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letzter Beitrag von Bernd Miggel am

Poren auszählen mit ImageJ ?

  • Hallo zusammen!

    Bei Porlingen die Poren pro Millimeter oder pro Quadratmillimeter auszählen ist oft eine mühsame Sache.:(

    Jetzt habe ich gelesen, dass man mit der Software ImageJ Objekte in Bildern auszählen kann.

    Hat von euch jemand Erfahrungen mit ImageJ ?

    L.G. - Bernd

  • Hallo, Bernd!


    Nein, das habe ich nie ausprobiert. Allerdings würde ich mal behaupten, daß das so ein wenig ähnlich ist wie mit dem Abmessen von Sporen: 100% eindeutige Werte gibt es nicht (warum ich btw. auch Sporen direkt durch's Okular messe und auf 0,2 - 0,5 µm runde; nicht mit irgendwelchen Messprogrammen messe, die einem eine Genauigkeit auf 0,01µm vortäuschen, die es gar nicht gibt).
    Ebenso wie die Sporengrößen variieren auch die Porengrößen (und haben ebenso einen Unschärfebereich, in dem Fall die Dicke der Röhrenwände), wichtig ist da vor allem, die Fundumstände zu berücksichtigen: Also zB Alter der Fruchtkörper, Ausrichtung des Hymenophors (bei schräg angelegter Porenfläche Poren meist größer und anders geformt), auch Witterungsbedingungen und Wuchsweise können eine Rolle spielen.

    Abhängig von der Porengröße kann es auch Sinn machen, die Poren auf 10mm auszusählen und dann den Durchschnittswert auf 1mm zu mitteln. Mache ich jedenfalls so, wenn ich wirklich zählen will und nicht nur ungefähr abschätzen will, ob Poren winzig (vgl. zB Skeletocutis nivea s.l.), klein, mittel, groß oder gigantisch (vgl. zB Antrodia heteromorpha oder Hexagonia nitida) sind.



    LG, Pablo.

  • Hallo Pablo,


    danke für die Hinweise. Sollte man pro Millimeter oder pro Quadratmillimeter auszählen? Ich habe schon beides gelesen. Vielleicht sollte man sogar pro Quadratmillimeter auszählen und dann die Wurzel ziehen?

    (Das soll jetzt kein Scherz sein).


    L.G. - Bernd

  • Hallo, Bernd!


    Gute Frage. :thumbup:

    Das ist nämlich nicht immer angegeben - Meistens dürfte sich die Angabe aber auf mm2 beziehen. Weil: Sonst kommt man bei vielen Arten niemals auf die entsprechenden Angaben. Also wenn du bei manchen Arten mit winzigen bis kleinen Poren die Angabe "8/mm" liest, kommst du nur dann auch auf den Wert, wenn du die Poren pro mm2 zählst.
    Ein paar mal ausprobiert zB mit Junghuhnia nitida, Antrodiella semisupina s.l. und ein paar weiteren.
    Also bei Arten, wo man auch ohne die Porengrößen mit anderen makro- und mikromorphologischen merkmalen immerhin bis in ein konkretes Aggregat kommt.
    Bei Arten mit ganz großen Poren gleicht sich das dann mehr oder weniger an, wenn die Poren annähernd 1mm groß sind, ist es ja komplett beliebig. ;)



    LG, Pablo.

  • Hallo Pablo,


    hab gerade einen Zunderschwamm unter dem Stemi und messe auf 1 mm Länge ca. 5 Poren.

    Wenn ich die Poren auf einer Fläche von 1 mm2 auszähle, komme ich auf etwa 20 Poren.

    Auf pro mm2 können die Angaben in der Literatur sich also nicht beziehen!;)

    Mein Königsweg wäre also: Auszählen pro mm2 und aus diesem Wert die Wurzel ziehen.

    Das macht in meinem Fall: Wurzel aus 20 = 4,5 - also 4,5 Poren pro mm, was mit der Angabe in Ryvarden & Melo (2014) übereinstimmt.


