Beiträge von PhilEsc

  • Poren auszählen mit ImageJ ?

    Grüezi


    Ich habe bisschen mit ImageJ herumgespielt.


    Zuerst habe ich ein Foto der Poren eines Zunderschwamms gemacht und ein Lineal dazugelegt. Das Foto habe ich mit ImageJ geöffnet und erstmal über Analyze/Set Scale den Massstab festgelegt. Anschliessend habe ich ein Quadrat von 10x10mm gezeichnet und kopiert.



    Dieses Quadrat habe ich danach über Process/Binary/Make Binary binär also zweifarbig schwarz/weiss gemacht. Alle Poren sind jetzt weiss (value=255).



    Dann Process/Sharpen und Process/Binary/Erode um die Kanten der Objekte die ich zählen will schärfer zu machen.



    Dann kommt die Magie: Analyze/Analyze Particles öffnen und bisschen ausprobieren. Ich weiss nicht genau was das alles bedeutet und was ich genau gemacht habe, ich habe einfach verschiedene Einstellungen ausprobiert bis ich plausible Resultate hatte.



    Ergebnis: Auf dem Quadratzentimeter sind 1589 Poren. Wer eine Differenz von ein, zwei Prozent findet darf sie gerne behalten. ;) Es ist gar nicht so schwierig wie es tönt wenn man sich einige Youtube Tutorials geschaut hat. :P Und wenn man so viele kleine Poren Zählen will ist das auch wirklich einfacher als von Hand zu zählen.


  • Pilz Schwarzwald

    Hi und Willkommen :S


    Den Pilz wird dir niemand gerne nach nur einem Bild von oben bestimmen. Wahrscheinlich ist es ein Röhrling aber man sieht die Röhren nicht. Sehr wahrscheinlich ist es schon der Schönfussröhrling den Beli mit dem Wissenschaftlichen Namen Caloboletus calopus vorgeschlagen hat. Hier müsste man aber wissen welche Farben der Schwamm und der Stiel haben und wie er sich im Schnitt verfärbt. Geruchsangabe und eine kleine Geschmacksprobe (ausspucken!) könnte auch helfen. Wobei der Kandidat hier nicht nach viel riechen wird und mit ziemlicher Sicherheit bitter schmeckt.

  • Sporenmess-Software für Apple

    Zitat von boccaccio

    Es gibt für Fiji ein Plugin, mit dem man verschiedene Maßstäbe vordefinieren kann. Das ist eben der Vorteil eines quelloffenen Programms, wo eine große Community fleißig dran rumwerkelt. Die Installation und Benutzung wird hier sehr ausführlich diskutiert. Wenn man sich dann noch einen entsprechenden Shortcut für das Aufrufen des Plugins definiert sind Messungen mit Fiji ein Kinderspiel.



    Very nice! Das einzurichten ist jetzt aber wirklich nichts das ich mal kurz meiner Freundin erklären würde. 8o

  • Sporenmess-Software für Apple

    Zitat von Digitalpilz
    Zitat von PhilEsc

    Eine Software die selber erkennt welches Objektiv benutzt wird ist wohl ziemlich HighEnd, das hat wohl kaum ein Amateur :S

    Die Softwareansteuerung ist da nicht das Problem. Das Mikroskop muss die Information aber erst mal erfassen und an die Software weitergeben.

    Das mein ich, das sind dann wahrscheinlich Geräte wo schon nur das Gerüst ohne Objektive oder Beleuchtung einige Tausender kostet. Sowas hat kaum ein Amateur :S

  • Sporenmess-Software für Apple

    Hi


    Klar, einmal richtig kalibrieren und dann auch die richtige Kalibrierung auswählen muss man schon. Nach einer verständlichen Anleitung die man mitgeliefert bekommt. Kein Vergleich zu ImageJ. Ich hab jedenfalls ohne jemals mehr als ein Zwiebelhäutchen mikroskopiert zu haben ein Mik und ne Kamera dazu gekauft und habe einfach ausprobiert. Als ich im Pilzverein angefangen habe Bilder mit Messungen etc. zu zeigen bin ich von anderen Amateuren gefragt worden wo ich das alles gelernt habe, ob ich das beruflich mache. Und ich so: Äh... Nö, ich bin Handwerker. :S

    Dabei fand ich die Bilder nicht mal soo gut.


