zitat von Mushroom Martin

Hallo Sabine,

ich wollte tatsächlich erstmal ausprobieren wie man eine einfache Linie zieht zum Sporen messen. Ist das ausschließlich zum kalibrieren möglich?

Hallo Martin,

die Linie braucht man nur einmal zum Kalibrieren.

Lade einfach mal ein Bild mit Sporen. Ziehe eine Linie von der du denkst, sie könnte 10 µm lang sein.

Danach kannst du sofort die Sporen mit dem Rechteck messen.

Wenn du das Prinzip verstanden hast, wirst du zum Kalibrieren die Linie nicht "einfach so" ziehen, sondern dazu das Bild eines Objektmikrometers nutzen. Einmal kalibriert kannst du dann alle Sporen messen, die mit dem gleichen Objektiv aufgenommen wurden.

Gruß

Peter

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Hallo Peter,

meine Frage bezog sich nicht auf die Kalibrierung. Wie man mit dem Programm eine Linie zieht und kalibriert ist mir klar. Worauf ich hinaus will: Für ellipsoide, eiförmige und einige weitere macht das mit dem Rechteck Sinn. Problematisch wird es bei deutlich ungewöhnlicheren Formen: stark gekrümmten bzw. allantoiden Sporen, bohnen- oder nierenförmigen Sporen, dreieckigen/eckigen Sporen, stark asymmetrischen Sporen, Sporen mit langem Apikulus oder Anhängseln sowie stark ornamentierten Sporen. Deshalb hat mich hier interessiert, wie ich ganz klassisch vermesse per Linie.

LG Martin

Zitat von Trino

Zitat von Mushroom Martin

Hallo Sabine,

ich wollte tatsächlich erstmal ausprobieren wie man eine einfache Linie zieht zum Sporen messen. Ist das ausschließlich zum kalibrieren möglich?

LG Martin

Hallo Martin,

das Programm ist grundsätzlich entstanden auf die Idee Entoloma Sporen zu messen. Dabei muss man sich ein Viereck um die Sporen denken, aber ich wollte mir den nicht denken sondern damit auch messen. Daher kann man nur vierecke zum messen nutzen. Man kann natürlich auch andere Sporen damit messen.

Grüße Mario

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Zitat von Trino

Zitat von Mushroom Martin

Hallo Sabine,

ich wollte tatsächlich erstmal ausprobieren wie man eine einfache Linie zieht zum Sporen messen. Ist das ausschließlich zum kalibrieren möglich?

LG Martin

Hallo Martin,

das Programm ist grundsätzlich entstanden auf die Idee Entoloma Sporen zu messen. Dabei muss man sich ein Viereck um die Sporen denken, aber ich wollte mir den nicht denken sondern damit auch messen. Daher kann man nur vierecke zum messen nutzen. Man kann natürlich auch andere Sporen damit messen.

Grüße Mario

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Hallo Mario,

ok, danke für die Erklärung. Dann hat sich das ja geklärt.

LG Martin

Hallo Mario,

irgend etwas mache ich falsch vom Übergang Kalibrierung zur Messung:

Wenn ich kalibriert habe, steht oben "1 px = 0,01724562 µm - Referenz 80 µm". Oben springt der Button von "µm kalibrieren" auf "Spore messen". Den Kalibrierwert muss ich jetzt noch abspeichern mit "Speichern unter ...", oder?

Wenn ich danach ein Sporenbild ins Messfenster hineinziehe, steht oben mit einem Mal "Noch kein Maßstab - Messwerte in px". Was mache ich falsch?

lg - Bernd

Hallo,

ich habe das Programm gestern kurz ausprobiert. Auf meinem Laptop mit eher geringer Auflösung gab es diverse Grafikfehler, bspw. die Sporentabelle auf der rechten Seite war zusammengeschoben, so dass man die Werte nicht lesen konnte. Aber das sind halt die vielen kleinen Bugs, die es Stück für stück rauszufischen gilt. Da ich beruflich Software teste, weiß ich um den Aufwand, eine Software rund und bugfrei zu bekommen. Kompliment für den erreichten Stand!

