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letzter Beitrag von Wolfgang P. am

Sporenstatistik - welche Software?

  • Hallo zusammen,

    ich habe mir in den Kopf gesetzt, unseren verwahrlosten Desktop-PC plattzumachen und neu aufzusetzen.


    Das scheint kein großes Problem zu werden, Programmsoftware und Lizenzcodes sind komplett, nur die bis jetzt benutzte Sporenstatistiksoftware "Smaff" des mittlerweile gesperrten Mitglieds "Krötenhocker" fehlt mir im Sortiment. Die Software steht auch nirgendwo mehr zum Download zur Verfügung.


    Hat jemand von Euch einen Tipp, wo man "Smaff" herbekommt oder was man stattdessen verwenden könnte? "Smaff" erntete ja auch Kritik. Worauf die sich bezog, weiß ich leider nicht mehr.


    Viele Grüße

    Ralph

  • Hallo Ralph,


    ich habe Smaff 3.0 und denke, Jens hätte wohl nichts dagegen, dass ich es weitergebe.


    Ich selbst benutze es aber gar nicht, weil mein 20 Jahre altes Programm, das damals Olympus vertrieben hat ("analySIS"), für mich noch benutzerfreundlicher und perfekt auf die (ebenfalls 20 Jahre alte) Hardware abgestimmt ist.


    Für die Zukunft wollte ich mich irgendwann mal mit ImageJ und dem AddOn "micro-manager" beschäftigen, was beides OpenSource ist und laut Doku im Funktionsumfang sehr viel mächtiger (aber daher vielleicht auch komplizierter zu bedienen???) ist als alles, was ich sonst kenne.


    Grüße,


    Wolfgang


    ggf. weiteres per PM

  • Hallo Wolfgang, hallo Karl,


    ich danke Euch für die Infos. Ich meine, ich hätte Smaff unter Win10 noch benutzt und möchte es gerne nochmal probieren. Wolfgang, ich schicke Dir eine PN.:)


    ImageJ und seine Möglichkeiten werde ich demnächst -auch zum Ausmessen von Sporen- in Angriff nehmen. Es gibt ja einige Tutorials, das sollte man hinbekommen.


    Viele Grüße

    Ralph

  • Grüezi


    Sporen mit ImageJ/Fiji zu messen ist kein grosses Problem. Aber die Mittel um die Messdaten statistisch auszuwerten liefert es wohl nicht, es ist ein Bildbearbeitungsprogramm. Inwiefern Micromanager hilfreich sein soll versteh ich nicht. Damit kann man automatisierte Mikroskope zu steuern. Weiss nicht wieviel Amateure Zugriff auf solche Spielzeuge haben.

  • Ich bin auf eine Diskussion gestoßen, wonach Smaff unter Win10 Probleme mit den Grafiken hätte. Das erklärt, warum ich bis jetzt damit klar kam. Die Grafiken hatten mich nie interessiert…


    Viele Grüße

    Ralph

  • Hallo,


    ich wundere mich immer wieder, wie gering Piximetre verbreitet ist. Ich habe jedenfalls an der Software nichts auszusetzen. Sie ist kostenlos, läuft stabil, ist total easy-to-use und bietet mehr Statistiken, als ich jemals brauchte. Spricht denn irgendetwas gegen diese Software, das mir nicht bekannt ist?


    www.piximetre.fr


    Grüße


    Lukas

  • 'n Abend,


    als Minimalist (fauler Hund) verwende ich diese Freeware, Makroaufmaßprogramm


    Reicht für meine Zwecke,



    Den Länge-Breiten-Qutienten liefert's auch,


    Export_Laengen-Breiten-Quotient_12.05.2021_54.txt


    Schwachstellen gibt es, die Software funktioniert bei der Vermessungen anders herum. Zuerst die Breite messen, dann die Länge. Für die Berechnung des Q-Wertes bedarf es einer ungeraden Anzahl an Messstrecken.

    Pluspunkt: kostet nix.


    lgpeter

    p.s.

    Dass Sporen von Asco's nicht in Baumwollblau vermessen werden ist mir bekannt, :gklimper:

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    Es reicht ein Hut aus Zunderschwamm als Statussymbol. Brennt nur der Kopf, wenn der Blitz einschlägt.

    Chips: 52 - 5 für Pablo = 47

    47 - 10 für APR 2019 = 37,000

    + 5 ausm APR = 42

    - 20 für die Leistungsträger,

    22. Ingo mag nicht, = 27.

    27 -10 für APR 2020 = 17 + ein Kerzenstummel

  • Hallo an alle,

    laut den Tutorials kann ImageJ weit mehr als Bildbearbeitung, z.B. sogar eine Partikelanalyse, d.h. erkennt selbst die Sporenränder und berechnet die Parameter

    siehe

    Analyze Menu

    Der Micro-Manager bringt Treiber für alle gängigen CMOS-Kameras dazu. Die Treiber für den Schrittmotor am Objekttisch dürften die wenigsten Freizeitmykologen benötigen. Wie oben geschrieben - eher für den Einsatz an Unis, aber eben kostenlos.


