[font="Arial"]Ich habe zusammenfassen folgende ungeklärte Fragen zum Thema, die ich hier mal zur Diskussion stelle –“ vielleicht weiß der eine oder andere Experte dazu etwas:[/font]
- [font="Arial"]gibt es ein Typus-Sequenz-Verzeichnis?[/font]
- [font="Arial"]Ascos: Wie funktioniert das nun genau mit dieser Kultur, das heißt –“ wie können wir Praktiker das mit einigermaßen vertretbaren Aufwand nutzen? Wo bekommt man die Materialien dazu her (falls man es selber machen will) und schadet es der Kultur wenn sie per Post verschickt wird?[/font]
- [font="Arial"]welche der vielen bekannten Berechnungs-Methoden von Phylogrammen ist üblich bei Pilzen?[/font]
- [font="Arial"]bringt es überhaupt etwas ein Phylogramm zu erstellen wenn man nur einen Teil der DNA verwendet –“ also die ITS-Region. Denn: es ergeben sich logischer Weise vollkommen andere Bäume mit der ITS-Region im vergleich zu dem kompletten Genom. Das gleiche gilt für Bootstrap-Werte. Der Logik nach könnte man aus ITS-Regionen weder ein richtiges Phylogramm machen, noch korrekte Bootstrapwerte, Abstandswerte, Unterschiedswerte usw. berechnen, denn man lässt den Rest des Genoms ja einfach weg. [/font]
[font="Arial"]Beste Grüße[/font]
Dieter
Hi,
meine Antworten zu den Fragen in aller Kürze:
1. meines Wissens kein allgemeines; in diversen Gattungsmonographien kann dazu aber was stehen; ist dann aber nur für die jeweilige Gattung
2. das ist tricky. Du brauchst ein entsprechendes steriles Nährmedium, meistens Malzagar oder PDA und beimpfst diese mit Pilzfragmenten, Sporen, mit phytopathogenen Pilzen befallenen Pflanzenteile/Samen usw. unter mehr oder minder sterilen Bedingungen und hoffst auf Reinkulturen. Wenn keine rauskommen, musst du von den Kolonien was abimpfen und auf neues Nährmedium bringen und hoffen, dass dort dann eine Reinkultur rauskommt. Das kann durchaus dauern (mehrere Überimfungen). Die Platten kannst du bei Raumtemperatur lagern und nach 7-10 Tagen siehst du dann Kulturen, die du mikroskopieren musst und ggf. bestimmen kannst.
Einige dieser Pilze kannst du nur mit sehr viel Mühe und Erfahrung bestimmen: Penicillium, Alternaria, Cladosporium und Fusarium um mal die Klassiker zu nenen. Eine Artdiagnose ohne Sequenzierung ist da sehr schwierig bis unmöglich ( für Cladosporium).
3. mach ich mich mal schlau. Ich hab leider meine händischen Aufzeichnungen von dem Sequenzierkurs bisher nicht wiederfinden können. :shy:
4. Das ist genau der Punkt. Das komplette Genom wurde von den meisten Pilzarten meines Wissens noch gar nicht "aufgeschlüsselt". Es sind da meistens nur die ITS-Regionen bekannt. Innerhalb einer Gattung/Familie mag ein phyllogenetischer Stammbaum über die ITS-Region eine gute Möglichkeit/Modell sein. Im Endeffekt wird es die Zeit und neue wiss. Erkenntnisse zeigen, inwieweit die ITS-Region dazu taugt Verwandtschaftsverhältnisse herauszufinden.
Hallo zusammen
Was ich mich schon seit längerem Frage. Wer macht denn überhaupt Sequenzen bzw. wo kann man seine Proben zum Sequenzieren hinschicken ?
Bisher habe ich nur von diesem Services in Spanien gehört, der Sequenzierungen gegen Aufpreis macht. Gibt es so etwas auch in Deutschland ?
VG : Thorben
Hallo Thorben,
klar bieten das auch Firmen in Deutschland an. Über die DGfM/ZMykol gibt es sogar die Möglichkeit über eigener Ideen/Projekte einer kostenlosen Sequenzierung.
l.g.
Stefan