Sequenzierung - wie wo was?

Es gibt 4 Antworten in diesem Thema, welches 299 mal aufgerufen wurde. Der letzte Beitrag () ist von Steigerwaldpilzchen.

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    Hi zusammen,


    ich lese immer mal wieder, dass Pilze zur genauen Bestimmung zur Sequenzierung gegeben werden.

    Das finde ich spannend - aber könntet ihr kurz was dazu schreiben?

    Was muss ich machen, wenn ich einen Pilz dorthin senden will? (ein Stück Exsikkat reicht?)

    Wie ist da das typische Vergehen, was sind Adressen, was sind die Kosten und was kommt dann raus?

    Sagen sie dann "das ist Art xyz" oder ist das Gen-Sequenz Nerdisch, mit dem ich nix anfangen kann?


    Vielen Dank

    und beste Grüße

    Dominik

    Etwaige Bestimmungen meinerseits sind mit keiner "Verzehrfreigabe" verbunden. Bitte sucht hierfür einen Sachverständigen auf, der sich die Pilze vor Ort genau ansehen und sie hinsichtlich Verzehr viel besser bestimmen bzw. ihren Zustand bewerten kann.


    100-10(APR2024)+3(APR2024)=93

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    Hallo Dominik,


    ich habe zwar selber noch nie etwas sequenzieren lassen, aber ich weiß dass viele das über einen gewissen Pablo bei Alvalab in Spanien machen lassen.


    Wie die Probe vorbereitet werden muss, schreibt bestimmt noch jemand.


    LG Suillus

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    Hi,


    Ich hatte mal die gleiche Frage, hier die Antwort:


    Zitat von Wolfgang P.

    mit einem kleinen Pilzfragment als Exsikkat und ca. 25€ bist Du dabei.


    Für Privatmykologen hat sich Pablo Alvarado in Spanien (alvalab.es - Pedidos) als geeigneter Dienstleister erwiesen (Ich glaube, die deutschen Genlabore werden gerade alle reich, weil sie für Jens Span Corona-Mutanten sequenzieren).


    Du müsstest die Probe in etwas Alufolie in einen Briefumschlag stecken und einmal alle Services, also DNA Extraktion, PCR (=Vervielfältigung), Reinigung und Sequenzierung, und phylogenetische Analyse buchen. Dann bekommst Du im einfachen Fall einfach den Namen der Art als Ergebnis, wenn es eine gute Übereinstimmung mit einer Typus-Sequenz gibt.


    Oft lohnt es sich, die Sequenzierung vorwärts und rückwärts ausführen zu lassen, dann heben sich bestimmte Fehlerquellen auf.


    Im komplizierten Fall passt die Sequenz nicht sauber zu einer der Arten, dann solltest Du auf jeden Fall einen Russulologen wie Felix Hampe hinzuziehen. Oder das Material taugt nix (zu heiß getrocknet, von Fremdpilzen befallen, ...), dann hat sich die Investition nicht rentiert.

    VG Thiemo

    Bestimmungen anhand von Fotos sind immer unter Vorbehalt und mit Restrisiko!

    Sichere Freigabe zum Verzehr können nur Pilzsachverständige vor Ort geben!

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    Hallo an alle,

    ich schreibe das immer wieder mal an verschiedenen Stellen, vielleicht kann ein Mod so einen Thread mal oben anheften?



    Ich schicke meine Proben an Pablo Alvarado nach Spanien (http://www.alvalab.es).

    Pablo ist sehr verständnisvoll zu Freizeitmykologen mit kleiner Probenzahl.

    Eine Probe kostet knapp 25 EUR.


    Dazu reicht ein erbsengroßes Stück, oder besser ein Scheibchen (trocknet schneller und lässt sich besser in einen Briefumschlag stecken). Theoretisch reicht auch ein Stecknadelkopf-großes Stück oder noch weniger, aber das geht dann leicht verloren.

    Jede Probe kommt in einen Druckverschlussbeutel 40x60mm mit Deinen Initialen und einer laufenden Nummer.


    Wichtig ist, dass die Probe nach dem Sammeln möglichst schnell, aber unter 40° getrocknet wurde. Nach einer Nacht im Kühlschrank ist die DNA oft schon zerfallen.

    Also auf einen Dörrex mit Lüftung und Temperaturregelung, oder in ein Glas mit Silicagel und gefriertrocknen im Tiefkühlschrank (ca. 1 Woche).


    Schick' parallel zum Brief eine E-Mail (auf englisch) an Pablo, wo Du Deine Proben ankündigst.

    Pablo schickt Dir dann eine Rechnung und die Messdaten, aber auch gleich einen schnellen Blast gegen die Genbank mit dem Artnamen.


    Du bekommst eine .ab1-Datei, was letztlich ein Diagramm von gefundener Base gegen Position auf der DNA ist.

    Die muss man in einem Programm, z.B. MEGA 11 bearbeiten. Die "unsauberen" Bereiche wie hier links in grau muss man wegschneiden.



    Das Ergebnis kannst Du in einen Buchstabensalat CGGTCCAGCGAAG... umwandeln und speichern, was man eine "Fasta-Datei" .fas nennt.

    Die kann man in der Genbank einfügen und mit Referenzdaten vergleichen ("blasten").


    Code
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/


    Gruß,



    Wolfgang