Ich habe noch einen Vorschlag. Mit dem Mousepad kann man ganz passabel die einzelnen Sporen mit Rechtecken umranden. Der zeitliche Aufwand dafür ist allerdings je Sporen nicht brutal weniger als das Messen mit dem Messokular. Daher ein Gedanke: richtig Benutzbar wäre ein solches Tool, wenn es die Sporen selbst mittels Bilderkennung erfassen und mit einem Rechteck umranden könnte. Man könnte der SW etwas dabei helfen und bspw. alle zu messenden Sporen anklicken. Ein solche Feature ist natürlich eine ganz andere Hausnummer, weil da sehr viel Bilderkennung reinspielt. Als Nutzer stelle ich mir so ein feature aber als extrem zeitsparend vor.

Was denkst Du darüber?

Zitat von Mushroom Martin

Problematisch wird es bei deutlich ungewöhnlicheren Formen: stark gekrümmten bzw. allantoiden Sporen, bohnen- oder nierenförmigen Sporen, dreieckigen/eckigen Sporen, stark asymmetrischen Sporen, Sporen mit langem Apikulus oder Anhängseln sowie stark ornamentierten Sporen. Deshalb hat mich hier interessiert, wie ich ganz klassisch vermesse per Linie.

Hallo Martin,

die Messung mit dem Rechteck ist optimal. Das Rechteck lässt sich verschieben, wie man es braucht. Da ist es vollkommen egal, ob die Sporen bohnenförmig, allantoid, ornamentiert oder sonstwas sind. Das Rechteck steht bei stark gekrümmten Sporen dann teils außerhalb der Spore, aber es klappt immer ganz leicht.

Zitat von Bernd Miggel

Hallo Mario,

irgend etwas mache ich falsch vom Übergang Kalibrierung zur Messung:

Wenn ich kalibriert habe, steht oben "1 px = 0,01724562 µm - Referenz 80 µm". Oben springt der Button von "µm kalibrieren" auf "Spore messen". Den Kalibrierwert muss ich jetzt noch abspeichern mit "Speichern unter ...", oder?

Wenn ich danach ein Sporenbild ins Messfenster hineinziehe, steht oben mit einem Mal "Noch kein Maßstab - Messwerte in px". Was mache ich falsch?

lg - Bernd

Hallo Bernd,

statt "speichern unter" nach der Kalibrierung "Referenz speichern". Beim neuen Bild "Referenz laden". Dann klappt es.

Zitat von Chorknabe

Daher ein Gedanke: richtig Benutzbar wäre ein solches Tool, wenn es die Sporen selbst mittels Bilderkennung erfassen und mit einem Rechteck umranden könnte. Man könnte der SW etwas dabei helfen und bspw. alle zu messenden Sporen anklicken. Ein solche Feature ist natürlich eine ganz andere Hausnummer, weil da sehr viel Bilderkennung reinspielt. Als Nutzer stelle ich mir so ein feature aber als extrem zeitsparend vor.

Was denkst Du darüber?

Hallo Thomas,

für professionelle Anwendung bestimmt eine gute Sache. Wird auch anständig was kosten, wenn es gut sein soll.

Alles was ich aber bisher gesehen habe, fand ich nicht zufriedenstellend. Da waren zu viele Fehler dabei. Ich kann mir auch nicht vorstellen wie das bei der Vielzahl der Sporenformen ordentlich funktionieren soll. Momentan ist das nur Zukunftsmusik für mich.

Wobei ich mich frage, braucht der Hobbymykologe sowas wirklich????

(Sowas frage ich mich bei den modernen Assistenzsystemen im Auto allerdings auch....)

Hallo Mario,

NORTON meckert nicht mehr - danke!

Gruß

Peter

Zitat von Peter

für professionelle Anwendung bestimmt eine gute Sache. Wird auch anständig was kosten, wenn es gut sein soll.

Alles was ich aber bisher gesehen habe, fand ich nicht zufriedenstellend. Da waren zu viele Fehler dabei. Ich kann mir auch nicht vorstellen wie das bei der Vielzahl der Sporenformen ordentlich funktionieren soll. Momentan ist das nur Zukunftsmusik für mich.

