Mathematik der Pilzsequenzierung

Es gibt 2 Antworten in diesem Thema, welches 279 mal aufgerufen wurde. Der letzte Beitrag () ist von Juergen-M.

  • N'abend,


    hat sich hier schon mal wer mit der Mathematik, die der Sequenzierung, also eigentlich der nachfolgenden Erstellung der Claden zugrundeliegt, beschäftigt? Eventuell Publikationen für den Einstieg? Annahmen, die dabei verwendet werden? Nach meinem Verständnis geht das ziemlich geradeaus, eine andere Base ist genau eine Veränderung, zwei andere Basen sind genau zwei Veränderungen, und je mehr Veränderung desto weniger verwandt ... wird die Möglichkeit berücksichtigt, dass eine Veränderung nicht eine einzelne Base, sondern eine Gruppe betreffen kann, ein Drehen einer Gruppe, das Verschwinden einer Base usw. usf. Gibt es irgendwelche Daten, was genau die jeweilige Base ändert? Offensichtlich, Nein. Aber gibt es immerhin Ideen, wofür der entsprecehnde Abschnitt zuständig ist und wass die Änderung bewirken könnte? Gibt es irgendwelche Bezüge zum klassischen Artkonzept?


    LG, Bernd

  • Gibt es irgendwelche Daten, was genau die jeweilige Base ändert? Offensichtlich, Nein. Aber gibt es immerhin Ideen, wofür der entsprecehnde Abschnitt zuständig ist und wass die Änderung bewirken könnte? Gibt es irgendwelche Bezüge zum klassischen Artkonzept?

    Hallo,


    Soweit ich weiß, werden für die Squenzierung jeweils DNS - Abschnitte genommen, die gar nichts kodieren, also mehr oder weniger Müll sind. Erklärt wurde mir das damit, dass Abschnitte, die tatsächlich Eiweiße kodieren viel zu stabil sind (ändert sich da was, führt das in der Regel dazu, dass der betreffenden Organismus nicht mehr überlebenfähig ist).


    Welches Artkonzept meinst du? Christoph Hahn hatte da mal einen Vortrag gehalten und von wenigstens 30 Artkonzepten gesprochen.

    "Das klassische" Artkonzept scheint es nicht zu geben.

    Der Begriff "Art" scheint so zentral. Ernüchternd finde ich, dass es überhaupt keine vernünftige Definition zu geben scheint, was genau eine Art ist, und nach welchen Kriterien man entscheiden kann, ob zwei Individuen jetzt zu einer oder doch zwei verschiedenen Arten gehören?

    Letztlich scheint mir in den klassischen Arten für eine Naturwissenschaft da doch sehr viel Willkür zu stecken.


    Viele Grüße

    Michael

  • Hallo Bernd,


    ich nehme mal an, Dir geht es um diese Statistischen Verfahren bei den Kladogrammen wie Maximum-Likelyhood, Maximum-Parsimony, Neighbour-Joining, Bootstrapping, Bayessche Phylogenie-Inferenz usw.


    Es gibt hier gute erklärende Beiträge:


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