Hi Oliver,
Da bin ich gespannt, was Du von GBOL berichtest.
Die 2, 3 Projekte, von denen ich weiß, mussten selbst noch Geld mitbringen, damit es für die Sequenzierung reicht. Ja, auf der Webseite liest es sich anders.
Deinen Traum teile ich, aber die konkrete Hoffnung, dass verantwortliche staatliche Stellen sich dafür interessieren, nicht.
Gruß,
Wolfgang
Hi Sebastian,
die neuen Galerina-Mikros sind jetzt gut geeignet, und ich sehe keine Schnalle. Du hast mich überzeugt.
Der beste Galerina-Schlüssel ist übrigens von de Haan und Walleyn in Fungi non delineati (3 Hefte).
Wolfgang
Hallo Schupfi,
den Chemikalienpreis für Extraktion und PCR hatte ich von einer beliebigen Webseite - kann gut sein dass da 'was zu sparen ist.
Der Hauptfaktor ist aber immer noch die Arbeitszeit. Das sieht man auch bei den Preisen von Hoozier, die ja von 9$ auf 1.75$ sinken, wenn man statt kleiner Menge Einzel-Exsikkate viele "tissue in tube", also Lamellenstück in einem Eppendorf-Gefäß einliefert. Wie man den ganzen Rest des Prozesses für 1,75 schafft, ist mir noch ein Rätsel - da hätte ich als DGfM Schatzmeister noch kein Problem das 2000fach zu sponsern...
Die reine Sanger-Sequenz kostet in Spanien übrigens 6 €, der Rest der 20+ € ist Vorbereitung.
Für die digitale Funderfassung von Pilzen baut das Rote-Liste-Zentrum gerade eine Webseite auf Basis von Indicia, die für den Zweck geeignet wäre.
Staatliche Fördermittel ist dagegen gerade schwierig. Mit der FDP-Ministerin geht ohne Industriepartnerschaft nix mehr.
In welchem öffentlichen Herbar die Exsikkate am Ende hinterlegt sind, ist schon fast wieder egal, solange es am Fundpunkt angegeben ist.
Grüße,
Wolfgang
Hallo Schupfi, hallo Thorben,
Danke für die Anregungen.
Was Neubeschreibungen und Typisierungen angeht: da sind die Kompetenzen in DE auch auf zwei Handvoll Leute beschränkt, was Großpilze anbelangt. Lassen wir das mal außen vor, und gehen auch davon aus, dass nur mikroskopierte Proben akzeptiert werden.
Wenn man sich zum Ziel setzt, pro Jahr 2 FlowCell-Platten zu füllen (also 2000 Funde), sind das 2 T€.
Dann braucht man die Chemikalien für PCR: 5 T€.
Die Arbeitszeit für die PCR: an einem Tag schafft man vielleicht 40 Proben. Für 2000 Proben also 50 Arbeitstage - das ist ehrenamtlich nicht mehr zu stemmen, sondern entspricht 1/4 Stelle, 15 T€.
Damit hat man die Computer-Arbeitszeiten noch nicht abgedeckt. Der Finder will vielleicht eine E-Mail mit dem Ergebnis etc.
Also rund 25 T€/Jahr an laufenden Kosten. Das könnte die DGfM mit dem heutigen Budget nicht mehr aufbringen.
Grüße,
Wolfgang
Hallo Sebastian,
zur Galerina: auf dem 2. Bild der Basidien zeigst Du in der Mitte eine m.E. eindeutige Schnalle, wo die Zelle aufrecht aus der Trama herauswächst.
Du schreibst zwar, dass Du die Septen gut sehen konntest, aber für ein Schnallenpräparat ist das auf dem Bild bei weitem nicht genug zerzupft. Das müsste man also nochmal verifizieren.
Wenn Du mit Schnallen schlüsselst, kommen natürlich ganz andere Arten in die Auswahl. Welchen Schlüssel benutzt Du?