    L.G. - Bernd

  • Hallo zusammen,


    grundsätzlich würde ich auch versuchen, so viele Poren wie möglich zu zählen und das dann auf einen mm runterzurechnen. Der Ansatz über die Fläche bietet dann natürlich den Vorteil, daß ich quasi alle Poren auf einem Foto auswerten kann, während ich bei einer linearen Messung nur einen Bruchteil der abgelichteten Poren betrachte.

    Ich hatte Bernds Frage aber so verstanden, daß er quasi das Programm selbständig die Porenzahl in einer gegebenen Fläche auszählen lassen möchte. Das wäre natürlich sehr elegant und zeitsparend. Ich nutze ImageJ zwar selber zum Sporenmessen, bin da aber alles andere als fit in dem Programm und kann deshalb nicht weiterhelfen. Ultimativ wäre es natürlich schön, wenn man so ein entsprechendes Verfahren für Sporenmessungen einsetzen könnte: Foto machen, Script drüberlaufen lassen, das Sporen erkennt, lange und kurze Achse einzeichnet, so daß der Nutzer einen Kontrollblick draufwerfen kann und ggfs. falsch erkannte Sporen aus der Messung ausschließt und dann die Sporengröße ausgibt. Mit KI sollte sowas ja heute eigentlich kein Problem mehr sein...


    Björn

  • Hallo Björn,


    es würde mir schon völlig ausreichen, wenn die gesuchte Software beim Anclicken einer Pore eine laufende Nummer in die Pore hineinschreiben würde.

    Das wäre dann eher eine halbautomatische Vorgehensweise.


    L.G. - Bernd

  • Hallo Bernd,


    mit Photoshop geht so etwas. Gut möglich, daß auch kostenlose Software das mittlerweile draufhat. Es handelt sich ja um ein relativ triviales Problem.


    Liebe Grüße

    Ralph

  • Hallo Ralph,


    Clickmaster2000 ist für meine Zwecke vollkommen ausreichend, eigentlich sogar optimal.

    Ein Zähler wird mitgeführt. Die *.exe-Software wird nicht installiert, sondern muss nur abgespeichert werden. Pro Click wird ein Zähler inkrementiert. Hier stand er schließlich auf 62. Das Achsenkreuz habe ich hier auf 2mm x 2mm eingestellt. Eine Pore hatte ich zu zählen vergessen, links oben im Bild.

    Rechnung: Wurzel aus 63 = ca. 8, also 8 Poren je 2 mm, das sind 4 Poren pro mm.



    Danke!

    Bernd

  • Hallo,


    zum normierten Auszählen von Poren gibt es einen Artikel von Erika Ruske irgendwo. Ich schätze mal im Tintling? Eventuell auch in dem Buch über Pileate Porlinge von Dörfelt & Ruske.


    beste Grüße,

    Andreas

  • Hallo zusammen,


    in "Die pileaten Porlinge Mitteleuropas" gibt es ein eigenes Kapitel 2.4.6 zu der Thematik. Dort wird auch auf Poren pro Länge und Poren pro Fläche eingegangen, wie man das ineinander umrechnet und daß Poren pro Fläche ggfs. praktikalber sind, wenn die Poren nicht rund, sondern langgestreckt sind.


    Björn

  • Genau.

    Man zählt die Poren pro Fläche aus. Über die Wurzelfunktion und ggf. anschließender Multiplikation bzw. Division mit einer Konstanten erhält man schließlich die Porenzahl pro Millimeter, was zum Vergleich mit der Literatur wichtig ist. Empfohlen für die automatische Auszählung wird die Software ImageJ.

    Bernd

  • Salut zusammen!


    Danke für's Zusammensammeln der Infos!

