Beiträge von Schupfnudel

Hi.

Ja, das liegt quasi vor meiner Haustür, allerdings sind große Bereiche Naturschutzgebiet, so dass man sich eine Betretungsgenehmigung holen müsste (steht schon lange auf meiner to-do, aber ich weiß gar nicht ob ich als Hobby-Pilzler eine kriegen würde, habe ja nix vorzuweisen außer Spaß an der Freude und ein paar Kartierungen). Wobei das Schutzgebiet einem Großteil der (zu vielen) Besucher dort nicht so wirklich bewusst ist oder es ignoriert wird. Es werden überall Trampelpfade reingelatscht, Mounterbiker legen illegale Strecken an, Öko-Muttis bauen mit ihren Kindern aus dem wertvollen Totholz Hütten und wildern im Frühjahr den Bärlauch, die Leute baden im Schutzgebiet im Fluss und latschen das gesamte Flußufer zusammen oder machen trotz Dürreperiode Lagerfeuer - es ist ehrlich gesagt eher ein Trauerspiel, weshalb ich dort auch nicht mehr so gerne hingehe.

Große Teile des Auwalds sind leider auch weiterhin eher in schlechtem Zustand und die Stadt treibt ihr bescheuertes "Wassertouristisches Nutzungskonzept" voran, allen Umweltunverträglichkeiten zum Trotz. Zudem "schottern" sie bescheuerterweise seit Jahren die stark befahrenen Wege, wodurch das Material ruckzuck rechts und links der Wege in den Auwald wandert und ständige Nachbesserungen zur Folge hat. Der Auwald ist leider jetzt schon in weiten Teilen hoffnungslos überlaufen und an der Belastungsgrenze.

Und Ahorn hat's da auch immer noch jede Menge...die Flutung befürworte ich aber, ebenso wie das Projekt Lebendige Luppe, was am anderen Ende des Waldes die furchtbaren Kanäle wieder etwas renaturieren will.

Trotz allem Gemecker (ich fühle mich grad 30 Jahre älter als ich bin...), schön kann's natürlich trotzdem sein - Impressionen:

Mykologisch kann's schon auch spannend sein, wobei ich aber eben aus den erwähnten Gründen nicht mehr soo oft vor Ort bin. Ein paar Highlights von dort ausm Kopf waren: Pluteus aurantiorugosus (und alle möglichen anderen Dachpilze), Leucoagaricus barssii + L. badhamii, Lactarius fluens, Agaricus bohusii, Leucocybe houghtonii, Tricholoma album, diverse Hohenbuehelias, Amanita franchettii, Verpa bohemica.

Für die Stöckchendreher wäre da sicherlich auch allerlei dabei, aber das habe ich für mich irgendwann mal ausgeklammert.

LG,

Schupfi

Hi Wutzi,

Ich bezog mich auf den ersten Abschnitt bevor du mich zitiert hattest.

Wo da Gesetze reinspielen ist mir aber immer noch nicht ganz klar. Gibt es da welche, die die förderungswürdigen Projekte so stark einengen, dass nur/hauptsächlich klassische Tierversuchs-Grundlagenforschung bezuschusst werden kann?

Und so aus Interesse, was sind denn vielversprechende Ersatzmethoden für die Grundlagenforschung ohne Tierversuche?

Die Gelder anders zu verteilen, macht ja nur Sinn, wenn man überhaupt akzeptable Alternativen hat. Haben wir die, also eine Methode der Grundlagenforschung ohne den Einbezug von Tieren? Ich habe da keinen Überblick.

Aus meiner Blauäugkeit heraus würde ich davon ausgehen, dass die "Lobby" der Wissenschaftler, die es sich in der Tierversuchs-Grundlagen-Forschung gemütlich gemacht haben, ganz schnell schlecht dastehen würden, wenn diese Methode den Auftraggebern (diese Lobby sitzt mMn am deutlich längeren Hebel) weniger zuverlässig erschiene als andere Optionen. Die wollen ja schließlich Ergebnisse haben, auf denen sie aufbauen können und nicht aus Altruismus Wissenschaftlern ihre gewohnten Methoden finanzieren. Hatte der Berliner Forscher dazu Infos?

Wenn die relativ schlechte Übertragbarkeit der Ergebnisse aus Tierversuchen immer noch die beste Alternative darstellt, wundert es mich hingegen nicht, dass das weiter gefördert wird.

Wenn es bessere Methoden(-entwicklungen) gibt, die klassische Grundlagenforschung am Tier aber aus Gewohnheit/Gesetzeslage priorisiert wird, könnte ich das eher nachvollziehen.

Pilze zu nutzen um Ökosysteme zu entgiften, sie als biologische Ersatzmaterialien einzusetzen oder zur Ertragsverbesserung in der Landwirtschaft sind mMn Anwendungsfälle, die aktuell bereits entwickelt und zum Teil auch gefördert werden. Die würde ich in der Diskussion eher ausklammern, weil da ja durchaus Potentiale dranhängen, die auch der Kapitalismus als förderwürdig anerkennen kann. Zumindest laufen da an diversen Hochschulen und auch im privatwirtschaftlichen Bereich Versuche.