    Eine Software die selber erkennt welches Objektiv benutzt wird ist wohl ziemlich HighEnd, das hat wohl kaum ein Amateur :S

  • Sporenmess-Software für Apple

    Hi


    Dachte ich mir schon dass das irgendwie geht. Diese beiden Funktionen (Masslinien und verschiedene Kalibrierungen für verschiedene Objektive speichern) hat jede Software die man zu Mikroskopkameras, egal von welchem Hersteller, dazu bekommt. Deshalb verstehe ich nicht wieso sich so viele Leute ihre DSRL oder Systemkamera aufs Mik montieren. Wenn man Wissenschaftler und/oder angefressener Hobbyfotograph ist versteh ich das ja. Wenn man aber nicht so technikaffin ist und einfach etwas will das funktioniert, ohne dass man überhaupt genau weiss was man da tut, kauft man sich besser eine Mikroskopkamera.


    Eigentlich ist es doch ganz einfach: Wenn man regelmässig Brot toasten will schmeisst man nicht jedesmal den Backofen an sondern kauft sich einen Toaster. Wenn man regelmässig Tee kochen will stellt man nicht jedesmal einen Topf auf den Herd sondern kauft einen Wasserkocher. Wenn man jedesmal perfekten Reis haben will kauft man einen Reiskocher. Machen Millionen oder Milliarden von Asiaten genau so. Und wenn man möglichst einfach Mikrofotos machen und Messungen durchführen will kauft man eine Mikroskopkamera und benutzt die mitgelieferte Software. ;)

    Diejenige von Motic ist die einzige die ich kenne die auf dem Mac läuft.

  • Sporenmess-Software für Apple

    Grüezi


    Ich habe zufällig vorgestern (also schon bevor dieser Thread eröffnet wurde) einige Youtube Tutorials über Messungen in ImageJ geschaut. Ich wollte das sowieso mal ausprobieren. Kompliziert ist das Programm definitiv und auch etwas umständlich. Aber wenn man nur Messungen durchführen und einen Massstab einfügen will ist das nicht so schwierig. Ich habe es jetzt jedenfalls Problemlos auf die Reihe gekriegt ohne nochmals ein Tutorial zu schauen. Ich hätte zwar lieber eine Masslinie und eine Zahl daneben statt nur eine Tabelle. Aber messen kann man. Wie man sieht habe ich ein kleines bisschen geschummelt, ich hatte meine Referenz schon im Bild. Ich war zu faul um den Objektmikrometer hervorzukramen und ein Foto zu machen. Wär aber auch kein grosses Ding gewesen und das Bild muss man ja nur einmal machen. Die Messresultate kriegt man sicher auch irgendwie in Excel oder wo man sie auch immer haben will. Gemessen habe ich sieben Sporen im Ascus rechts. Ich würde empfehlen entweder ein Messokular zu kaufen oder ImageJ/Fiji lernen. Es sind ja immer die gleichen paar Knöpfe die man drücken muss. Windows in einer virtuellen Maschine zu installieren nur um Messungen durchzuführen ist auch nicht weniger Aufwand. :S


  • Sporenmess-Software für Apple

    Grüezi


    Wie fotografierst du denn? Durchs Okular? Du könntest eine Mikroskopkamera von Motic kaufen und auf dem dritten Okular montieren (falls vorhanden). Die Software dazu läuft auch auf Mac, ist aber auch nicht ganz intuitiv zu bedienen. Software von Bresser und Zeiss läuft leider auch nur auf Windows. Wenn dein Mik nicht trinokular ist könntest du auch ein Okular herausnehmen und die Kamera jeweils dort platzieren, mit dem entsprechenden Adapter.


    Oder halt ganz klassisch mit einem Messokular messen. Wenn Fiji/ImageJ wirklich nicht geht.

  • Peltigera spec.?

    Hi


    Von Flechten verstehe ich nicht viel, aber ihre Apothezien sehen etwa gleich aus wie sonstige Apothezien.



    Damit sollten auch klar werden was du auf deinen darauf folgenden Bildern siehst. Asci und Paraphysen, zum Teil noch Sporen in den Asci, genau wie du vermutest.