    Ja, so macht das in der Tat mehr Sinn. Meine Zählweise war meistens auch eher etwas grob, da sehe ich von euch ein paar prima Ansätze, das zu verbessern. :thumbup:

    Wobei ich nach wie vor der Überzeugung bin, daß das merkmal zwar wichtig ist, aber nicht allzu exakt ausgelegt werden kann, weil die Variationsbreiten der einzelnen Arten oft größer sind, als oft vorausgesetzt wird. Dennoch umso besser, wenn man es tatsächlich so exakt wie möglich ausmisst: Auch das tatsächliche Variationsspektrum kann ja interessant sein. :thumbup:



    LG; Pablo.

  • Hallo zusammen,


    ja ich lebe jetzt in Duisburg und mache hier die Pilzwelt unsicher.


    ImageJ ist schon ein tolles Programm. Leider kann das soviel, daß man da als Anfänger erstmal erschlagen ist. Und sich Schritt für Schritt durch Tutorials arbeiten und alles kennenzulernen, wenn man ja eigentlich nur ganz wenige Dinge können will, ist halt etwas zu zeitaufwändig.


    Björn

  • Grüezi


    Ich habe bisschen mit ImageJ herumgespielt.


    Zuerst habe ich ein Foto der Poren eines Zunderschwamms gemacht und ein Lineal dazugelegt. Das Foto habe ich mit ImageJ geöffnet und erstmal über Analyze/Set Scale den Massstab festgelegt. Anschliessend habe ich ein Quadrat von 10x10mm gezeichnet und kopiert.



    Dieses Quadrat habe ich danach über Process/Binary/Make Binary binär also zweifarbig schwarz/weiss gemacht. Alle Poren sind jetzt weiss (value=255).



    Dann Process/Sharpen und Process/Binary/Erode um die Kanten der Objekte die ich zählen will schärfer zu machen.



    Dann kommt die Magie: Analyze/Analyze Particles öffnen und bisschen ausprobieren. Ich weiss nicht genau was das alles bedeutet und was ich genau gemacht habe, ich habe einfach verschiedene Einstellungen ausprobiert bis ich plausible Resultate hatte.



    Ergebnis: Auf dem Quadratzentimeter sind 1589 Poren. Wer eine Differenz von ein, zwei Prozent findet darf sie gerne behalten. ;) Es ist gar nicht so schwierig wie es tönt wenn man sich einige Youtube Tutorials geschaut hat. :P Und wenn man so viele kleine Poren Zählen will ist das auch wirklich einfacher als von Hand zu zählen.


  • Hallo Philipp,


    tolle Ausarbeitung, da kann ich mich Björn nur anschließen!

    Jetzt stellen sich zwei Fragen:

    1. Wo findet man in der Literatur Angaben zur Porenanzahl pro Flächeneinheit??
    2. Wie rechnet man das Ergebnis runter auf Porenanzahl pro mm?

    Zur 2. Frage:

    Wenn das 1589 Poren pro Quadratzentimeter sind, dann sind es 15,89, d.h. ca. 16 Poren pro Quadratmillimeter.

    Wenn man daraus die Quadratwurzel bildet, kommt man nach Adam Riese auf 4 Poren pro mm, was gut mit der Literatur übereinstimmt.


    Viele Grüße

    Bernd

  • Hallo Björn,


    wenn man die Poren längs einer Geraden direkt pro mm bestimmen will:

    Wo ist denn definiert, wo man die Gerade genau hinlegen soll?

    Man wird wohl bei nicht resupinaten Fruchtkörpern in tangentialer Richtung messen, und zwar ungefähr auf der Hälfte zwischen Hutkante und Anwuchsstelle.

    Aber wo legt man die Gerade genau hin? Wo sie von den meisten Poren geschnitten wird? Oder was ist bei alternierender Zickzackverteilug? Alles Unsicherheiten.

    Der Königsweg ist meiner Meinung nach das Auszählen innerhalb einer Fläche und dann Runterrechnen auf Poren pro mm.


    Bernd

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