LG,

Schupfi

PS: Der Satz mit der Verbesserung der gesundheitlichen Perspektive von Ratten/Mäusen beinhaltete Sarkasmus, der war natürlich nicht ganz ernst gemeint.

Huhu Wutzi,

nur kurz, weil ich langsam ins Bett muss.

Bei deinem ersten Absatz verstehe ich den Zusammenhang zwischen Gesetzen, Lobbyisten und wissenschaftlicher Forschungsmethode nicht so recht. Wenn sich da eine Gruppe von Wissenschaftlern gefunden hat, die gut davon leben kann die gesundheitliche Perspektive von Ratten und Mäusen verbessern zu wollen, wo soll da das Gesetz eingreifen?

Das ist doch eher eine wissenschaftliche Debatte die man führen sollte und politisch vielleicht noch eine Debatte über die Verteilung von Fördermitteln.

Oder habe ich da einen blinden Fleck und das ist irgendwo gesetzlich reglementiert?

Nachti!

Schupfi

Huhu wutzi.

Schade, dass ich gestern keine Zeit mehr hatte dabei zu bleiben. Wie Stefan ja auch schon schrob, ist ja gut zu sehen, dass du dich da auch schon intensiv mit auseinander gesetzt hast. Dem größten Teil würde ich auch zustimmen, abgesehen von einigen etwas zu weiten Formulierungen. Hätte ich mir meinen Text eigentlich sparen können.

Die Schmetterlingstramete ist tatsächlich einer wenigen Pilze bei denen bei einigen Krebsarten und in Verbindung mit einer Chemo-Therapie relativ gut gemachte klinische Studien vorliegen, die einige positive Effekte belegen (die listet die Apothekerzeitung ja witzigerweise auch auf).

Man merkt aber trotzdem, dass das generelle Interesse zugenommen hat. Mittlerweile stolpert man doch ab und an über klinische Studien, auch von anderen Pilzarten, was ich durchaus begrüße.

Gerade aus China kamen und kommen aber leider auch jede Menge schlecht gemachte Studien. Studien, die sich allein auf die TCM berufen, würde ich auch nicht als Evidenz akzeptieren, da ist nämlich in vielen Fällen die Wirksamkeit eben nicht methodisch mit modernen Forschungsmethoden untersucht worden.

LG,

Schupfi

Huhu.

Ich hätte lieber Raphaels Programm als die App. Das sieht echt klasse und nach jeder Menge Arbeit aus. Respekt.

LG,

Schupfi

Hi Wutzi,

vor der Diskussion musste ich mich leider schon verabschieden. Was in der Diskussion halt oft genug fehlt, ist die Einordnung darüber, wie viel Prozent der in vitro oder Tierversuchsstudien letztlich tatsächlich in einer nachgewiesenen, wirksamen Therapie münden. Wer den Nachrichten folgt, der kann vermutlich jede Woche einige Artikel finden, die eine "vielversprechende neue Therapie für Krebs" ankündigen. Wieso hören wir von denen so oft hinterher nix mehr? Genau aus dem oben genannten Grund: Die Quote der erfolgreichen Transformation von in vitro/Tierversuch-Studien in erfolgreiche Therapien ist, gerade in der Krebsbehandlung, miserabel. Wie sagt man so schön: Viele Substanzen können Krebszellen in der Petri-Schale abtöten, inklusive Bleiche. Im Körper will man das Zeug aber nicht haben (einige Eso-Spinner sehen aber selbst das anders).

Ich beziehe mich hier mal primär auf eine Studie von Wong/Siah (2019), weil die die größte Datenbasis hat.

Bezogen auf alle Indikationen (und alle vielversprechenden Substanzen, also nicht nur Pilze) kommt man eine Erfolgsquote (also die Zulassung als Medikament nach dem Durchlaufen der clinical trials) von 13,8%.

Schauen wir nun spezifisch auf die Erfolgsquote in der Krebsbehandlung landen wir nochmal deutlich darunter. Die oben genannte Erfolgsquote ist deshalb noch relativ hoch, weil es bei allen anderen therapeutischen Gruppen (dazu gehören unter anderem auch Impfungen, die ja gerne von irgendwelchen fehlgeleiteten verteufelt werden, die aber stattdessen bedenkenlos Supplements einnehmen, für die keine Wirksamkeit belegt ist) deutlich häufiger zur Zulassung kommt (also die Unbedenklichkeit und Wirksamkeit der untersuchten Substanz für die jeweilige Indikation bestmöglich nachgewiesen werden konnte).

Die Erfolgsquote für all die vielen "erfolgversprechenden Krebsheilmittel" liegt bei sagenhaften 3,4%.

Sprich bei 100.000 untersuchten Substanzen münden 3.400 in einem Erfolg.

Das sieht als Diagramm in Prozenten also so aus:

Wer also auf die vielversprechenden Tierstudien in Bezug auf Krebs verweist, ohne das entsprechend einzuordnen, was das hinsichtlich der zu erwartenden Erfolgsquote bedeutet, der argumentiert für mich unredlich (und nicht selten auch in Kombination mit Eigeninteressen...). 95% der Konsumenten entsprechender Informationen wissen das gar nicht richtig einzuordnen.

