Hallo, Besucher der Thread wurde 842 aufgerufen und enthält 10 Antworten

letzter Beitrag von Habicht am

Vor-Ort-Sequenzierung im Gelände - nichts ist mehr unmöglich

  • Servus beinand,


    man könnte meinen, es wäre der erste April, wenn ich schreibe, dass es mittlerweile einen Minisequenzierer gibt, mit dem man direkt vor Ort sequenzieren kann. Ganz so einfach, wie man es sich denkt, ist es zwar nicht (man braucht die richtigen Primer und man muss ein bisserl pipettieren - der Tricorder von Star Trek wurde noch nicht erschaffen), aber es geht offenbar.


    Dieses paper zeigt, dass man im Regenwald direkt vor Ort Reptilien über Sequenzierung bestimmen kann:

    Aaron Pomerantz, Nicolás Pen ̃afiel, Alejandro Arteaga, Lucas Bustamante, Frank Pichardo, Luis A. Coloma, César L. Barrio-Amorós, David Salazar-Valenzuela and Stefan Prost (2018): Real-time DNA barcoding in a rainforest using nanopore sequencing: opportunities for rapid biodiversity assessments and local capacity building. GigaScience 7: 1–14.


    Das paper ist frei als pdf verfügbar:

    giy033.pdf


    Den Sequenzierer kann man auch kaufen - ich frage aber lieber nicht nach dem Preis - ich hab jetzt nachgelesen: kostet ca. 1.000 $, ist also sogar erschwinglich (ein Mikroskop kostet ja auch um den Dreh)...

    MinION: a portable, real-time DNA/RNA sequencing device auf Vimeo


    Irgendwann wird das aber zur Standardausrüstung eines Mykologen gehören. Die Zeiten ändern sich...


    Liebe Grüße,

    Christoph

  • Servus Christoph,


    dazu habe ich gerade Irmgard eine E-mail geschrieben. Feines Gerät, aber welches Wissen setzt es voraus? Mit einer fuzikleinen Probe wie unterm Mikro ins MinION (€ 900,00) versenken wird's nicht getan sein. Und wenn man den Bogen raus hat, ein Ergebnis am Schirm, stellt sich die nächste Frage. Wie ist der Zugriff auf die Gendatenbanken geregelt, darf da jeder rein?


    Dieses Thema sollte von dir aufgegriffen und in einem Seminar an der Uni Wien angeboten werden. Schon gebucht, bin dabei,


    LG

    Peter

    --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

    Es reicht ein Hut aus Zunderschwamm als Statussymbol. Brennt nur der Kopf, wenn der Blitz einschlägt.

    Chips: 52 - 5 für Pablo = 47

    47 - 10 für APR 2019 = 37,000

  • Servus Peter,


    natürlich braucht man ein bisserl KnowHow dafür. Das Zusammenpipettieren dürfte aber leicht zu erlernen sein - Primer, Puffer, Anleitung usw. werden ja mitgeliefert.

    Was man dann mit den Rohdaten macht (Alignment, Auswertung) ist etwas komplizierter.


    Was den Kurs in Wien angeht, hat Irmgard mit Sequenzierung an sich viel viel mehr Erfahrung als ich. Vielleicht wäre das ja mal ne Idee, wenn die Uni einen Kurs für Laien anbieten würde.


    Liebe Grüße,

    Christoph

  • Guter Artikel zu den Problemchen, die das noch bereithält.
    The unbearable lightness of sequenced-based identification | SpringerLink


    Ganz schönes Chaos, was die Datenbanken angeht. Wenn da nicht sorgfältig vorgearbeitet, dokumentiert und eingepflegt wird ist das für die Katz, siehe den Mycena-Abschnitt.


    Prinzipiell finde ich das aber cool und nützlich, wenn die Weichen jetzt korrekt gestellt werden. :-)


    Wäre ja auch für die Mikroskopierer eine gute Arbeitshilfe, wenn man zumindest schon mal weiß, wonach man denn mikroskopieren muss, bei entsprechenden BLAST-Resultaten.



    LG.

    Bin lediglich fortgeschrittener Anfänger.
    Posts sind nicht als Essensfreigabe zu verstehen. :-]

  • Wäre ja auch für die Mikroskopierer eine gute Arbeitshilfe, wenn man zumindest schon mal weiß, wonach man denn mikroskopieren muss, bei entsprechenden BLAST-Resultaten.


    Servus Schupfnudel,


    für mich wäre das Ergebnis einer Home-DNA-Sequenzierung die Spitze einer Recherche, nicht deren Basis.


    Einen lesenswerten Beitrag dazu hat S. Flechtmann in ihrem Forum geschrieben, vom Fund über die Holzbestimmung bis zum DNA- Ergebnis, Ein besonderer Pilzfund: Walliser Lackporling (Gandoderma valesiacum)

    Der Link in ihrem Thread zu den Ergebnissen der DNA-Sequenzierung funktioniert nicht, da issa, Bemerkenswerte Pilzarten aus Österreich - 2017


    LG

    Peter






    --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

    Es reicht ein Hut aus Zunderschwamm als Statussymbol. Brennt nur der Kopf, wenn der Blitz einschlägt.