    Piximetre werde ich mir merken, davon habe ich noch nie gehört, allerdings schreckt mich die französische Hilfe.


    MICAM könnte auch einen Test wert sein.


    Danke und Gruß,


    Wolfgang

  • Grüezi


    Ich habe hier mit ImageJ mal zum Spass Poren gezählt. Das funktioniert ganz gut. Dass das mit Sporen genau so gut funktioniert kann ich mir nicht vorstellen. Man muss das Bild dafür zuerst binär und die zu vermessenden Objekte scharfkan machen und das dürfte eher schwierig sein bei hyalinen Sporen wo der Kontrast zum Hintergrund eher klein ist. Man müsste es auch schaffen, dass nur Sporen gezählt werden, die richtig liegen. Man kann zwar die Rundheit der zu zählenden Objekte angeben aber das stelle ich mir eher unpraktisch vor. Bis man da den richtigen Wert gefunden hat hat man die Sporen längst von Hand vermessen. Auch kann Analyze Particles zwar unglaublich viele Werte ausspucken aber ich weiss nicht wie man es dazu bringt einfach nur Länge mal Breite zu messen. Und wie man kontrolliert ob es denn auch schön rechtwinklig gemessen hat weiss ich erst recht nicht. Aber runde, dunkle Sporen vor einem hellen Hintergrund zu vermessen dürfte problemlos gehen, das ist richtig.

    Und die Statistik, also Messwerte in so eine Form bringen wie unten, das kann man damit wohl wirklich nicht. Das wird wohl mit Sporenstatistik gemeint sein.


    11,4 [14,6 -15- 15,4] 18,6 x 11,4 [14,6 -15- 15,3] 18,6
    Q = 0,9 [ -1- ]
    1,1 ; N = 100 ; C = 95%


    Aber ich habe diese Excel Vorlage gefunden die das kann. Ist etwas zu umfangreich und ich verstehe weder von Excel noch von Statistik genug um es auf das Nötigste zu beschneiden aber es funktioniert.


    € Ich seh grad dass man das kleinste mögliche Rechteck um jedes Objekt legen lassen kann. Das liefert tatsächlich Länge mal Breite. Jedenfalls solange die Sporen nicht allantoid sind. Trotzdem bleibt noch das Problem mit der Lage der Spore zur Schärfeebene, es ist immer noch mehr Aufwand als einfach mit Mausklicks zu messen und es liefert im besten Fall die Daten aber die Statistik nicht. Ich lasse mich natürlich gerne eines besseren belehren, ich mag das Programm nämlich irgendwie. :)

  • Hallo zusammen,


    ich danke Euch für die weiteren Tipps!

    Exactement! Trotzdem schau ich mir ImageJ an, da es mehr Messkomfort bietet, als ich das von Axiovision gewohnt bin.


    Piximetrie scheint alles mit einer Klappe zu schlagen und es kann auch Statistik, offenbar sogar auf recht hohem Niveau. Meine Französischkenntnisse haben nachgelassen, aber es gibt ja auch den Google Translator. Einfach die URL der frz. Webseite einfügen!


    Das von Wolfgang vorgeschlagene MICAM ist offenbar ein reines Messprogramm, mit dem man z.B auch Krümmungsradien ermitteln kann. Es setzt Maßstabsbalken und kann im Gegensatz zu Axiovision auch Messreihen.


    Axiovision wird von Zeiss übrigens nicht mehr zum Download angeboten, ich habe aber noch eine relativ aktuelle Installationsdatei - falls das jemand interessiert…


    Viele Grüße

    Ralph

  • Und die Statistik, also Messwerte in so eine Form bringen wie unten, das kann man damit wohl wirklich nicht. Das wird wohl mit Sporenstatistik gemeint sein.

    Hallo an alle,


    wie schon oben geschrieben, ist es bei mir alles noch ein theoretisches Wissen, aber in der ImageJ-Hilfe steht:


    Zitat

    30.3 Summarize

    For each column in the Results Table↑, calculates and displays the mean, standard deviation, minimum and maximum of the values in that column. This command is also available by right-clicking on the Results Table↑.

    Das wären also genau die Daten zu Mittelwert, Min. und Max-Werte etc., wenn auch nicht in der oben aufgeführten - ohnehin nur bei Mykologen üblichen - Schreibweise.


    Grüße,


    Wolfgang

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