Grüße,
Wolfgang
Wenn die Sequenzen dann einmal da sind und noch keine Referenz für eine Art vorhanden ist oder mehrere Namen rumschwirren wird's dann ja wieder spannend.
Man könnte dann die Exsikkate entsprechenden Spezialisten zukommen lassen,
Hallo Schupfi,
das ist ja auch eines der Nachholbedarfe in DE. In vielen Gattungen siehts dünn aus mit Spezialisten, und die sind auch meist nicht an den Unis.
Sequenzen ohne Referenz gibt es auch schon zuhauf, auch noch ohne Flächenscreening. Aber zuerst müssten die Typen sequenziert oder neotypisiert werden, sonst wird man nie entscheiden können, was neu ist und was nicht.
Und dann wollen Spezialisten immer häufiger Frischmaterial untersuchen, weil am Exsikkat eben doch viele Merkmale verloren gehen (nicht nur bei Ascos).
So ganz einfach wird es also nicht. Dem normalen Pilzverein um die Ecke würde ich jedenfalls nicht zur Anschaffung des Equipments raten, selbst wenn die Vereinskasse gut gefüllt ist.
Für die DGfM nehme ich gerne konstruktive Vorschläge entgegen, wie man das organisieren könnte.
Grüße,
Wolfgang
Hallo Schupfnudel ,
ich hab mir den Vortrag von Stephen Russel jetzt mal angehört.
Der Anwendungsfall ist etwas anders und überraschend - jedenfalls nicht was der Freizeit-Feldmykologe direkt erwarten würde.
Um sich rasch einen Überblick über die Biodiversität eines Gebietes zu verschaffen kann man ein paar Hundert Pilze in einem "Eintopf" gemeinsam amplifizieren und sequenzieren. Das macht eine Flow-Cell-Platte, die ein paar Hundert Dollar kostet (Einweg), so kommt man auf die rechnerischen 0,60$ pro Sequenz an Materialkosten.
Danach kann man das einzelne Exsikkat aber nicht mehr der einzelnen Sequenz zuordnen, oder? D.h. der Finder wird keinen Namen zu seinem Fund bekommen. Es ist nur eine der paar Hundert Sequenzen, die der Rechner in seiner Analyse ausgespuckt hat. Da oft die Referenzdaten fehlen, war es dann also eine Melanoleuca xy, die vielleicht irgendwann einen Namen bekommen wird. Das, was der Finder auch vorher geahnt hat...
Bei den Kosten sind bisher nur Materialkosten berücksichtigt. Viel höher sind die Personalkosten, wenn nicht (a) ein Studierender das kostenlos für seinen Prof. macht oder (b) sich in einem Verein ein*e Freiwillig*e meldet.
Die erforderlichen Kenntnisse: Chemielaborant und Linux-Anwender.
Für die DGfM würden wir ja gerne einen Sequenzierservice anbieten, und ein paar Tausend Anschaffungskosten und 0,60$/Probe wären kein Hindernis. Beides scheint aber NGS so nicht zu leisten.
Stattdessen könnte man ganz neu über Flächenkartierung nachdenken.
Grüße,
Wolfgang
Oliver: läuft GBOL noch? Meines Wissens lief es 2011-2019, und an Pilzen wurden vor allem Phytos bearbeitet.
Hallo Noah,
den Objekträger mit Skala brauchst Du nur 1x im Leben, den kannst Du ausleihen.
Ansonsten würde ich meinen Vorrednern Recht geben: lieber 1x richtig investieren als jetzt 200 EUR am falschen Ende gespart.
Früher hatte Bresser keinen guten Ruf, was die Mechanik angeht. Das kann sich gebessert haben, aber der Preis ist ja auch nicht mehr so weit weg von z.B einem Motic Red 223, wo Du schon ein LED Licht und Semiplan-Objektive bekommst.
