Hallo Pablo,
Meinst du den hier?
http://www.pilzforum.eu/board/…quenzierung-wissenswertes
Ingo, du hast meine Frage schon beantwortet, bevor ich sie gestellt habe. Ich hatte mich bei dem Fliegenpilz-Bespiel gefragt, ob solche (regelmäßige) regionale Abweichungen tatsächlich schon beobachtet wurden oder nur theoretisch möglich wären. Wäre interessant, wenn die Art mal gezielt hinsichtlich der räumlichen Varianz untersucht würde.
LG, Craterelle
Hallo ihr alle,
Mein Anlass, mich mit der ganzen Thematik auseinanderzusetzen, war die Bemerkung eines Pilzfreunds, dass einer seiner Kollegen die Mykologie an den Nagel hängen wollte, weil er seine Arbeit durch die Sequenzierungen gefährdet/missachtet/entwertet sah (den genauen Wortlaut weiß ich nicht mehr, tut aber wenig zur Sache, weil ohnehin nur aus zweiter Hand).
Da läuft doch offensichtlich etwas gewaltig schief?
Aber was, an welchem Punkt?
Eine mykologische Vereinigung, egal ob national oder international, die die Bedeutung von Genanalysen negieren würde, wäre aus meiner Sicht nicht ernstzunehmen.
Eine stärkere Kontrolle oder mehr Dokumentationspflichten sowohl in den Gendatenbanken als auch - umso mehr - bei der Beschreibung "neuer" Arten erscheint mir dagegen wünschenswert, ebenso wie verstärkte internationale Zusammenarbeit insgesamt.
Ich glaube übrigens nicht, dass der Drang, neue Arten zu benennen, durch die Gensequenzierung entstanden ist. Das könnte eher im Geltungsbedürfnis der menschlichen Spezies begründet sein (von dem niemand 100% frei sein dürfte).
Und ich habe noch eine eher allgemeine Bitte an diejenigen, für die das ein emotionales Thema ist: evtl. mal drüber schlafen, bevor man jemanden persönlich angeht. Das würde ich mir von Moderatoren sogar noch mehr wünschen als von allen anderen. Mir wurde mal bedeutet, dass öffentliche Kritik an Moderatoren hier nicht geduldet wird, insofern will ich es nicht als solche verstanden wissen, sondern ausschließlich als Ratschlag zum pfleglichem Umgang miteinander.
LG, Craterelle
P.S.: Ingo, dein Beispiel würde ich gern in einen anderen Thread entführen, um es noch etwas hin- und herzuwenden. Pablo, die Gedanken zur Kartierung find ich auch sehr interessant.
Auch von mir danke für die Blumen! Du wirst dann hoffentlich den Fotowettbewerb zukünftig kräftig aufmischen?
LG, Craterelle
Ich habe so lange kaum Musik gehört, jetzt plötzlich wieder recht viel, weil ich auf der Arbeit öfter mal eine Schallschutzmauer brauchte.
Es gab auch mal einen ganzen Nachmittag lang Punk, aber immer wieder bin ich zu der Band zurückgekehrt:
http://www.mountain-goats.com/
Die neueren Stücke sind insgesamt eher düster, melancholisch, depressiv, trotzdem sind auch da einige drunter, die ich sehr mag, Damn These Vampires z.B. (das Album All Eternals Deck gefällt mir insgesamt ganz gut), Heretic Pride oder auch - mit dem allerbösesten Text - No Children.
Das Stück, was ich als erstes kannte und was für mich ein ganz besonderes ist, ist aber Going To Georgia. Sparsamste Instrumente, sparsamste Tontechnik, wie frisch aus der Garage, aber für mich ein ganzes Roadmovie im Ohr.
Trifft sicher nicht jeden Geschmack, vorstellen wollte ich es euch trotzdem mal.
LG, Craterelle
veröffentlicht wurde er von der Österreichische Mykologische Gesellschaft in der ÖZP 24,
MENTRIDA, S., KRISAI-GREILHUBER, I., VOGLMAYR, H., 2015: Molecular evaluation of species delimitation and barcoding of Daedaleopsis confragosa specimens in Austria. –“ Österr. Z. Pilzk. 24: 173–“179.
Danke, Peter! Dann werde ich mal versuchen, das aufzutreiben. Den Wikipedia-Artikel (https://de.m.wikipedia.org/wiki/DNA-Sequenzierung) habe ich mehrmals gelesen, finde ihn aber eher schwere Kost.
LG, Craterelle
Hallo Kletterstefan,
Ein Y ist mir bisher noch nicht untergekommen.
Ich nehme N mal als "aNy base" entsprechend dieser Auflistung und ignoriere den Rest, bis ich tatsächlich darauf stoße.