Wenn mir ein Arzt ein Medikament verschreiben würde, das in 3,4% der Fälle wirksam ist, würde ich den Arzt wohl wechseln, wenn ich es hinterher noch kann...

Der Fairness halber sieht die Studie aber durchaus Verbesserungspotential, insbesondere durch die Anwendung von Biomarkern kann sich die Zulassungsquote deutlich verbessern. In der hier genannten Studie in Hinsicht auf die Krebsforschung von 1,6% auf 10,7%. Das ist schon deutlich besser aber immer noch ganz weit weg von einer "sicheren Bank".

Kurz gesagt, mMn werden regelmäßig die zu ewartenden Ergebnisse aus der Transformation von Präklinischen Studien in Klinische Studien maßlos überschätzt. Und die meisten Studien über Heilpilze, auch die gut erforschten, sind weiterhin zu einem großen Teil in der präklinischen Phase. Die sind sicherlich nicht bedeutungslos, weil sie ja überhaupt erstmal feststellen sollen, bei welchen Substanzen man nochmal genauer hinschauen könnte. Aber daraus dann eine vermutliche Wirksamkeit ableiten zu wollen, greift angesichts der Erfolgsquoten in dem Bereich deutlich zu weit.

Bei den Pilzen (und nicht nur da) entwickelt sich aber, auch ohne nachgewiesene Wirksamkeit, gerade ein sehr lukrativer Markt für Nahrungsergänzungsmittel und Nootropika, die überwiegend auf präklinischen Studien aufbauen und deutlich geringere Anforderungen für ihre Marktreife erfüllen müssen als Medikamente.

Wenn solche Mittelchen sich nur irgendwelche Selbstoptimierungs-Yuppies reinpfeifen würden, wäre mir das egal.

Aber sicherlich kaufen auch viele kranke (und oft auch verzweifelte) Menschen solche Produkte als Strohhalm in der Hoffnung auf Besserung, unwissend wie gering die Erfolgsaussichten eigentlich sind, dass ein solches Produkt wirklich in ihrem konkreten Fall helfen kann. Und das ist das was ich persönlich ekelhaft an dieser Industrie finde.

LG,

Schupfi

Huhu.

Ein weiterer Leipziger sendet Willkommensgrüße.

Ich streunere auch immer mal durch den Auwald, auch wenn man da leider viel zu selten seine Ruhe hat heutzutage.

Pilzige Inspirationen für Kunst hat's da aber schon ein paar schöne, so dass man da drüber wegsehen kann.

LG,

Schupfi

Moin.

Erinnert mich an den Fund hier.

Mikroskopisch klar F. fennae, makroskopisch nicht, wobei Clavaria da meinte, die können auch recht braun daherkommen aber mit weißen Huträndern.

Ich habe die letztlich lieber als cf. fennae abgelegt und sie nicht kartiert.

LG.

Huhu!

Ich hab auch endlich mal wieder Zeit teilzunehmen heute. Bin gespannt auf den Vortrag und erinnere hiermit nochmal die anderen üblichen Verdächtigen!

LG,

Schupfi

Hi Wolfgang,

ich glaube der Preis, den du für die Chemikalien für die PCR ansetzt ist deutlich zu hoch, müsste ich aber im Detail nochmal genau prüfen. Wie hast du den berechnet?

Die Notwendigkeit und Dauer der PCR ist natürlich ein limitierender Faktor, der sich mit teurerem Equipment mitigieren lässt, sofern Zeit der limitierende Faktor ist. Wenn der Thermocycler nur eine Handvoll Proben auf einmal schafft ist das so, im Protokoll von Stephen Russel macht er 96 Proben auf einmal. Deutlich mehr Samples in einem Rutsch sind auch möglich, aber klar, dann wird's in der Anschaffung schon arg teuer. Alternativ wäre zu prüfen, wie weit man die Anzahl der Durchläufe reduzieren kann. Wenn ich das richtig verstanden habe führen zu viele Durchläufe beim Next-Generation-Sequencing (NGS) auch eher zu Fehlern. Irgendwo hatte ich die Tage mal gelesen, dass man das deutlich reduzieren kann und trotzdem gute Ergebnisse erhält. Finde ich nur leider nicht mehr wo das stand.

Gelelektrophorese kann man weglassen, da die ein oder andere fehlgeschlagene Amplifizierung den Braten beim NGS nicht mehr fett macht.

Sollte sich das alles als zu komplexes Projekt für die Eigenanschaffung und Durchführung durch die DGfM darstellen (kann ich nachvollziehen, ist ja ein Riesenprojekt und auch in den USA lief das erst durch Fördergelder an) könnte man sich alternativ aber vielleicht mitnehmen, dass es mittlerweile effizientere Methoden gibt um relativ viele Barcodes in einem Rutsch zu erhalten als die +-20€ pro Sequenz beim klassischen Sanger-Sequencing.

Ich nehmen an, dass auch Labore entsprechende "High-Throughput"-Verfahren mehr und mehr anbieten. Dann kommt man natürlich nicht mehr auf den sehr günstigen Selbstkostenpreis, den man in Eigenregie erhalten könnte, aber ich denke die Kosten pro Sequenz ließen sich trotzdem um einiges drücken. Die Hoosier-Mushoom Societey bietet zum Beispiel folgendes aktuell noch an (ist allerdings vorrangig für Nordamerika):

So extrem günstig wird's denke ich bei uns noch nicht sein, aber die Kosten werden auf lange Sicht sicherlich weiter fallen.