Ein Markenmikroskop hält ein Leben lang, das relativiert die Investition. Und man bekommt ggf. Ersatzteile und Zubehör.
Grüße,
Wolfgang (der vor 25 Jahren auf Olympus gesetzt hat)
Ich hatte eigentlich gehofft Mikrobilder zu sehen, die zeigen ob das ein Pilz ist oder nicht.
ja, das finde ich auch einen etwas enttäuschenden Ausgang.
joe83 : wenn sich sonst keiner zum Mikroskopieren findet, würde ich mal 'reingucken. Dazu reicht ein winziger Fitzel. Zumindest Pilz oder nicht wäre einfach zu klären. Mit reifen Sporen ist eh' nicht zu rechnen.
Grüße,
Wolfgang
Hallo an alle,
mit dem Tip von boccaccio auf den Autorennamen "Malysheva" hat Google mir diesen Auricularia-Schlüssel ausgespuckt:
J. Fungi 2021, 7(11), 933; https://doi.org/10.3390/jof7110933
Da steht dann unter A.cornea ganz harmlos:
ZitatDistribution—Africa, North and South America, Asia and Europe.
[...]
Specimens examined—
[...]
Germany. On fallen angiosperm wood, 7 August 2015, Y. Gofforov, YG-Dr1 (duplicate, BJFC 020603)
So ganz neu wäre cornea für Deutschland also nicht !?
Danke für die Hinweise, das ist für mich wirklich eine neue Erkenntnis. Auch, dass "A. polytricha" eine amerikanische Art ist und der Mu-Err daher "A. cornea" heißen muss.
Das Schlüsselpaar dort zum Trennen vom cornea- und dem auricularia-judae-Komplex
| 21. Upper surface densely pilose | 22 |
| 21. Upper surface densely tomentose or hispid | 24 |
ist für mich aber nicht so offensichtlich. Also wieder ein Pilz, den man wohl mikroskopieren muss... ich hatte auch schon besonders filzige "Judasohren" gedanklich als untypische Exemplare abgehakt.
Grüße,
Wolfgang
[Edit: derPost hat sich mit Amanita999 überschnitten...]
Ruf sie doch an.
Hallo an alle,
es gibt auch Personen, die sich streichen lassen, weil sie nicht mehr angerufen werden wollen. Ich denke, man sollte die Privatsphäre respektieren.
Am Ende sind die Gründe für den Ratsuchenden auch egal - er muss sich dann an jemand anderen wenden.
Viele Grüße,
Wolfgang
War das nicht so, dass die Gifte für Schweine ebenso toxisch wären wie für andere Säugetiere, nur deren Magensäure so stark konzentriert ist, dass die Toxine bei oraler Aufnahme nicht resorbiert werden? (Quelle müsste ich allerdings jetzt lange suchen.)
Hi Craterelle,
ja, so habe ich das auch im Gedächtnis, wobei die Toxine natürlich nicht im Darm "nicht resorbiert", sondern vorher im Magen schon zersetzt werden. Aber ich bin nicht sicher, ob das nur für Wildschweine oder auch für Hausschweine gilt. Die Originalliteratur hab' ich auf die Schnelle auch nicht parat.
Gruß,
Wolfgang
Hallo an alle,
ich hab sowas noch nie gesehen, aber aus dem Bauch heraus würde ich nicht auf einen Pilz sondern ein Insekten-Kokon tippen.
Grüße,
Wolfgang
Hallo Sarah,
gelbe und rote Saftlinge sind leider meistens mikroskopierpflichtig.
m.E. passt hier vom Bild H. persistens = acutoconica recht gut. H. konradii = subglobispora ist davon aber nur über die Sporenform sicher unterscheidbar.
Verwandschaftlich weiter weg, aber vom Bild immer noch nicht ganz ausgeschlossen wäre H. aurantiosplendens, die aber eine Lamellentrama aus kurzen Zellen hätte. Der Stiel passt für mich aber besser zu persistens /konradii.
