Hallo, Thomas!
Aber nur um das von dir Geschriebene nochmals zu betonen:
Es stimmt sehr wohl, daß die Pilze die Fruchtkörper brauchen. Natürlich schadet das Absammeln em jeweiligen Mycel nicht. Keine Frage, aber der Sinn und Zweck der Fruchtkörper ist das Produzieren und Verbreiten von Sporen zur geschlechtlichen vermehrung. Je weniger Fruchtkörper, desto weniger Möglichkeiten zur Fortpflanzung und zum Erneuern des Genpools einer Art.
ich denke, da ist auch der gesunde Menschenverstand erforderlich und wichtig, eben auch bei häufigen Arten nicht immer ales ratzekahl leer zu sammeln, sondern immer eine ordentliche Anzahl an Fruchtkörpern stehen zu lassen.
Daß dieses gerade für seltene Arten gilt ist klar, aber ebenso richtig ist es, daß häufige Arten auch eine Bedeutung für die gesamte Ökologie haben.
Persönlich sehe ich kein Problem, wenn jemand mehr als die gesetzlich erluabte Menge aus einem Waldstück holt, wenn von der selben Art immer noch das dreifache der Menge im Wald verbleibt. Verantwortungsbewusstes handeln lässt das durchaus zu.
Bezogen auf Saftlinge / seltene Arten: Da ist es das Problem der Bestimmung. In den meisten Fällen ist es notwendig, Fruchtkörper zu entnehmen. Höchstwahrscheinlich muss ja mikroskopiert werden, eventuell auch sequenziert.
Der Schutz für entsprechende Arten und Artengruppen kann in diesem Fall nicht greifen, da man sonst keinerlei Dokumentation der Bestände mehr hätte. Auch da gilt es aber verantwortungsbewusst zu handeln: Man braucht nicht mehr als 2-3 Fruchtkörper, um eine sichere Bestimmung durchzuführen. Und dann hat man immer noch genug um einen guten Beleg anzufertigen, der dann sogar für eventuelle Sequenzierungen taugt.
Meine persönliche verfahrensweise dabei: Wenn eine Kollektion am Standort nur - sagen wir - drei Exemplare enthält, nehme ich nur einen mit, wenn die Fruchtkörper in einem guten Zustand sind (makroskopische Beurteilung problemlos möglich). Einzelfruchtkörper untersuche ich gar nicht mehr: Da muss man halt am Standort ab und an gucken, ob man nicht mal eine vollständige Kollektion hat.
Daß solche Funde dann auch dokumentiert werden (MyKis, Landeskoordinatoren Mykologie etc.) sollte dazu gehören.
Daß der Biotopschutz das Wichtigste ist, da sind wir uns wohl eh alle einig.
Und das betrifft nicht die Sammler von Pilzen (sofern die sich im Wald vernünftig bewegen), sondern da sind vor allem Landwirtschaft und Fortswirtschaft angesprochen, Straßenbau, Industrie usw.
Man sollte sich schon im Klaren sein, daß ein Harvester in einem Waldstück an einem Tag bedeutend mehr Schaden anrichtet, als es eine hundertschaft Pilzsammler in einem ganzen Monat überhaupt könnte.
Noch sehr viel kritischer ist die Eutrophierung der Böden, sowie der völlig übertriebene Einsatz von Pfanzen- Insekten- und Pilzvernichtungsmitteln in der Landwirtschaft.
Dennoch: Naturschutzgebiete sind wichtig (sowie Reservate, Bannwälder etc.), und sich da auch möglichst an die Regeln zu halten und gesperrte Flächen eben nicht zu druchwandern, das sollte auch selbstverständlich sein.
PS.: Je mehr Flächen extensiv bewirtschaftet und somit ökologisch einigermaßen intakt gehalten werden, desto weniger rigoros muss man die gänzlich unbewirtschateten Gebiete für den Naturfreund sperren. 
LG, Pablo.