Gefühlt ist es ja aktuell so, dass viele Pilzler relativ unkoordiniert als Einzelkämpfer/Arbeitsgruppe ihre spannenden Funde nach Spanien schicken zur Sanger-Sequenzierung. Vielleicht könnte man da dann ja koordiniert poolen und ein Kontingent festlegen, das die DGfM fördert. Man könnte auch am Jahresanfang festlegen worauf im aktuellen Jahr der Fokus liegen soll und die Mitglieder ermutigen Arten aus der Gattung/Gruppe gezielt zu sammeln und (im Idealfall standardisiert und wissenschaftlich verwertbar) zu dokumentieren.

Also beispielsweise: 2024 unter dem Motto "Barcoding Melanoleuca".

Was sich halt gerade weltweit ändert, ist der Prozess zur Biodiversitätserfassung. Das geht mittlerweile in Richtung "Barcode first - identification second". Das ganze Fass mit der Zuverlässigkeit der Bestimmung auf Artebene über Barcodes und die Diskussion um die Definition von Artkonzepten würde ich jetzt hier mal ausklammern, wobei das natürlich bei der Ausrufung eines Mottos vorher zu prüfen wäre, ob die gewählte Gattung/Artengruppe sich erfahrungsgemäß über die erfassten Loci einigermaßen trennen lassen (also nicht gerade mit Helvella oder Cantharellus loslegen). Die Artabgrenzungs-Streitereien kann man im Zweifel ja den Forschern überlassen, die dann typisieren oder eben synonymisieren.

Würde man diesen Weg eruieren, wäre der oben genannte Punkt 4 als Zielsetzung meiner Meinung nach auch weiterhin sehr lohnenswert, also der:

4. Aufbau einer zentralen Herbariums-Datenbank, bei der Forschende Material einsehen und anfordern können.

Das ginge über ein iNaturalist-Projekt beispielsweise, dafür müsste man nicht mal etwas neu entwickeln.

LG,

Schupfi

Hi.

Meiner Meinung nach wird andersrum eher ein Schuh draus. Die Aussage in dem Video vorne war relativ klar: Nicht die Kosten werden der limitierende Faktor bei der Forschung sein, sondern der Mangel an Material!

Nicht wir sollten die Experten anschreiben, sondern die Experten sollten uns anschreiben, wenn sie an einer Artengruppe arbeiten und wir bereits die Feld-Doku, Fotos, Exsikkate, Mikroskopie und ggf. sogar Sequenz rumliegen haben. Der Experte sollte einfach alle erhobenen Infos einsehen können und kann dann selbst entscheiden ob er das Material haben will oder nicht. Normalsterbliche kriegen doch gar nicht mit, wer gerade an welcher Gruppe arbeitet. Ich habe mittlerweile auch ein kleines Herbar, die Pilze liegen in einer Schublade, meine Daten dazu auf meiner Festplatte. Da nützen sie eigentlich niemandem etwas, außer mir. Und ich gucke nicht regelmäßig ob sich weltweit in irgendeinem Land gerade eine Arbeitsgruppe bildet, für die ein Teil meiner Sammlung vielleicht interessant wäre. Und wir, die Hobby-Pilzler, sind die Leute, die sowieso in ihrer Freizeit schon ständig auf Wald und Wiese unterwegs sind, einfach aus Spaß an der Freude, während die Berufs-Mykologen ziemliche Anstrengungen und Kosten aufwenden müssten um die passenden Untersuchungsobjekte selbst zu sammeln.

Die Lösung der Amerikaner ist da pragmatisch. Die hängen an ihre Sequenzen die iNaturalist-Fund-ID mit dran und laden dort die entsprechenden Infos hoch. Wenn nun jemand anderes einen Fund sequenziert und einen Treffer hat, kann er da direkt die Beobachtung anschauen, vergleichen und das Material nachfordern, wenn es seinen Anforderungen genügt.

Das Alter spielt nur bedingt eine Rolle, im Video wird gesagt, dass 20-30 Jahre alte Funde zum größten Teil keine Probleme bei der Sequenzierung machen. Die Bearbeitung ist auch nicht unterschiedlich, sondern ganz im Gegenteil, bei diesem Verfahren standardisiert.

Klar gibt's da wieder Feinheiten, dass sich manche Artengruppen nicht mit den Standard-Loci oder nur über eine Multi-Gen-Analyse korrekt zuordnen lassen (z.B. Leccinum, Helvella), da könnte man zum Beispiel vorher mal eine Liste machen mit Gattungen/Artengruppen bei denen die ITS zur Artbestimmung nicht geeignet ist, die nimmt man dann halt nicht in die ITS-Sequenzierung. Wer andere Loci noch auswerten will, weil er zum Beispiel für eine Publikation noch ein Phylogenie-Bäumchen basteln will, wofür die ITS eher nicht geeignet ist, der kann sich das Material dann auch einfach nachbestellen.

