Hallo Emil,
ich will hier gar nicht argumentieren, dass das zwei verschiedene Arten sind.
Ich halte was ich hier lese auch für starke Argumente dafür, dass es sich tatsächlich um eine einzige Art handelt (deswegen finde ich auch schade, dass der Fruchtkörper mit beiden Fruchtschichtformen nicht mehr greifbar ist).
Ich will nur dem Eindruck entgegen treten, dass die Sequenzierung eine Art unfehlbare Wunderkiste sei.
Ich bin wie gesagt auf dem Gebiet kein Experte, nach meiner Ausbildung bin ich Diplom-Mathematiker (der sich witzigerweise an der Uni damals auch mal mit der Problematik der Auswertung von Sequenzierungsdaten im weiteren Sinne auseinander setzen durfte - damals lieferten Sequenzierer nicht einen DNS-Strang, sondern lediglich Bruchstücke, die dann mehr oder weniger aufwändig wieder zusammengerechnet werden mussten. Ich würde schätzen, dass das heute immer noch so ist.).
Wo ich mir ziemlich sicher bin, ist :
- Sequenzierung ist derzeit nicht 100% sicher (das sind nicht mal die Messungen am LHC in Genf), und untersucht auch nicht die gesamte DNS. Alle Aussagen sind lediglich mit gewissen Wahrscheinlichkeiten behaftet.
- Auch wenn man die vollständige DNS-Sequenz von zwei Individuen kennen würde, könnte man daraus nicht unmittelbar und eindeutig entscheiden, ob beide Individuen einer oder zwei Arten angehören. (Dazu bräuchtest du ein objektives Kriterium. Wie soll das aussehen? Und wer legt das fest? Wenn du weisst, dass sich zwei Sequenzen bei 10000 Basen an 50 Stellen unterscheiden, sind es dann zwei Arten, oder nur eine? )
Ich finde, die beiden weiter oben verlinkten Artikel erklären das ziemlich gut.
Sequenzierung liefert wie morphologische und andere Merkmale Indizien.
Wie diese Indizien interpretiert werden, ist nach wie vor Aufgabe eines Menschen - und kann immer diskutiert werden.
Ich kann nur nochmal empfehlen, die beiden von Stefan F. (Bibliotekar) verlinkten Artikel durchzulesen.
Die Autoren der Studie erheben (wie gesagt, ich habe jetzt nur das Abstract gelesen) meinem Verständnis nach nicht die Behauptung, sie hätten nachgewiesen, dass es sich bei Tricolor und Confragosa um eine einzige Art handelt. Ich würde auch darauf wetten, dass du maximal Formulierungen der Art "...suggests that..." finden wirst.
Die Studie gibt einen weiteren Hinweis dahin, dass es sinnvoll wäre, die beiden Arten als eine anzusehen.
Mehr wird man von der Sequenzierung auch prinzipiell nicht erwarten können - auch wenn die Methoden bis nahe zur Unfehlbarkeit verbessert werden und die gesamte DNS verglichen würde.
Ich lasse mich gerne eines Besseren belehren - im Gegenteil, wenn ich Quark rede, hoffe ich, dass mich hier jemand korrigiert. Ich lerne gern dazu 
Viele Grüße
Michael