Das weitere: die Bestimmung der Basen erfolgt also chromatografisch? Ich hatte gedacht, chromatografische Verfahren würden bestenfalls Mengenanteile für enthaltene Moleküle liefern können, womit uns hier allerdings nicht so recht geholfen wäre, weil wir ja die Reihefolge brauchen.
Tatsächlich hat mein Vorstellungsvermögen an diesem Punkt noch einen blinden Fleck: mit welcher Methode lese ich aus meiner vorbereiteten Probe, die nur noch den ITS-5.8S-ITS2-Abschnitt enthalten sollte, die Abfolge der Basen aus? Oder: ich welche Kiste stecke ich's, damit hinten die Buchstaben rausfallen?
Habichtspeter: vielen Dank! Der dort erwähnte Artikel MENTRIDA & al. (2015) würde mich sehr interessieren. Ist evtl. auch noch der genaue Artikel angegeben und wo er veröffentlicht wurde?
LG, Craterelle
Und was, wieviel genau wird da weggeschnipselt am Anfang und am Ende? Und warum?
Eine Möglichkeit wäre, dass der Teil nicht immer vorhanden ist. Zumindest ist er sehr unterschiedlich lang bei den Sequenzen, die ich mir angeschaut habe.
Warum setzen dann aber zwar die meisten aneinander ausgerichteten Sequenzen im einer Gegenüberstellung (wie z.B. hier, in der Tabelle ganz rechts) bei einer bestimmten Folge an, aber einige eben doch später oder früher? Vielleicht erklärt sich ja alles fast von selbst, wenn ich die Bedeutung der Bindestriche verstehe?
Stefan, wollen wir versuchen, noch etwas nach Art der Maus zu beschreiben? Z.B.
- ...
- Bioinformatik (Sequenz-Alignments, Datenbanken)
An diesem Punkt bin ich wirklich wohl gerade. Vielleicht kann nochmal jemand etwas Licht machen?
LG, Craterelle
Es ist echt toll, was hier alles zusammengekommen ist. Praktisch damit anfangen wollte ich noch gar nicht, erstmal "nur" die Zusammenhänge verstehen.
Jetzt habe ich mal in den von Pablo verlinkten Datenbanken gesucht. Mit der ersten kam ich nicht recht klar, bei Unite finde ich immerhin die gesuchten Arten. Mein Übungsopfer: Sarcodon, insbesondere S. imbricatus und S. squamosus, die ja noch gar nicht so lange überhaupt getrennt werden.
Da habe ich dann zu jeder Probe eine Sequenz von knapp 1000 Basenpaaren (das scheint auch immer die gleiche Anzahl zu sein, genau 979 nein, die Anzahl ist doch nicht gleich, so 750-1000 sind es wohl).
In den vergleichenden Ansichten ist von dieser Sequenz am Anfang und am Ende großzügig etwas weggelassen, und der mittlere Teil mit Hilfe von Bindestrichen in Blöcke gruppiert.
Und dieser mittlere Teil passt dann auch sehr hübsch zu anderen Proben der gleichen Art, und im Vergleich zur eng verwandten Art erkennt man sowohl identische Gruppen als auch abweichende (und zwar systematisch abweichende, also bei allen der einen Art Muster x, bei denen der anderen Muster y). Das sieht doch alles schon ganz nett aus.
Trotzdem brauche ich nochmal ein bisschen Hilfe, und zwar zu allererst mal zur Bedeutung der Bindestriche. Gruppieren macht sicherlich Sinn, auch hinsichtlich der Beobachtung, dass Abschnitte bei benachbarten Arten abweichen können. Aber es sind unterschiedlich viele Bindestriche. Vielleicht, weil die "Austauschobjekte" zwischen den Arten unterschiedlich lang sein können?
Und was bedeutet der Buchstabe N, auf den ich gelegentlich statt der üblichen ATGC gestoßen bin?
Ein großes Dankeschön schonmal an alle!
LG, Craterelle
Hallo zusammen,
Ich möchte das Thema noch einmal aufgreifen, um ein paar Links zu ergänzen und vielleicht meinen Kenntnisstand bzgl. der wissenschaftlichen Untersuchungen zu verbessern.
Nobi, du beziehst dich vermutlich auf diese Diskussion im DGfM-Forum?
http://forum.dgfm-ev.de/thread/686-herbstlorchel/
Ich habe darüber hinaus noch diesen Auszug gefunden:
http://www.123pilze.de/000Forum/attachment.php?aid=25726
Das ist offenbar aus Flammer/Horaks. Die Autoren nehmen also an, dass der Nachweis von Gyromitrin/MMH in Spuren bei Helvella crispa auf Verunreinigungen zurückzuführen sein könnte, da in jüngeren Untersuchungen kein Gyromitrin oder MMH in Proben der Art nachgewiesen werden konnte.