In dem Zusammenspiel wäre das allerdings auch wieder eine andere Zielbestimmung:

4. Aufbau einer zentralen Herbariums-Datenbank, bei der Forschende Material einsehen und anfordern können.

Dafür bräuchte man aber noch nicht mal zwangsläufig eigene Sequenzen, auch wenn's natürlich praktisch wäre, diese mit einzubinden, sofern vorhanden.

Auf die Dauer würden dadurch auch Sequenzen ohne Referenzen abnehmen. Die Vergleichsdaten muss ja schließlich auch erstmal jemand schaffen - warum nicht auch die Mitglieder der DGfM selbst? Es gibt da doch viele fähige Leute. Wenn die "hauseigenen" DGfM-Mykologen einen Fund nicht (neo)typisieren wollen/können, kann man ihn ja immer noch bereitstellen für andere, die Interesse daran haben. Und ordentlich dokumentieren müssen wir ja auch mit der Technik der Sequenzierung weiterhin. Das schafft ja überhaupt erst die Grundlage dafür, dass ein Fund wissenschaftlich "verwertbar" wird. Die Zeit fürs Pilze sammeln nimmt nicht ab. Der Organisationsgrad, die Vernetzung von Citizen-Science und Wissenschaftlern und die Arbeitsteilung nimmt stattdessen zu.

LG,

Schupfi

Hi Stefan und Wolfgang,

alles relevante Punkte, keine Frage.

Meine Absicht war eigentlich vorrangig auf die mittlerweile realistischen Möglichkeiten aufmerksam zu machen, die uns die Weiterentwicklung der Technik gebracht hat.

Es gibt natürlich diverse Eventualitäten, die Klärungsbedarf hätten, wenn man sich zur Anschaffung des Equipments entschließt und es ist sinnvoll sich da vorher Gedanken drüber zu machen.

Dafür braucht's aber denke ich einen Rahmen und eine Zielsetzung.

Mal ein paar Beispiele für potentielle Anwendungsfälle auf die man hinarbeiten könnte.

1. Flächenkartierungen genetisch absichern (ggf. nur cf. und unklare Bestimmungen um Kosten zu sparen)

2. "Mycoblitz". Könnte man auch abwandeln, dass man z.B. auf Fachtagungen auf denen ohnehin bereits gründlich gefachsimpelt, bestimmt und mikroskopiert wird hinterher nochmal Sequenzen machen lässt. Dann hätte man auch Frischmaterial mikroskopiert an dem vielleicht auch der ein oder andere Experte dran saß. Ich denke das wäre als erster Testlauf nach Anschaffung des Equipments eine sinnvolle Version. Wenn dabei genetisch "neue" Arten herauskommen, könnte man ja auch gleich (neo)typisieren. Wenn sich kein Experte in der DGfM findet, kann man das Material auch anderen Forschern anbieten.

3. Für DGfM Mitglieder jährliche Kontingente an Sequenzen anbieten (Selbstkostenpreis oder eben gegen Spende um Schulungen/Equipment/Lagerung zu refinanzieren)

Es gibt sicher noch weitere Optionen, wenn man da mal gemeinsam brainstormt.

Man muss natürlich so einiges vorher abklären, das ist klar. Klärungsbedürftige Fragen, die mir so spontan einfallen oder die im Thread schon aufkamen:

1. Wo stellen wir das Labor auf? (Räumlichkeiten, "Laboranten" im Umkreis verfügbar?)

2. Wen können wir schulen um die Sequenzierung durchzuführen? (Mitglieder nach Interesse/Zeit befragen, Kooperationen mit Unis/anderen (Pilz)vereinen mit Erfahrungswerten etc.)

3. Wo können die Exsikkate gelagert werden? Da kommt ggf. ja so einiges zusammen.

4. Wo speichern wir die entsprechenden Fotos/Beschreibungen der Funde, damit sie von anderen Forschern verglichen werden können? (Persönliche Anmerkung: Ich finde iNaturalist ideal, "Pilzgucker" ist für mich wahnsinnig unintuitiv)

5. Finanzierung. Da habe ich zu wenig Einblick was die Finanzen der DGfM angeht. Die Anschaffungskosten sind noch relativ einfach zu eruieren. Bei den laufenden Kosten gibt's natürlich noch Klärungsbedarfe.

Das sind alles keine Dinge, die man mal so nebenbei klärt, aber es ist denke ich auch nicht utopisch, dass man so etwas auf die Beine gestellt bekommt.

Der Verein "Hoosier Mushroom Society" wurde erst 2009 gegründet und sie haben in der kurzen Zeit für sich einen Modus gefunden, in dem sie die moderne Technik gewinnbringend zur Erforschung von Pilzen einsetzen. Warum sollte die DGfM das nicht können?

LG,

Schupfi

Hi Wolfgang,

Zitat von Wolfgang P.

Stattdessen könnte man ganz neu über Flächenkartierung nachdenken.

Das ist auf jeden Fall auch ein sinnvoller Anwendungsfall, dachte ich mir auch.

Zitat von Wolfgang P.

Danach kann man das einzelne Exsikkat aber nicht mehr der einzelnen Sequenz zuordnen, oder?

