Moin.
Oder man muss halt bei den Ergebnissen, die wir uns aus den ITS - Untersuchungen zusammenreimen, etwas kritischer sein.
Nimmt man das Beispiel von Ingo: Ohne kritische Betrachtung wäre der Fehler vielleicht einfach übernommen worden und man hätte aus einer Art mal rasch drei gemacht. Tut mir leid, wenn ich weiter von "Arten" spreche. Das ist halt Definitionssache: Natürlich geht die Natur, die Evolution ihre Wege, von denen wir aus unserer anthropozentrischen Perspektive nur Bruchstücke verstehen. Dazu müssen wir aber Begriffe erfinden, um Dinge oder Vorgänge zu beschreiben, so daß wir sie diskutieren können. Die Realtität passt sich nicht an unsere Begriffe an, wir müssen nur unser Verständnis / unsere Definition dieser Begriffe nach und nach an die Realität anpassen. Auch das ist ein Prozess und somit Teil der Evolution. 
Helga Marxmüller hat mit Sicherheit ein gutes Verständnis von Russulaceae, das auf Erfahrung beruht, ausgehend von akribischer Beobachtung der morphologischen Eigenschaften. Da muss man sich nicht irritieren lassen, wenn eine "Art" ganz verschiedene ITS - Sequenzen aufweist. Vielleicht wäre das der nächste Schritt gewesen, bei ein paar morphologisch gut definierten "Arten" jeweils das gesamte Genom aufzuschlüsseln und nach einer geeigneteren Sequenz zu suchen.
Wenn ich das übrigens richtig verstanden habe, gibt es Programme, die aus einzelnen Sequenzen je nach deren Aussehen und Ähnlichkeit Bäumchen berechnen. Ganz grob und sehr vage vorgestellt: So wie man aus einigen Punkten in einem Koordinatensystem eine Kurve ableiten kann, wird aus einigen Sequenzen ein Verwandschaftsbäumchen abgeleitet. Blöd nur, daß biologisches Leben nicht ganz so einfach ist wie eine Kurve in einem zweidimensionalen System, so daß es eben nicht klar sein muss, wohin ein einzelner Punkt (= eine einzelne Sequenz) wirklich gehört. Hätte man ein vollständiges Genom entschlüsselt und untersucht, würde das Bild schon vollständiger werden. Aber auch das bleibt dann ja nur ein Teil des Ganzen.
Aber um noch mal auf einen wirklich interessanten Punkt zu kommen:
Was sich ja anhand dieser beispielhaften Untersuchung gut nachvollziehen lässt, sind die zwei geografisch weit auseinanderliegenden "Stämme" von Kuehneromyces mutabilis: Der mitteleuropäische und der koreanische. Hier finde ich es wenig verwunderlich und durchaus nachvollziehbar, daß ein - wenn auch morphologisch sehr ähnlicher - Pilz am anderen Ende der Welt eben nicht ganz das Gleiche ist. Nun müsste man halt noch herausfinden, was das "koreanische" Stockschwämmchen außer der Heimat und der Sequenz noch vom "europäischen" Stockschwämmchen unterscheidet. Solche Ansätze sind durchaus interessant, müssten aber vertieft werden. So ähnlich ist es ja mit vielen Pilzen, die lange Zeit in Nordamerika den gleichen Namen hatten wie in Europa, bis man eben feststellen musste, daß es da doch ein paar Unterschiede gibt. Was halt auch auf wackeligen Füßen steht, solange die ITS - Sequenz das einzige Argument ist, um da zwei Spezies draus zu machen. Immerhin: Wenn gute morphologische Dokumentationen vorliegen, und man dennoch immer wieder zum selben Ergebnis kommt, hat auch das einen Informationsgehalt. Also wen "Art morphologisch XY" in Europa immer die "Sequenz A" hat und die morphologisch identische Art XY in Nordamerika immer die "Sequenz B" hat, die Sequenzen also bei morphologisch bestimmten Funden immer gleich ist und je nach Kontinent immer in dejn selben Basenpaaren abweicht, kann man daraus sehr wohl etwas ableiten, denke ich.
Aber das ist eben der Punkt: Dazu braucht es intensiv untersuchte und dokumentierte Kollektionen.
Bezogen auf die mit "Tricholoma sejunctum" beschrifteten Sequenzen im Kuehneromyces - Bäumchen: Wenn zu denen keiin Beleg und / oder keine detaillierte Dokumentation vorliegt, sind sie nutzlos und gehören im Grunde genommen gelöscht.
Ebenso wie die sinnlosen Sequenzen zu "uncultured Basidiomycota", die in der Form ebenso null wissenschaftliche Aussagekraft haben.
LG, Pablo.