Es liegt mir absolut fern, die Herbstlorchel daraufhin als essbar zu bezeichnen, aber mich würde interessieren, ob es dazu neuere Erkenntnisse gibt, die eben doch Gyromitrin bzw. MMH (oder auch andere problematische Verbindungen) darin nachgewiesen haben.
LG, Craterelle
Sehr gelungene Bilder und eine tolle Idee, uns mitzunehmen in die Winterlandschaft! Ich komme gerade viel zu selten raus.
Um die Prachtbecher beneide ich dich fast ein wenig, die stehen bei mir noch auf dem Wunschzettel.
So, und jetzt schnell einen heißen Ingwertee.
LG, Craterelle
So, die Abstimmung ist beendet. Ein klarer Sieger, 2 gemeinsame Zweite.
Ich habe das mit den ausgelobten Chips jetzt nicht so präsent, aber das sollte reichen? Oder gab es gar keine Chips, sondern Eintrittskarten ins Pfahlbau-Museum? 
Glückwunsch an Hans, Pablo und Wolfgang!
Ingo, ich vermute, man sieht diesen Text, wenn man noch nicht abgestimmt hat (das habe ich doch schon geschrieben). Weil ich aber selbst abgestimmt habe, kann ich es dir nicht genauer sagen.
Grüni, da kann ich auch nicht helfen. Schreibe deine beiden weiteren Favoriten doch einfach hier unten hinein, Ingo wird das dann hoffentlich mit berücksichtigen (und das ohne Rechengnolm 
).
LG, Craterelle
Hallo Ingo,
Wenn du ausgeloggt bist und mutmaßlich auch, wenn du noch keine Stimme abgegeben hast, steht es direkt unter der Umfrage:
ZitatDiese Umfrage schließt am: 19-01-2017
Hinweis: Dies ist eine öffentliche Umfrage. Andere Benutzer können sehen, was Sie gewählt haben.
LG, Craterelle
Wer hat denn nun die Pfahl-Wahl gewonnen?
Hallo Grüni, die Abstimmung läuft am 19. aus. Welche Pfähle in Führung sind, kannst du direkt in der Abstimmung sehen. Aber da erst 16 von 30 abgestimmt haben, könnte sich theoretisch noch etwas verändern.
LG, Craterelle
Fällt denn über das Jahr hin nicht einfach mal ein Bild (oder 2) an, das sich als Rätselausschnitt eignen würde?
Ist das wirklich so ein großes Ding?
Hallo Ingo, ich fühlte mich zuerst ziemlich angeschrien von den Riesenbuchstaben 
Aber waren ja dann gleich wegeditiert, also wohl nicht so gemeint (ist mir auch schon ganz oft passiert beim Versuch, Text in den Editor zu kopieren).
Ich finde ein Kollektivrätsel nach wie einen spannenden Ansatz. Aber Rätselbilder wären für mich generell eine mittelgroße Sache, sollen ja auch schöne werden, und die Latte liegt hoch.
LG, Craterelle
Ist aber ohnehin nicht allzu wichtig, da sich das Modell "Kleines Team versucht, Annas Arbeit gemeinsam zu bewältigen" durchsetzt.
Hallo Ingo,
Oh, echt? Das finde ich ja fast schon schade angesichts der großen Bereitschaft und Kreativität, die sich hier bemerkbar gemacht hat.
Naja, wenn's so sein soll...
Wünschen würde ich mir noch eine kleine Vorab-Ankündigung möglichst bald, damit wir alle wissen, ob wir nun Rätselbilder sammeln sollen oder nicht.
LG, Craterelle
Hallo Ingo, ich erkenne in deinem letzten Beitrag nicht, was du mir sagen willst. Nichts? 
Abeja, ein maximal dezentrales Rätsel ist auch eine Möglichkeit (hatte evtl. auch schon mal jemand ins Spiel gebracht, es ist schwer, da den Überblick zu behalten). Etwas gnompliziert wird's mit den Jokern, die man dann öffentlich anfordern müsste, damit es nachvollziehbar ist.
LG, Craterelle
Also nicht, dass wir uns missverstehen, ich Rede von Punkten, die der Rätselsteller kriegt.
M.E. ist ein Rätselbild bei ca. 15 Lösungen durchaus ausgewogener und besser als eins, dass alle lösen oder keiner.
Ich sah das als Möglichkeit bei der Rätselvariante "Jeder gibt ein Rätselbild" ab.
Hallo Ingo,
Nanu, habe ich mich so wirr ausgedrückt?
Nein, missverstanden habe ich dich nicht, glaube ich.
Es geht auch mir um Punkte, die der Rätselsteller kriegt.