Doch kann man, sonst wäre das tatsächlich nicht sehr hilfreich. Da wird im Video nicht weiter drauf eingegangen, aber du findest den Abschnitt in den Protokollen.

Kurz gesagt, muss man pro Probe den Primer individuell "taggen" um hinterher die Sequenz wieder dem Fund zuordnen zu können.

Wenn die Sequenzen dann einmal da sind und noch keine Referenz für eine Art vorhanden ist oder mehrere Namen rumschwirren wird's dann ja wieder spannend.

Man könnte dann die Exsikkate entsprechenden Spezialisten zukommen lassen, die gucken ob sich auch makroskopische/mikroskopische Abgrenzungen finden lassen, wenn die DNA nahelegt, dass es sich um eine andere Art handelt. Arbeitsteilung ist denke ich insgesamt keine schlechte Idee, also dass man zum Beispiel Leute hat, die vor Ort sammeln/dokumentieren, andere die mikroskopieren und wieder andere mit dem Know-How der Sequenzierung. Das schöne an der Methode ist ja wie ich finde, dass eben Spezialisten und Amateure zusammenarbeiten könnten. Nicht jeder muss alles können.

Die Personalschulung ist durchaus ein Punkt, aber da muss man schauen ob man entsprechende fähige Leute vielleicht schon im näheren Netzwerk hat, die Lust und Zeit haben sich da einzubringen. Bei Chemie denke ich da zum Beispiel direkt an Stefan ( Climbingfreak ), aber dass man entsprechende Protokolle auch als fachfremder Amateur erlernen kann zeigen ja die Videos von Sigrid. Wir im Forum haben ja auch viele Pilz-Spezialisten, die sich viele ihrer Kenntnisse autodidaktisch angeeignet haben.

Selbiges gilt für die Linux-Kenntnisse. Ich habe keine Ahnung von Linux, mir aber vor einiger Zeit einen Server aufgesetzt, der auch heute noch tut was er soll. Ich muss nicht wissen wie Linux aufgebaut ist, sondern nur die Teile lernen, die für mich relevant sind. Ich könnte mir vorstellen, dass auch für das Aufsetzen des Rechners und die "analytical pipeline" zur Analyse der Sequenzen möglich ist. Erfahrungsgemäß teilen die amerikanischen Mykologen auch sehr gerne ihr Wissen, so dass man da bei Fragen/Problemen auch einfach mal direkt anklopfen kann und sich vielleicht mal in einem Zoom-Meeting austauscht.

LG,

Schupfi

Hi.

Zitat von Aretah

Chalciporus rubinus wäre auf jeden Fall noch ein Pilz, den ich gerne sehen möchte. Auch eine wärmeliebende Art?

Fundortbeschreibung/Ökologie aus Leipzig (mein Fund ist auch vom Standort dort) im Anhang.

LG,

Schupfi

Hi.

Zitat von Aretah

Hier mal ein Video dazu, wie es Sigrid, die auch hier im Forum schreibt, macht. Die PCR macht sie zu Hause und schickt dann die amplifizierte DNA zur Sequenzierung an ein Labor.

Ja, das Video kenne ich.

Klar wird's von den Anschaffungskosten her billiger, wenn man ein Labor beauftragt, aber es geht doch gerade darum, den kompletten Sequenzierungs-Prozess in Eigenregie zu machen um Kosten zu sparen. Sigrid beschreibt ja nur die DNA-Amplifikation, da fehlt ja immer noch die Sequenzierung. Und da gehört dann eben auch ein potenter Rechenknecht dazu, der die Setup-Kosten ordentlich nach oben treibt. Den könnte man aber vielleicht ebenfalls einfach ein paar Tage leihen um die Kosten zu drücken, wenn man eben alle spannenden Jahresfunde in einem Rutsch sequenziert.

Die Anschaffungskosten amortisieren sich aber relativ zeitnah, wenn man statt rund 20€ pro Sequenz nur noch unter 1€ pro Sequenz zahlt. Macht schon einen Unterschied ob ich 20€ für die Klärung eines Fundes aufwende oder 20€ für die Klärung von 20 Funden.

Man könnte das durchaus auch als Benefit für Vereinsmitglieder anbieten, dass man am Jahresende Vereinsmitgliedern anbietet, dass sie eine gewisse Anzahl an Pilzen einschicken können, die dann sequenziert werden.

Könnte man sogar zur Refinanzierung der Anschaffungskosten plus beispielsweise Aufwandsentschädigung/Schulung des Laboranten nutzen, wenn man da um eine Spende bittet (sagen wir 2-3€ pro Pilz - immer noch eine Riesenersparnis und es bliebe sogar was über für den Verein).

LG.

Hi.

Hier ein ausführlicher Beitrag, der den Prozess mit dem "Taschensequenzierer" bei Pilzen näher erläutert und auch einige der Miskonzeptionen hier im Thread entkräftet:

Ist allerdings auf Englisch.

tl,dw:

Ja, man kann damit Pilze barcoden und zwar auch die für uns Pilzler hauptsächlich relevanten Barcodes. Die vorherige DNA-Amplifikation ist aber aus Kostengründen immer noch notwendig/empfehlenswert zumal wir ja meistens sowieso konkrete Abschnitte der DNA haben wollen.