Das ist aber alles Wissen auf Basis der nordischen Schlüssel von Boertmann. Im mediterranen Raum mag es noch weitere Arten geben, die ich nicht kenne. Im Candusso (1997): Fungi Europaei 6 deckt sich das aber auf den ersten Blick mit den nordischen Arten, außer dass Candusso auch noch konradii von subglobispora trennt, und als gültigen Namen acutoconica für persistens verwendet.
Die Zahl der Sporen pro Basidie variiert innerhalb eines Fruchtkörpers von 1-4, und ist daher als Artmerkmal nicht geeignet (siehe Großpilze BaWü 3 unter persistens)
Grüße,
Wolfgang
.
Hi Oliver,
Sind das nicht überwiegend mehr oder minder ungefährliche Substanzen
na, zu Beginn der PCR wird die DNA extrahiert und ausgefällt. Das tun die Substanzen natürlich auch mit der DNA Deiner Zellen, wenn Du es Dir über die Hand schüttest. Also zellgiftig.
Am Ende der PCR wird das Wachsum der DNA-Kette mit Fluoreszenzfarbstoffen unterbrochen. Das passiert auch bei einer Zellteilung in Deinen Zellen. Also zellgiftig, mutagen und potenziell krebserregend.
Die freien Basen sind dagegen harmlos, und die Pilz-Primer werden an Deiner DNA wohl auch nicht andocken können 
Ich finde die Gerät von Nanopore trotzdem sehr faszinierend.
ich auch! In einer halben Stunde ein Virus-Genom komplett sequenzieren mit einer größeren Streichholzschachtel...und das ohne Probenvorbereitung. Mir fehlt nur leider der Anwendungsfall dazu.
Gruß,
Wolfgang
aber eine PCR wird man Zuhause ohne Labor auch hinbekommen.
Hi Oliver,
Schon die dafür erforderlichen Chemikalien wirst Du aufgrund der Gefahrstoffverordnung nicht bekommen (gut so! Die gehören auch nicht in einen Kühlschrank, in dem auch Lebensmittel sind, und die Abfälle nicht ins Klo).
Ergibt auch keinen Sinn, denn wenn Du nur einzelne Loci sequenzieren willst, ist Nanopore die falsche Technologie. Und einen chromatographisch arbeitenden Sequenzer wird sich keiner in den Keller stellen.
Was ist denn das Problem daran, eine Labordienstleistung in Anspruch zu nehmen? Früher hat man auch seine Diafilme zum Entwickeln gebracht.
Von der Auswertung der Rohdaten haben wir noch gar nicht gesprochen.
Gruß,
Wolfgang
Hallo an alle,
ich hatte vor ein paar Jahren einen Nanopore-Sequenzer in der Hand, als ich bei Prof. Thines zu Besuch war.
Damals hatte er glaube ich ein Projekt, damit im Feld landwirtschaftliche Proben auf Rostpilze zu screenen.
Die Nanopore-Technologie arbeitet anders als klassische Amplifizierung bestimmter Genregionen. Vielmehr werden längere DNA Abschnitte durch eine Pore gesaugt und im Vorbeifließen abgelesen.
Das erzeugt ganz andere Daten - davon aber genug um ein sehr starkes Labtop auszulasten. Weil das statistische Rauschen die Signale überlagert, muss man jede Probe min. 10x messen.
Damals waren die Einweg-Probenhalter sehr teuer und die Auflösung zu schlecht, um eng verwandte Arten zu trennen. Wie es aktuell aussieht, weiß ich leider nicht.
Grüße,
Wolfgang
Hi Oehrling,
luteoalba ist meines Wissens der älteste gültige Name der Aprikosenfarbenen Keule. Dass er auf ein taxonomisch nicht relevantes Merkmal referenziert, ändert ja nichts an der Gültigkeit des Namens.
