Hallo Bernd,
So sehr viel weiterhelfen kann ich leider nicht. Die Wissenderen sind eingeladen, zu ergänzen und zu korrigieren.
Den Schritt vom Chromatogramm zu den Basensequenzen kenne ich bisher gar nicht, finde ihn aber auch beachtenswert. Florian hatte dazu hier sehr erhellende Beispiele gegeben.
Wenn du die Basenabfolge schon hast, bräuchtest du als nächstes Vergleichsmaterial aus den Gendatenbanken. Ich habe immer bei Unite gesucht. Hier würde ich dann Proben derselben Art aussuchen sowie noch weitere aus der Sektion oder Subsektion, außerdem noch etwas genetisch weit entferntes als "Outgroup" (das habe ich hier recht gut erklärt gefunden). Ob alles, was in den Datenbanken steht, auch korrekt benannt wurde, ist natürlich auch eine offene Frage. Ich würde mich wenn möglich auf die Sequenzen konzentrieren, die bei "Sequence Source" "Specimen" (übersetze ich hier hoffentlich richtig mit Fruchtkörper?) sowie eine externe Referenz aufgeführt haben. Ich meine, man kann alternativ auch automatisiert alle Proben mit größter Übereinstimmung heraussuchen lassen, aber dann weiß man noch weniger, wie zuverlässig die bestimmt wurden.
Die zu vergleichenden Sequenzen dann ins FASTA-Format bringen, was mit einem beliebigen Texteditor ohne weiteres machbar ist.
Für das Alignment der so vorbereiteten Sequenzen kann man auf Online-Tools wie MAFFT zurückgreifen. Generatoren für Baumdarstellungen sind auf der Ergebnisseite verlinkt.
Ich würde mich freuen, wenn du weiterhin berichtest.
Vielleicht magst du Chromatogramm und/oder Basensequenz der aktuellen Sequenzierung teilen? Dann könnte man mal schauen, ob ein derartiges Vorgehen in die Nähe des vom Profi erstellten Resultats kommt.
LG, Craterelle