Der Prozess ist mittlerweile sehr viel weiter ausgereift und zuverlässiger.

Größter Vorteil sind die sehr geringen Kosten um einen Barcode zu erhalten, wenn man entsprechend skaliert und die Flow Cells auslastet (0,60$ pro Barcode vs. 10$+ pro Barcode mit Sanger Sequencing). Die Anschaffungskosten für das ganze notwendige Equipment gehen trotzdem eher gen 10.000$, auch wenn der Taschensequenzierer für 'nen Tausender zu haben ist.
Weiterer positiver Faktor ist die Zeitersparnis. Im Video ist die Rede davon, dass in einem Rutsch 960 Pilzproben sequenziert werden (mehr wäre auch möglich). Nachteil ist natürlich, dass ich wenn ich bei der Sanger-Sequenzierung Mist baue nur eine unbrauchbare Sequenz habe. Beim nanocoding wären's dann potentiell 960+ unbrauchbare...

Eine manuelle Aufbereitung der Daten (Alignment/Editing) ist mit der Methode gar nicht mehr nötig.

Kontaminationen sind weniger problematisch für das Ergebnis. Wenn euer Pilz von Hypomyces befallen ist, kriegt ihr mit Sanger-Sequencing meist kein verwertbares Ergebnis. Mit Nanopore-Sequencing bekommt ihr einen Barcode sowohl vom untersuchten Pilz als auch vom Parasiten.

Der Vortragende sagt, dass zukünftig weniger die Kosten der einschränkende Faktor sein werden sondern eher genügend Material heranzuschaffen. Dokumentiert und herbarisiert also eure Funde!

Insgesamt bin ich weiterhin der Meinung, dass das für Pilzvereine, die das nötige Kleingeld haben eine Super-Anschaffung wäre. Alternativ könnte man natürlich auch mit Unis kooperieren, die die Geräte vielleicht bereits vor Ort haben. Sich dort 1-2x im Jahr einmieten und dann die interessanten Funde der Mitglieder aus dem Jahr in einem Rutsch durchsequenzieren. Tricholomopsis

Insgesamt merkt man in dem Video, dass die Mykologen in den USA die Bedeutung von Citizen Science erkannt haben und dass sie versuchen auch den "Hobby-Pilzler" als Ressource für die Forschung zu akquirieren. Da können wir uns noch eine Scheibe von abschneiden.

LG.

Hi.

Vergleiche mal mit Neolentinus adhaerens.

LG.

Huhu.

Erstfunde gab's wie immer viele.

Ich beschränke mich mal auf 5.

1. Gyromitra grandis/fastigiata - Zipfellorchel

2. Geoscypha ampelina - Weinroter Becherling

3. Pluteus umbrosus - Schwarzflockiger Dachpilz

4. Auch bei mir gab's die ersten Tintenfische - Clathrus archeri.

5. Und den Abschluss macht Rubinoboletus rubinus - Kurzsporiger Röhrling.

Coole Idee, wutzi!

LG,

Schupfi

Hi.

Ich finde auch ab und an Nematoden und sonstiges Getier beim Mikroskopieren in Pilzen. Gehört halt dazu bei einem Naturprodukt und mich stört das nicht wirklich. Ist bei Bio-Gemüse sicher nicht anders.

Welche Funktion die Knubbel erfüllen interessiert mich aber auch, weil man nirgends was darüber findet.

Meistens wird gesagt die seien für den Fang von Nematoden aber so weit ich das überblicke fängt eben nur das Myzel Nematoden, nicht der Fruchtkörper selbst.

So richtig scheint da keiner was zu wissen.

LG.

Hi.

Ich habe gerade mal einen Knoten unters Mikro gepackt. Ich sehe da nix auffälliges. Keine Nematoden, Toxozysten oder so. Ein paar lecythiforme Basidiolen waren zu sehen, Sporen, Hyphen.

Vielleicht sind's einfach aberrante Hyphenansammlungen?

Huhu!

Zitat

Schupfi, da frag ich mich, ob die KI zu einer besonders perfiden Ausgeburt der Verbreitung von Verschwörungstheorien werden kann, falls sie sich manipulieren lässt, oder ob sie lernen wird, Wahrheit und Lüge zu und den Versuch von Manipulationen zu erkennen.

Das Generieren von plausibel klingendem Bullshit wird auf jeden Fall vereinfacht. Im Zusammenhang mit Brandolinis Gesetz und der Gish-Gallop-Technik kann man damit relativ schnell unliebsame Diskussionen sprengen ("Derailing"). In unserer komplexen Welt ist es aber auch heute schon für die meisten Menschen bei komplizierten Themen Bullshit von einer plausiblen und fundierten Argumentation zu unterscheiden. Das wird dann halt potentiell nochmal schwieriger.

Zitat von Sebastian_RLP

zumal das Thema gerade in aller Munde ist. Die Ergebnisse sind ja dann doch ernüchternd. Ich frage mich, ob sie besser wären, wenn man in Englisch mit dem Bot kommunizieren würde. (Mehr Datensätze).