Hallo Peter,

Du hast schon recht - hier steht dem Aufwand kein sinnvoller Nutzen entgegen, zumindest nicht für den Hobby Bereich. Vermutlich ist der Worklfow mit einer richtigen Maus sehr viel schneller als mit dem Mousepad, und damit dem alten Workflow mit Messokular deutlich überlegen. Zumal man am Ende sogar ein Bild hat, in dem die gemessenen Sporen markiert sind.

Die Sporenerkennung mittels Bilderkennung ist aus meiner Sicht eine typische KI-Anwendung und wird fraglos in weniger Jahren extrem performant sein. Die möglich optischen Muster von Sporen sind ja bekannt, insofern ist ein gezieltes Anlernen der KI aus meiner Sicht möglich.

Hallo Mario,

von automat. Bilderfassung halte ich nicht viel. Wenn man z.B. Sporen von Lactarius oder Russula hat und die Ornamente natürlich nicht mitmessen möchte, mache ich das lieber manuell.

Noch eine Frage: Zur statistischen Auswertung der Populationsgrenzen und des Mittelwertes braucht man so etwa 20-30 zu vermessende, repräsentative Sporen. Die sind aber, zumindest bei mir, immer auf mehreren Fotos verteilt. Z.B. sind nur 3 oder 4 repräsentative Sporen auf einem Einzelfoto. Oft sind es daher bis zu zehn Sporenfotos, die ich hernehmen muss, um genügend repräsentative Sporen herauszufischen. Deshalb: Kannst du die Ergebnisse stehen lassen, bis man tatsächlich mit allen relevanten Sporenfotos fertig ist?

Herzliche Grüße

Bernd

Hallo Bernd,

ich benutze ja das Smaff von Jens Wilk. Das Problem mit der Sporenmenge auf einzelnen Fotos hatte ich damals so gelöst, dass ich aus allen Sporenfotos die Sporen einfach per Photoshop "Stempelwerkzeug" auf ein Foto transferiert habe; von diesem "Sammelfoto" wurde dann die Sporenmessung gemacht (per Axiovision von Zeiss, und mit Smaff ausgewertet).

Grüßle

Jürgen

Hallo Mario und Jürgen,

ich habe bisher die Excel-Tabelle von Gerd Fischer mit Erfolg verwendet. Da bleibt die Ergebnistabelle offen, bis man sämtliche bis zu 50 Sporen, verteilt auf mehrere Bilder, vermessen hat. Alles andere wäre mir einfach zu viel Arbeit.

lg - Bernd

Hallo Bernd,

soviel ich weiß, basiert das Smaff auf Gerd Fischers Excel-Tabelle. Die zwei hatten sich damals sehr intensiv ausgetauscht. Vielleicht meldet sich der Jens hier noch, und kann was dazu sagen. Ich benutze noch eine veraltete Version, ich weiß nicht ob Jens das für höherer Win-Versionen weiterentwickelt hat.

Grüßle

Jürgen

Noch ein Problemchen:

Ich habe ein hier ein Foto mit Sporen von Lepista ricekii. Die Sporen sind, wie bei vielen Clitocybe- und Lepistaarten, sehr klein. Wie beim angehängten Screenshot vorstellen kann, wird das Ausmessen der einzelnen Sporen schwierig. Wenn es die Möglichkeit zu zoomen gäbe, wäre das Problem gelöst.

lg - Bernd

Bernd, du kannst doch zoomen. Mit dem Mausrad (das ich nicht habe) oder über die +/--Tasten oben, wo der Vergrößerungsfaktor angezeigt ist.

Beste Grüße

Sabine

Hallo Sabine,

bin halt etwas schwer von Begriff, gehöre inzwischen zu den Ü-Achtzigern.

LG - Bernd

Hallo Mario,

in der Ergebnistabelle ist auch die Fläche in µm² enthalten. Ich finde in einigen ernstzunehmenden Monografien das Volumen, aber nicht die Fläche.

LG - Bernd