ITS Sequenzierung, Polymorphismus und LSU

Es gibt 2 Antworten in diesem Thema, welches 97 mal aufgerufen wurde. Der letzte Beitrag () ist von frank2507.

    Hallo zusammen,


    die molekulargenetische Untersuchung entwickelt sich immer mehr zum Standardwerkzeug für die sichere Identifizierung von extrem seltenen Arten oder solchen, bei denen die traditionelle Herangehensweise (sensorisch/makroskopisch, mikroskopisch und ggfs. chemisch) zu keinem eindeutigen Ergebnis führt, wie z.B. dieser Fund hier:


    Thema
    Ein Bestimmling von gestern ...
    Hallo!

    Gestern habe ich in einem Park mit alten Eichen zwei Blätterpilze gefunden, die bei mir nur Fragezeichen hinterlassen. Ein sehr merkwürdiger Geruch, den ich nicht einmal vernünftig beschreiben kann, ein auffällig glockenförmiger Hut und eine markante Farbgebung auf dem Hut (dunklere ringförmige Zone) sind Merkmale, die in der Kombination eine Bestimmung zulassen sollten. Ich stehe aber total auf dem Schlauch.

    pilzforum.eu/attachment/557663/pilzforum.eu/attachment/557664/…
    frank2507


    Ohne die Sequenzierung wäre Pogonoloma spinulosum nicht identifiziert worden!


    Nun habe ich einen weiteren Kandidaten bei Pablo Alvarado zur Untersuchung, bei dem die ITS-Sequenzierung Polymorphismus ergeben hat. Es gibt nur eine Übereinstimmung zu 97% mit der Gattung Amanita, aber anscheinend keinen direkten Treffer in der Datenbank.


    Nun schreibt mir Pablo (kurz angebunden, Zeit ist Geld!) dazu:


    "145 bp ok, 97% Amanita sp. MN50857, forward? LSU?"


    Das verstehe ich dahingehend, dass 145 Basenpaare übereinstimmen, also zu 97% mit dem Eintrag "MN50857" in irgendeiner Datenbank. Nach meinem laienhaften Verständnis ist mit 97% keineswegs sicher, dass es um die gleiche Art wie "MN50857" handelt.


    Meine erste Frage in diesem Zusammenhang:


    Kann man nur bei 100% Übereinstimmung von der gleichen Art sprechen, oder können ein paar Prozent Abweichung vorkommen und es sich trotzdem um die selbe Art handeln? Wenn ja, bei wie viel Prozent Abweichung ist die Grenze anzusetzen?


    Zweite Frage:


    Was ist mit "forward? LSU" gemeint?

    Ist das eine weitere molekulargenetische Untersuchung, bei der zusätzliche Variablen untersucht werden?


    Es würde mich sehr freuen, wenn mir das jemand in deutscher Sprache erläutern könnte. Ich habe versucht, durch Google-Suche schlauer zu werden, aber die entsprechenden wissenschaftlichen Artikel zu diesem Thema verwenden wiederum zahlreiche Fachbegriffe und sind meistens in englischer Sprache geschrieben, sodass sich nach der Lektüre noch zusätzliche Fragen ergeben haben ?(


    Beste Grüße,


    Frank

    Hallo Frank


    Polymorphismus bedeutet, dass die Sequenzqualität schlecht ist.

    145 bp (Positionen) von der Sequenz sind brauchbar, normalerweise wird es ab ca. 400-500 bp interessant.


    Der Treffer von 97% ist bei einer so schlechten Sequenz wenig hilfreich, das kann stimmen oder auch nicht.


    Nun könnte man noch die ITS in die andere Richtung versuchen (forward), manchmal ist das Ergebnis dann besser, oder man kann beide Richtungen in einem Alignment kombinieren. Kostet nochmal Geld, ist aber eine gute Chance doch noch auf einen Namen zu kommen.


    LSU ist ein anderer Marker, der für die Bestimmung bei Amanita nicht wirklich notwendig ist. Das zu machen, kostet nochmal was, aber wird dir nicht viel helfen.


    Gruss Raphael

    Klasse! Ganz vielen Dank für deine Ausführungen :thumbup:

    Also werde ich noch ein paar Euro extra investieren und erstmal forward Sequenzierung machen lassen. Vielleicht kommt dabei schon etwas heraus.


    Beste Grüße,


    Frank