Sind sie bestimmt. Ich gehe davon aus, dass die AI momentan hauptsächlich englischsprachige Texte analysiert. Bei der auf Deutsch gestellten Frage nach guten Bestimmungsbüchern kamen ein paar englische Werke aber auch ein paar deutsche. Problem war, dass es die deutschen Werke aber laut Google nicht gibt:

Zitat von Sebastian_RLP

Ob Bots schon im Forum unterwegs sind? In meinem Profil wollte ein gewisser "Elias Fries" zum Aufbau meiner Sporenangaben aufgeklärt werden. Dieser ist aber sonst nicht weiter aktiv hier im Forum. Ich habe mich gerade gefragt, ob das ein solcher KI-Bot gewesen sein könnte? Die Alternative dazu wäre was? Ein hochinteressierter Student? Oder Amateur??? der sich nur einmal für diesen Zweck anmeldet?? Ein anderes Forumsmitglied, welches unter einem Alias mein Wissen testen möchte??

Das ist nochmal eine weitere Thematik. Mittlerweile werden Bots ja gerne angeführt um gegensätzliche Meinungen zu diskreditieren. Da wird dann bei kontroversen Themen gerne mal der Gegenseite unterstellt, dass sie die konträre Position nur mit Hilfe von Bots künstlich aufblasen. Das war vor kurzem bei Twitter zu sehen als Elon Musk ein Bot-Problem herbeibeschwor, dass seltsamerweise hauptsächlich problematisch war bei gegensätzlichen Meinungen zu seiner Einstellung. In DE hatten wir die Diskussion damals bei der Debatte um die Netzneutralität bei der auch versucht wurde, die Widerstände gegen die Aufweichung der Netzneutralität Bots in die Schuhe zu schieben.

Was dein Beispiel angeht, da würde ich jetzt erstmal keine Bot-Tätigkeit unterstellen. Aus dem einfachen Grund weil Bots in Foren zumeist eine Funktion erfüllen. In 90% der Fälle geht es denen darum möglichst den Forenmitgliedern möglichst authentisch Links zu irgendwelchen Webseiten unterzumogeln. Früher war das relativ unkoordiniert, da haben neue Bot-Mitglieder einfach ein Thema eröffnet und dann ihre Links auf Englisch reingeschleudert. Die Links führten dann meist zu irgendwelchen dubiosen Porno-Seiten. Das war natürlich leicht zu erkennen.

Mittlerweile sind die Methoden elaborierter und unauffälliger. Hier im Forum hatten wir mal eine Weile ein paar Spammer, die sich zuerst mit einigen Beiträgen an Threads beteiligt haben (meistens allerdings relative belanglose Beiträge im Sinne von: "Oh, sehr interessant. Danke fürs Zeigen!") um dann, nachdem einige Zeit vergangen war, Links auf ihre Website (war irgendeine Website, die auch "Heilpilzpulver" und Co. verkauft hat) in ihre Beiträge eingebaut haben. Ob das Bots waren oder echte Personen lässt sich aber schlecht nachvollziehen. Derartige Taktiken funktionieren auch in familiären Foren wie unserem hier, weniger gut. Auf großen Social-Media-Plattformen bleiben solche Aktionen viel eher längere Zeit unbemerkt.
Bei der Frage an deiner Pinwand würde ich jetzt eher unterstellen, dass der Poster mit den Abläufen in einem Forum nicht gut vertraut ist und er statt in dem passenden Thread auf deiner Pinwand gepostet hat.

Wer sich nicht bei OpenAI registrieren möchte aber gerne Fragen stellen würde, kann sie mir auch hier hinterlassen und ich frage ChatGPT.

LG,

Schupfi

Grüße,

ChatGPT

PS: Zu deiner Thematik ging im Dezember ein Twitter-Thread viral.

Huhu.

Den Hype um die künstliche Intelligenz war ja, insbesondere durch die Veröffentlichung von ChatGPT, recht groß.

Ich habe also die AI mal ein wenig nach Pilzen befragt. Das ist dabei rausgekommen.

#1 The Samtfußkrempling is a lie:

#2

Die KI hat eine Moral!

Entschuldigung angenommen.

Mit Verwechslungspartnern hat die AI so ihre Probleme.

#3 Typischer Verwechslungspartner vom Austernseitling: Riesenbovist (auch bekannt als Speisetäubling).

#4

"Der Täubling (Agaricus species)"...

#5 Mein Versuch zu schummeln...

Na gut...

Vielleicht hat ja jemand von euch noch weitere Erkenntnisse aus KI-Fragestellungen parat?

LG,

Schupfi

Huhu.

Der Trick liegt also darin beim APR krank mitzurätseln und sich gar nicht durch das Lesen von Phälen verwirren zu lassen. Ich merke es mir fürs nächste Jahr.

Dankeschön für die tolle Urkunde und Glückwunsch an meine Tabellennachbarin Grüni!

LG,

Schupfi

Hi.

Sehr schönes Pilzpathologen-Rätsel.

Der Pilz wurde schon in einem deutschen Keller gefunden, oder?

In dem Farbspektrum gibt es ein paar Flämmlinge (Gymnopilus), die bei uns aber eher nicht so gängig sind. Die haben üblicherweise aber schuppige Hüte, was bei deinen nicht so ausschaut.

Interessantes Winter-Rätsel auf jeden Fall.

LG.