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letzter Beitrag von Bernhard am

DNA Sequenzierung: Erschwinglich für jedermann?

  • Hallo Stefan,

    irgendwie interessant/spannend, dass viele von euch mit Begriffen, wie Eppendorf-Tubes und Arabidopsis etc. nix anfangen könnt.

    Findest du? Ist es jenseits deines Vorstellungsvermögens, dass andere Menschen andere Fächer und/oder zu einer anderen Zeit studiert haben und manche auch gar nicht? Das erstaunt mich wiederum.


    Beste Grüße,

    Craterelle

  • Hallo Stefan!

    irgendwie interessant/spannend, dass viele von euch mit Begriffen, wie Eppendorf-Tubes und Arabidopsis etc. nix anfangen könnt. Ich bin mit diesen Begriffen durch mein Studium quasi "aufgewachsen" und es sind für mich Selbstverständlichkeiten geworden diese Begriffe auch zu verwenden. Ebenso selbstverständlich ist das für mich, dass ich das auch von anderen erwarte.


    Danke schon mal für die Erinnerung an dieser Stelle. Leider fehlen mir aktuell die Zeit und die Nerven mich hier mit einzubringen. Dazu steht gerade bei mir viel zu viel anderes auf dem Plan. Die Hauptsaison, inkl. Tagungssaison hat begonnen.

    Es ist nunmal so, dass jeder in seiner eigenen Welt lebt. Geprägt von persönlichem Hintergrund, Ausbildung, Beruf usw.

    Genau diese unterschiedlichen Blickwinkel sind es doch die dieses Forum (und Diskussionen allgemein) interessant machen.

    Aus meiner Sicht darf man keinesfalls Fachausdrücke als allgemein verständlich ansehen! Zumindest nicht hier im Forum. In einem Biotechnologie-Unternehmen oder ähnlichem möglicherweise schon.

    Aber zumindest ich schätze dieses Forum gerade aufgrund der unterschiedlichen User mit unterschiedlichem Background!

    Die eigene "Filterblase" zu verlassen hat noch nie geschadet!


    LG Bernhard

  • Hi,


    genau. Manchmal bin ich zu tief in meiner eigenen Welt/Blase drin. :) Belassen wir das dabei...


    l.g.

    Stefan

    Risspilz: hui; Rissklettern: bisher pfui; ab nun: na ja mal sehen...


    Derzeit so pilzgeschädigt, das geht auf keine Huthaut. :D


    Meine Antworten hier stellen nur Bestimmungsvorschläge dar. Verzehrsfreigaben gibts nur vom PSV vor Ort.

  • Hallo Ralph, Arabidopsis musste ich auch erstmal nachschlagen. Dann bist du Biologe?

    Ja, aber seit meinem Diplom ist mittlerweile so viel Zeit verstrichen in der ich mich mit anderen Dingen befasst habe, dass ich mich nun wieder auf dem Basislevel des Naturfreundes befinde.


    Die Betreuer unserer Physikpraktika nannten uns Biostudenten augenzwinkernd "Naturfreunde", um zum Ausdruck zu bringen, daß zur richtigen Naturwissenschaft noch ein gutes Stück Luft nach oben ist. In meinem Semester gab es nur zwei Cracks, die mit Mathe und Physik nicht auf Kriegsfuß standen. Die haben dann die Mathe-Hausaufgaben gemacht und alle anderen bekamen ihren Schein fürs Abschreiben ;-)


    Liebe Grüße

    Ralph

  • Hallo an alle,


    ich bin gerade erst auf diesen Thread aufmerksam geworden, daher ein etwas verspäteter Kommentar:


    Ja, die ITS zu sequenzieren ist eine preisgünstige Routinemethode. Der Vergleich der Sequenz mit einer Datenbank ist ebenfalls einfach. Zwischendrin ist aber kommerzielle Software im Gebrauch und auch etwas Erfahrung nötig, wenn im Chromatogramm zwei Signale überlappen. Der Laie sollte sich daher auf jeden Fall bis zur FASTA-Datei helfen lassen, und vielleicht auch bis zum Blast (Baum-Vergleich mit ähnlichen Proben aus der Datenbank).


    Im Moment ist die Welt aber noch etwas hintendran mit dem Füllen der Datenbank mit Typus-Belegen bzw. sorgfältig bestimmten Vergleichsproben, und ohne diese ist die Methode praktisch wertlos. Weiterhin gibt es unterschiedliche Ansichten, wieviele Basenpaare Differenz zwischen ähnlichen Arten sein sollten.


    Daher müsste von Pilzen, von denen eine Sequenz gemacht werden soll, auf jeden Fall auch Fotos und ein klassisches Exsikkat gemacht werden. Falls die Sequenz auf eine unbekannte bzw. außergewöhnliche Art hindeutet, kann man wenigstens im Nachhinein die Merkmale von einem Fachmann nachprüfen lassen. Schon deswegen würde ich bei Pilzen von Proben in Ethanol abraten - das lässt sich danach nicht mehr mikroskopieren. Und wenn man eh ein Exsikkat macht, kann man das auch zur DNA-Analyse nehmen.


    Im durchaus häufigen Fall bei Pilzen hat man am Ende eine Sequenz, aber keinen passenden Treffer in einer Datenbank (oder nur einen mit einer kryptischen Bezeichnung), und ist damit so schlau wie vorher.


    Das sterile Arbeiten bei der Probennahme ist glaube ich eher eine Routine-Vorsichtsmaßnahme gegen Fremd-DNA und eine Erziehungsmaßnahme für Bio-Student*innen - es dauert ja nur 10 sek, das Skalpell in's Feuerzeug zu halten, und danach hat man ganz sicher keine Spuren vom vorher geschnittenen Pilz dran. Warum sollte man das NICHT machen, wo es doch so leicht ist? Nötig ist's aber nicht.


    Grüße,


    Wolfgang

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