    Chips: 52 - 5 für Pablo = 47

    47 - 10 für APR 2019 = 37,000

  • Hi Jörg,


    danke für deinen Hinweis, werde ich weiterleiten. Reinkopiert erspart die Wartezeit bis zur Reparatur,



    Bemerkungen: Im Juli 2017 fand SABINE FLECHTMANN einen orange-rotbraunen glänzenden gestielten Lackporling auf einem Strunk. Die anatomische Holzbestimmung durch THOMAS KASSEL resultierte in Larix, da Zwillingstüpfel häufig und der Übergang zwischen Frühholz und Spätholz schroff waren. Die Pilzbestimmung aufgrund des Substrates ergab Ganoderma valesiacum. Dieser Lackporling ist für Larix ypisch, kann aber auch an Picea und Abies auftreten. Es liegen aus Österreich bisher
    13 Nachweise vor (ÖMG 2017). Die Art gilt als gefährdet (DÄMON & KRISAIGREILHUBER 2017). Lange Zeit wurde dem Substrat im Ganoderma lucidum-Komplex
    kein besonderes Gewicht beigemessen und diese Art in weitem Sinn aufgefasst und somit auch G. valesiacum als synonym betrachtet. In Multigen-Analysen sind jedoch im

    G. lucidum-Komplex mehr als zehn Taxa weltweit unterscheidbar (ZHOU & al. 2015). Es gibt darunter zwei Arten auf Nadelhölzern, G. tsugae MURRILL und G. oregonense
    MURRILL, die sich von denen auf Laubhölzern unterscheiden. Ein weiteres Taxon auf Nadelholz, zumeist Abies, ist die häufig dunklere G. carnosum PAT. Eine ITS-basierte
    Phylogenie weist jedoch darauf hin, dass die nordamerikanische G. oregonense und die europäische G. carnosum (ZHOU, unveröff.) übereinstimmen. Ganoderma carnosum hätte Priorität. Die ITS-Sequenz der vorliegenden Kollektion auf Lärche stimmt vollständig mit der Sequenz JQ781853 von Ganoderma tsugae (Voucher DAI 3937:

    China, Jilin Province, Antu County, Changbaishan Nature Reserve, on fallen trunk of Larix, 21. September 2002) überein. Ganoderma valesiacum und G. tsugae sind synonym. Von den beiden Namen hat G. valesiacum Priorität (MycoBank Database). Ganoderma valesiacum ist gekennzeichnet durch gestielte Fruchtkörper mit orange-rotbrauner Oberfläche, nicht gänzlich homogenem, weißlichem bis lederbraunem oder lehmbraunen Kontext, weiters durch Fehlen konzentrischer Wachstumszonen und schwärzlicher Bänder im reifen Fruchtkörper, 4–5 weiße Poren pro mm mit dünnen Dissepimenten (20–60 µm) und ellipsoide, moderat ornamentierte Sporen (ZHOU & al. 2015). Die Sporenmaße von G. valesiacum in BERNICCHIA (2005) (9–12 × 5–7 µm), RYVARDEN & MELO (2014) (13–15 × 8–9) und ZHOU & al. (2015) [(8.8–)9–10.8(–11) × (5.3–)5.8–6.8(–7)] widersprechen sich. Die Sporenmessung des vorliegenden Fundes ergab 7,5–8,5(–9,5) × 5–6 µm (n = 25) und fügt sich damit gut in den rezenten Schlüssel des G. lucidum-Komplexes (ZHOU & al. 2015) bei G. tsugae (= G. valesiacum) ein. ZHOU & al. (2015) bemerken, dass alle 13 Arten des G. lucidum-Komplexes morphologisch ähnlich sind, aber in Bezug auf die Phylogenie mindestens drei unterschiedliche Kladen bilden, die sich jedoch nicht in ihrer geographischen Verteilung widerspiegeln. So ist G. valesiacum aus den USA, in Europa von Großbritannien über Frankreich, Tschechien bis Russland und aus China bekannt.
    Untersuchte Kollektion: Salzburg, Maria Alm, 47° 26' 06.0" N, 12° 54' 27.4" O, 1077 m s. m,
    Fichten- und Lärchenbestand, leg. SABINE FLECHTMANN, 20. Juli 2017, WU 39706.


    LG

    Peter



    --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

    Es reicht ein Hut aus Zunderschwamm als Statussymbol. Brennt nur der Kopf, wenn der Blitz einschlägt.

    Chips: 52 - 5 für Pablo = 47

    47 - 10 für APR 2019 = 37,000

  • Nochmal zurück zu dem Gerät im Startbeitrag.


    Würde es sich da nicht lohnen, wenn sich z.B. größere Pilzvereine so ein Teil zulegen um dann ggf. selbst zu sequenzieren? Würde sich doch dann schon fast lohnen, wenn man das öfters braucht, als jedes Mal externe bezahlen zu müssen, oder?

    Man bräuchte natürlich jemanden, der sich mit der Bedienung und der Interpretation auskennt. Gibt's da schon einen Verein, der so was hat?