Gruß,
Wolfgang
Hallo an alle,
ich hatte versprochen, nach Quellen für die Wirkung von Birkenporling gegen Helicobacter pyroli zu suchen.
Tatsächlich findet man auf Heilpilz-Seiten überall diese jeweils etwa gleichlautende Aussage, aber immer ohne seriöse Quelle, z.B. hier (Kap. 6.3 erster Absatz):
oder hier (nach "Birkenporling stärkt das Immunsystem)":
Richtig scheint zu sein, dass Ötzi eine Helicobacter-Infektion hatte:
Außerdem hatte Ötzi Birkenporling dabei, vermutlich als Medizin, wobei gegen seine Magenschmerzen dann vielleicht eher die entzündungshemmende Wirkung des Birkenporlings geholfen hat als die antibakterielle.
Über die medizinische Wirkung des Birkenporlings gibt es eine relativ neue Promotion aus Greifswald von ALRESLY (2019):
Dort wurde auch das antibakterielle Spektrum getestet, aber Helicobacter war nicht dabei, auch nicht im Literatur-Review. Auch in GUTHMANN (2017): Heilende Pilze finde ich die Aussage nicht. Ich werde diese offensichtlich nicht belegte Behauptung also nicht länger weiterverbreiten.
Grüße,
Wolfgang
Hallo Oehrling,
bei Clavulinopsis luteoalba sind die Spitzen auch nur weiß, wenn der Fruchtkörper Frost abbekommen hat. Das ist auch kein Artmerkmal, sondern passiert bei allen gelben Wiesenkeulen, die ja gerne im Spätherbst kommen, wenn die ersten Nachtfröste nicht bis zum Boden runter durchschlagen.
Grüße,
Wolfgang
Hallo an alle,
das sollte das Pappel-Judasöhrchen Auriculariopsis ampla sein. Hier etwas erfroren und verkrumpelt. Eigentlich sieht es so aus:
Grüße,
Wolfgang
Hallo "pilzliebenordsachsen",
das sind natürlich andere Rahmenbedingungen. Dann war es nicht "ohne Not". Beste Wünsche an Dein Familienmitglied.
Sebastian_RLP : eine Literaturstelle hab ich nicht parat, es war in Zusammenhang mit dem Fund bei Ötzi. Aber ich mach mich mal schlau. Kann aber etwas dauern, die nächsten Tage stehen unter einem anderen Stern.
Grüße,
Wolfgang
Hallo an alle,
ich frage mich sowieso, weshalb Leute ohne Not Birkenporlingstee trinken wollen. Ja, der enthält ein starkes Antibiotikum, das auch gegen Helicobacter pyroli-Infektion wirkt. Aber wenn ich eine solche Magenschleimhautentzündung hätte, würde ich zum Arzt gehen. Und wenn nicht, würde ich nicht prophylaktisch ein starkes Antibiotikum einnehmen, egal ob aus wildlebenden Pilzen (Birkenporling), aus Kultur (Penicillin etc.) oder aus dem Labor. Und so genau kennt man die Konzentration des Wirkstoffs bei Wildsammlung ja nicht - man kann Glück oder Pech haben - da wäre ein Präparat aus der Apotheke schon weniger riskant. "Gesund" macht das jedenfalls höchstens, wenn man vorher krank war. Aber vielleicht sollten wir diese Diskussion nicht zu sehr vertiefen...
Der normale PSV vor Ort ist für diese Fragen jedenfalls nicht ausgebildet.
Grüße,
Wolfgang
Hi Thorben,
augustus ist das sicher nicht, da es ja ganz offensichtlich ein Karboli ist.
Wie Boern schreibt, kommen nur moelleri/moelleroides (nur per ITS unterscheidbar) und phaeolepidotus in Frage, die auch mit dem Parra nicht immer leicht zu trennen sind. Entscheidend wäre die Länge der Cheilozystiden, meist über 20 my bei phaeolepidotus und kleiner bei moelleri.
Gruß,
Wolfgang
