Hallo,
äähm ja, wo fange ich an?
Erstmal eins vorweg. Dass ich hier sehr große Probleme haben werde bestimmte Dinge einfach und verständlich zu beschreiben liegt an mir; andererseits auch am Thema. Das ist immer das Problem, wo fängt man an, wo hört man auf und wie detailliert soll es werden?
Es soll ja das ganze Forum was davon haben und nicht nur diejenigen unter euch mit einer Molekularbiologischen Ausbildung. ![]()
Thema Kulturen anlegen: das ist sehr wichtig; egal ob die ITS-Region nun sequenziert werden soll oder eine andere Gensequenz. Man braucht für die Seqenzierung den Pilz sorten- ääh "artenrein".
Es ist sehr wichtig, dass keine pilzliche Fremd-DNA in der Probe enthalten ist, denn dann kommt bei der Sequenzierung nur Müll raus (Probe nicht auswertbar). Das ist insbesondere dann wichtig, wenn das Pilzmaterial (meist anamorphe Pilze) schon auf einem Substrat (Agarplatte) angezüchtet wurde. In den allermeisten Fällen kommt dann nämlich neben dem "Bestimmling" noch andere Schimmelpilze auf die Agarplatte, die neben dem "Bestimmling" lustig darauf wachsen. Also muss man den "Bestimmling" auf eine frische neue Agarplatte aufimpfen und hoffen, dass die Begleitpilze nicht mehr auf der neuen Platte erscheinen. Erst dann lohnt sich die Sequenzierung...
Dass viele Ascomyceten mittels der ITS-Region nicht bestimmbar sind, liegt daran, dass sich die besagte Gen-Sequenz bei denen nicht oder nur marginal unterscheidet. Die Methode funktioniert theorethisch wunderbar, nur kann man dieser dieser Sequenz dann sehr viele Arten zuordnen...
Bei den Großpilzen mit Hut und Stiel ist das Anlegen von Kulturen nicht notwendig, da man einfach den Fruchtkörper/Exsiccat zerteilen kann und dann vom "Inneren" eine Probe für die Sequenzierung zu entnehmen.
l.g.
Stefan