  • Eierlegende Wollmichsau gesucht

    Hi


    Ich finde Mikroskopkameras eine super Sache. Die tun genau was sie sollen weil sie für nichts anderes gemacht sind. Ohne dass man was weiss ich alles erst einstellen muss. Sogar wenn ich irgendeine teure Kamera hätte würde ich wohl niemals auf die Idee kommen die immer aufs Mik zu montieren wenn ich Mikrofotos machen will und wieder abzunehmen wenn ich damit raus will. Ist doch einfach nur mühsam. Mikroskopkamera fix montieren, brauchbare Software für Livebild, Fotos, Videos, Messungen etc. gibt es gratis dazu, was will man mehr. Kann schon sein dass ich n00b irgendwas übersehe, aber ich verstehe halt wirklich nicht wieso man es sich so schwer machen soll wenn man für einige hundert Euro eine Mikroskopkamera haben kann.


    Hast du dein Budget verdoppelt oder verdreifacht? Wenn man für 3500€ Differentialinterferenzkontrast haben kann werde ich nämlich ab sofort so lange nur Reis und Bohnen essen bis ich 3500€ übrig habe :S

  • Baumpilze - Heilpilze

    Ich verstehe überhaupt nicht auf was du hinaus willst. Ich habe nichts über Pilze gesagt. Ich habe mich nur gewundert, dass schon nur das Wort Heilpilze hier so heftige Reaktionen hervorrufen kann. Dass Pilze Stoffe enthalten die eine Wirkung auf den menschlichen Organismus haben ist ja wohl jedem klar und dass da auch ab und zu eine positive Wirkung dabei sein könnte ist naheliegend. Ich finde es auch komisch, dass man auf das Wort Heilpilze so heftig reagiert, aber nicht auf den Hinweis auf Seite 1 dieses Threads eingeht, dass man über einen Link auf dieser Seite direkt auf eine Seite gelangt, wo "Heilpilze" angeboten werden, ohne dass gesagt wird was sie denn heilen sollen weil das ein Verstoss gegen das AMG wäre.


    Aber mir sowieso egal. Ich sollte mich da sowieso raushalten. Das führt zu nix. Genau wie irgendwelche Streitereien darüber ob der Flocki oder der Steini besser schmeckt...

  • Baumpilze - Heilpilze

    Grüezi


    Ich kann nur staunen was das Wort Heilpilze alles auslösen kann. ^^


    Ich habe übrigens in einem Bioladen auch mal so ne Esotante mit so einem lustigen Gerät gesehen. Die Verkäuferin wollte mir weismachen das sei super, eine richtige eierlegende Wollmilchsau. Jeder Arzt muss mindestens 0.5l Blut und wahrscheinlich noch eine Urinprobe ins Labor schicken für all die Werte die das Ding mit bisschen Strom messen können soll. Ich hab dann kurz den Namen gegoogelt der auf dem Gerät stand. Kann man für unter 100 Fr. in dubiosen Onlineshops bestellen aber soll soviel können wie ein ganzes Labor? Ja ne, is klar. Selber schuld wer das glaubt...

  • Pippos Asco Thread

    Nabend :S


    Also einfach so nach Ellis&Ellis scheint mir das eigentlich auch ein klarer Fall zu sein. Wenn ich den Namen dann bei Google eingebe lande ich in einem Thread auf Ascofrance wo H. O. Baral als erstes gleich sagt, das sei eine sehr schwierige Gattung. Obwohl die Bilder eigentlich nur anders aussehen weil der Threadstarter dort anscheinend Melzers statt Lugol genommen hat. Wenn Baral sagt es sei schwierig obwohl ich die Bestimmung eigentlich recht einfach fand beschleichen mich dann halt leise Zweifel ob ich mich nicht irgendwie blöd anstelle. :)