    Oder stelle ich mir das zu leicht vor und man braucht halt noch Laborbedingungen, teures Zusatzequipment bzw. eine entsprechende Örtlichkeit, dazu?

    Bin lediglich fortgeschrittener Anfänger.
    Posts sind nicht als Essensfreigabe zu verstehen. :-]

  • Servus Schupfnudel,


    ich kann mir das sogar sehr gut vorstellen. Jetzt verfügen wir zwar nicht über allzu große finanzielle Möglichkeiten, aber die BMG könnte sich so ein Gerät leisten. Ich muss nur vorher recherchieren, wie groß die Betriebskosten sind (man braucht ja die Primer usw.). Die Idee habe ich aber noch gar nicht innerhalb des Präsidiums besprochen - zumal es verfrüht wäre, bevor ich nicht ein paar weitere Fakten hätte.

    Dann könnte ich mir vorstellen, bei der Firma anzufragen, ob sie Leihgeräte für einen Kurs zur Verfügung stellt (also kostenfrei - ist ja Werbung - der Sektor "Amateure" ist ja auch für die Firma interessant) - und ob ich einen Molekularbiologen als Kursleiter gewinnen könnte.


    Alles noch unausgegoren und nur eine Idee von mir, die ich mir in letzter Zeit durch den Kopf habe gehen lassen.


    Für die DGfM wäre das vielleicht auch interessant, zumal die finanziell sehr gut situiert ist und sich auch mehrere Geräte leisten könnte. Ob es da aber zu einer Zusammenarbeit kommen könnte, kann ich nicht beurteilen. Was meine Erfahrungen angeht eher nicht bzw. wohl auf keinen Fall. Daher werde ich erstmal völlig autark recherchieren, ob ich was auf die Beine stellen kann. Jeder Verein ist ja (zum Glück) autark und kann hier aktiv werden :gcool:


    Liebe Grüße,

    Christoph

  • Huhu. Na das klingt doch fein. Das wäre so was wo ich auch Spaß dran hätte mich reinzubeißen obwohl Molekularbiologie nun wirklich nicht mein Fachgebiet ist. Hab' mir die Tage erst ein knapp einstündiges Video darüber angeschaut, wo der Prozess mit Pilzen schön live gezeigt und erklärt wurde. Natürlich bei weitem nicht alle Feinheiten durchschaut, aber spannend ist's auf jeden Fall.


    Das schöne daran ist auch, dass man sich auch reinteilen kann mit seinen Vereinsmitgliedern. Einer sammelt und dokumentiert, der nächste mikroskopiert, der andere sequenziert und publiziert, falls was Spannendes/Neues ist. Jeder nach seiner Fa­çon. Habe vor ein paar Tagen erst wieder irgendwo einen Verpa ITS tree gesehen, wo aus America wieder bisschen was neues dazugekommen ist, was man dann ja auch nochmal genauer anschauen kann. Da war es ganz cool, dass man sich meistens gleich noch ein paar Bilder dazu auf iNaturalist anschauen konnte um sich 'nen Eindruck von dem Exemplar zu machen. Schon fein, das Internet. :-)


    Oder wenn ich da z.B. so an die C. venenatum oder C. brunneum Originalbeschreibungs-Diskussion denke, könnte das ja auch ganz spannend sein, da mal genauer hinzuschauen, falls da in der Richtung schon bisschen was Handfestes sequenziert und ordentlich dokumentiert wurde.



    Gib dann gerne mal ein Update, wenn du da was in Angriff nimmst. Alle anderen natürlich auch, falls es da noch weitere mit Plänen gibt.


    LG.

    Bin lediglich fortgeschrittener Anfänger.
    Posts sind nicht als Essensfreigabe zu verstehen. :-]

  • Na ja,


    weitere Pläne für Kärnten, über den Naturwissenschaftlichen Verein, getraue ich mich zu verneinen. Unser Bundesland hat für 20 Milliarden Euro gehaftet und die Haftung ist schlagend geworden. Hypo-Skandal ... Nebenbei wurde fleißig 'ausgelagert' und weitere Kredite aufgenommen, die im Budget nicht auftauchten. Ob es jetzt aktuell drei oder vier Milliarden Miese sind spielt net wirklich eine Rolle. Katastrophal aber für Vereine, die auf Zuschüsse der öffentlichen Hand angewiesen sind.

    Ob man dass mit 'Gürtel enger schnallen' oder mit dem 'Strick um den Kopf' bezeichnet ist nebensächlich.

    Ich warte die Erfahrungen im Handling mit dem Sequenzierer der Uni Wien ab, dann denke ich weiter,


    LG

    Peter

    --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

    Es reicht ein Hut aus Zunderschwamm als Statussymbol. Brennt nur der Kopf, wenn der Blitz einschlägt.

    Chips: 52 - 5 für Pablo = 47

    47 - 10 für APR 2019 = 37,000

    • Gäste Informationen
    Hallo, gefällt Dir das Thema und willst auch Du etwas dazu schreiben, dann melde dich bitte an.
    Hast Du noch kein Benutzerkonto, dann bitte registriere dich, nach der Freischaltung kannst Du das Forum uneingeschränkt nutzen.