Hi,
so problematisch sehe ich die wechselnden Namen nicht. Wofür gibts denn Mykis, bzw. Pilze Deutschlands? Dort werden die Namen ggf. von guten Leuten angepasst/gepflegt, wenn es denn richtig erscheint. Das mag zwar etwas blauäugig erscheinen, aber wenn im Mykis eine umstrittene Art nicht gelistet ist, brauche ich die auch nicht zu kartieren. Ich sehe das an dieser Stelle pragmatisch. Ralf du kannst deine Listen gerne so unverändert weiterführen, denn so lange man dem vergebenen Namen auch genau eine konkrete Art zuordnen kann, ist das alles unproblematisch. Was anderes wäre es, wenn eine aRt plötzlich in mehrere aufgespaltet wird, wie es bei den Safranschirmlingen oder bei den Filzröhrlingen passiert ist.
Die Angst mit den Kartierungsfunden mit ensprechender Sequenz finde ich schon etwas übertrieben. Bei den vielen Funden, die gemacht werden, reicht doch nie und nimmer die Analysekapazität der Labors aus (auch im Hinblick auf weitere zu sequenzierende Lebewesen, Viren und Bakterien).
Spätestens bei dem 300 Nachweis einer Standardart (Marone, Steinpilz, Stinkmorchel, Diatrypella favacea;)) sehen es hoffentlich die Verantwortlichen ein, dass das nur ein nutzloses Datensammeln wäre. Wenn sich die Sequenzen nur in 1-2 Basen von jedem Fund unterscheidet, was hätte man denn davon das auch noch zu speichern. Die gleiche Sequenz immer und immer wieder zu speichern ist sinnlos. Wo wir schon wieder beim Datenmüll wären. 
Das Problem mit den schlecht dokumentierten Sequenzen bzw. Sequenzen fehlerhaft bestimmter Funde ist allerdings ein großes. Ich habe da die Erfahrung schon an 2-3 Stellen machen dürfen. Was bei wiss. Publikationen super funktioniert; da werden die Daten/Publikationen nochmal gegengelesen, ist bei den Gendatenbanken nicht der Fall. Leider erkennt man bei der Rechereche in den Gendatenbanken die Güte der Datensätze nicht an. Die einzige Chance, die man da hat, sind die Namen der Arbeitsgruppe. Marco hat bei der Recherche immer wieder Sätze gesagt wie: "Ach die Sequenz stammt von XY und YX, da muss man aufpassen. Die haben öfters mal ne Fehlbestimmung". Demzufolge wird es auch bei den Datensätzen Qualitäten geben, je nachdem, wer die Datensätze produziert hat. Wenn man das so betrachtet, "regelt" der Markt das von ganz alleine. 
l.g.
Stefan