  • Pippos Asco Thread

    Grüezi


    Diesen Pilz hier habe ich schon drei mal gefunden. Im Dezember auf Fraxinus und Vorgestern auf Fagus und Quercus. Die Gattung Dactylospora scheint mir dank den in Jod intensiv blauenden Gelkappen auf den inamyloiden Asci sonnenklar zu sein. Die häufigste Art aus dieser Gattung ist wohl Dactylospora stygia. Wobei ich grad sehe, dass der mittlerweile wohl Sclerococcum stygium heisst... In Ellis&Ellis steht, dass der von April bis Mai erscheint und die Apothezien maximal 0.6mm Durchmesser erreichen. Das stimmt nicht ganz mit meinen Funden überein, da sind die Apos bis 1.5mm gross. Weiss aber nicht was es sonst sein soll, soll ja auch eine schwierige Gattung sein. Hafellner (1979) habe ich im Internet gefunden, ist mir leider ein kleines bisschen zu hoch. Mit Barals Dateien komm ich nicht klar weil ich meistens nicht finde was ich suche. Ich verstehe seine Ordnung nicht und durchsuchen kann ich es nicht. Dactylospora müsste doch eigentlich irgendwo im Ordner Eurotiomycetes zu finden sein... Ich checks nicht 8o


    Unter dem Mikro jedenfalls ein sehr schönes Pilzchen. So ein intensives Blau sieht man sonst ja nur bei lichenisierten Ascos.


  • Mollisia auf vermorschtem Baumstamm

    Grüezi


    Ich häng mich da gleich gleich an mit einem Fund von gestern. Ist das auch Mollisia lividofusca? Beim Substrat bin ich nicht sicher weil es sehr morsch ist. Kann es sein dass es Eiche ist? Auf einem Bild glaube ich die typischen Markstrahlen und Tracheen zu sehen.


  • Tremella versicolor auf Peniophora spec.?

    Nice, dann werde ich einen Eintrag im Verbreitungsatlas machen und dem WSL ein Exsikkat abliefern. Ist anscheinend ein Erstnachweis für die Schweiz.


    Mit Bäumchen meinst du Lamprozystiden? Ich habe das Präparat versucht zu quetschen aber die sind dann alle verschwunden... Sporen habe ich keine gesehen.


  • Tremella versicolor auf Peniophora spec.?

    Hi

    Zitat von Tricholomopsis

    Ohne Mikroskop würde ich da aber nichts sagen wollen.

    Mikrobilder sind im Spoiler. :)


    Ich packe meine Mikrobilder meistens in einen Spoiler weil ich es nicht besonders mag wenn zu viele Bilder in einem Beitrag sind. Am Händi kann das recht mühsam sein. Aber vielfach werden sie dann im Spoiler übersehen...


    Und ja, Basidien habe ich keine gesehen.

  • Tremella versicolor auf Peniophora spec.?

    Grüezi


    Ich habe zwei neue Spielzeuge. Zum einen habe ich gemerkt, dass ich mit der Olympus Tough TG-5 meiner Freundin ganz passable Makroaufnahmen machen kann ohne dass ich mich gross mit Fotografie auseinandersetzen muss. Die Kamera kann ich über ein iPad bedienen was ich ziemlich cool finde. Zum anderen hat sie eine Moticam S3 zu ihrem Motic BA310 gekauft und mir das ganze zur Benutzung überlassen. Ich habe jetzt also ein besseres Mikroskop und eine andere Software zur Verfügung, kann aber noch nicht so ganz damit umgehen... Ich weiss zum Beispiel noch nicht wie man einen Massstab einfügen kann. 8o


    Gestern habe ich dieses Stöckchen gefunden. Substrat kenne ich nicht, könnte ich aber in Erfahrung bringen, ist fast vor der Haustüre. Ich dachte im Feld die kleinen gelben Punkte seien irgendein Ascomycet. Ist es aber nicht. Ich denke aber dass es Tremella versicolor ist. Kann das jemand bestätigen?


    Der Wirt müsste eine Peiniophora sein, sieht aus wie Peniophora lycii. Ich habe gelesen, dass es nahezu unmöglich sei, Vertreter dieser Gattung genauer zu bestimmen, deshalb habe ich es bis jetzt auch nicht wirklich versucht. Stimmt das?



  • Stated magnification versus real magnification

    Grüezi :)

    Zitat von Cortinarius

    Some of the cheaper micrometers don´t have a coverslip, then you should use a separate one

    Ok, now im confused.

    I make all my measurements directly in the software of my microscope camera. During calibration, I had neither water nor a cover slip on the micrometer. When I read this thread I became afraid that all of my measurements I have ever taken could have been wrong. But I just checked, I always get the same readings, no matter whether with water and cover slip or without. If there is a difference at all, it is far below 1%.

    What I also don't get: If I understood correctly, he said that he only has the difference with the 100x lens. Shouldn't that occur with all lenses?