Hallo an alle,
ich schreibe das immer wieder mal an verschiedenen Stellen, vielleicht kann ein Mod so einen Thread mal oben anheften?
Ich schicke meine Proben an Pablo Alvarado nach Spanien (http://www.alvalab.es).
Pablo ist sehr verständnisvoll zu Freizeitmykologen mit kleiner Probenzahl.
Eine Probe kostet knapp 25 EUR.
Dazu reicht ein erbsengroßes Stück, oder besser ein Scheibchen (trocknet schneller und lässt sich besser in einen Briefumschlag stecken). Theoretisch reicht auch ein Stecknadelkopf-großes Stück oder noch weniger, aber das geht dann leicht verloren.
Jede Probe kommt in einen Druckverschlussbeutel 40x60mm mit Deinen Initialen und einer laufenden Nummer.
Wichtig ist, dass die Probe nach dem Sammeln möglichst schnell, aber unter 40° getrocknet wurde. Nach einer Nacht im Kühlschrank ist die DNA oft schon zerfallen.
Also auf einen Dörrex mit Lüftung und Temperaturregelung, oder in ein Glas mit Silicagel und gefriertrocknen im Tiefkühlschrank (ca. 1 Woche).
Schick' parallel zum Brief eine E-Mail (auf englisch) an Pablo, wo Du Deine Proben ankündigst.
Pablo schickt Dir dann eine Rechnung und die Messdaten, aber auch gleich einen schnellen Blast gegen die Genbank mit dem Artnamen.
Du bekommst eine .ab1-Datei, was letztlich ein Diagramm von gefundener Base gegen Position auf der DNA ist.
Die muss man in einem Programm, z.B. MEGA 11 bearbeiten. Die "unsauberen" Bereiche wie hier links in grau muss man wegschneiden.
Das Ergebnis kannst Du in einen Buchstabensalat CGGTCCAGCGAAG... umwandeln und speichern, was man eine "Fasta-Datei" .fas nennt.
Die kann man in der Genbank einfügen und mit Referenzdaten vergleichen ("blasten").
Gruß,
Wolfgang