Und ich habe auch nicht widersprochen, dass ein Rätsel, welches von 15 Teilnehmern gelöst wurde, wahrscheinlich besser ist als eines, das von niemanden oder von allen gelöst wird.
Aber ein 15 mal gelöstes Rätsel ist doch eben nicht notwendigerweise besser als ein 14 oder 13 mal gelöstes.
Frage: bist du gedanklich nach wie vor bei dem Modell, wo jeder Teilnehmer genau ein Rätsel stellt? Also keiner ohne eigenes Rätsel mitmachen kann und auch niemand mehrere stellt?
LG, Craterelle
Ja, ihr kommt schon noch dorthin, wo ich herkomme.
Die spannendsten und idealsten Ratebilder für so ein Rätsel sind die, welche ungefähr von der Hälfte der Mitmachenden gelöst werden.
Rätsel, die keiner schafft, machen keinen Spaß, und Rätsel, die von 30 Ratenden bei 30 Teilnehmenden gelöst werden, bringen keine Platzierungen zustande.
Irgendwann kommt ihr schon noch auf meinen angestrebten Schwierigkeitsindex von 15 richtigen Lösungen bei 30 Teilnehmern. Und dass man den auch bei Punktlandung honorieren könnte (ein Extraspaß), falls es ein Gemeinschaftsrätsel wird.
Hallo Ingo,
Es erscheint nicht abwegig, bei einem kollektiven Rätsel auch für den Rätselsteller variable Punkte zu vergeben. Nur sollte das Rätselstellen, gerade wenn es freiwillig ist, ja auch noch einigermaßen attraktiv bleiben. Falls du den Rechengnolm nicht mehr wecken willst: Wenn das Ziel ist, das ein Rätsel im Schnitt von ca. der Hälfte der Teilnehmer gelöst, müsste man ca. 50% Chance auf die volle Punktzahl haben, und keine zu große Aussicht auf 0 Punkte.
Davon abgesehen: ein Rätsel, dass genau die Hälfte der Teilnehmer löst, ist doch keinen Deut besser als eines, was ein paar mehr oder weniger lösen (schau mal durch die alten Rätsel). Nur das mit der maximalen Punktzahl zu werten finde ich etwa so sinnvoll wie z.B. genau 13 richtige Lösungen zu belohnen. Bei der Chipsverteilung ist sowas ok, in der Punktwertung m.E. nicht so im Sinn der bisherigen Adventsrätsel.
LG, Craterelle
P.S.: @ abeja: macht doch nichts, ich hatte mich selbst auch nie weiter als zwischen dem 5. und 6. Platz gesehen.
Hallo Gerd,
Auch von mir vielen Dank für deinen Bericht über den Kurs. Von mir aus dürfte es sowas gern noch öfter geben.
Jemand (evtl. Eljota?) war glaube ich diesen Herbst auch in Hornberg gewesen, da hatte ich mir auch einen erhofft.
Ich überlege mir eine Teilnahme auch immer mal wieder. Aber der Schwäbische Wald ist ganz schön weit weg, und die Kurse in Oberhof ausgebucht.
LG, Craterelle
Man könnte den Eindruck bekommen, alle wollen koordinieren statt miträtseln (ich auch, ich auch!)
Nicht dass Anna nachher die einzige Teilnehmerin ist 
Für mit den anspruchsvollsten Teil außer dem Erstellen der Rätsel halte ich übrigens das Bewerten jenseits der exakten Treffer (also 5, 3 oder 0 Punkte).
Moin,
Gute Idee auf jeden Fall, irgendwas zu machen, schon den Gnolmen zuliebe (und uns, und Anna) 
Bei 24-30 Teilnehmern sehe ich gar kein Problem, ggf. gibt's dann eben mal an einem oder mehreren "B-Tagen" nur ein (B?-)Rätsel.
Das Rätsel bei <24 Teilnehmern früher zu beenden kommt mir dagegen merkwürdig vor. Dann feiern wir alle schon am 21. Weihnachten, weil ja der Adventskalender alle ist?
Dann vielleicht doch besser später einsetzen, oder es könnte ja auch sein, dass der Koordinator noch ein paar Rätsel aus seinem Ärmel schütteln kann oder Zaungäste welche beisteuern.
Wenn dann bis 30 Teilnehmer dabei wären und jeder selbst ein Rätsel stellt (das wäre gewissermaßen die Teilnahmegebühr), finde ich es auch nicht unangemessen, für das eigene Rätsel 10 Punkte zu kassieren. Das wäre dann ja für alle gleich. Einen Teil dieser Punkte aberkennen würde ich allenfalls, wenn es wirklich niemand ohne Joker rauskriegt oder mehr als die Hälfte der gezogenen Joker in den Sand gesetzt werden.
Was man mit dem 31. und weiteren Teilnehmern anstellt, wäre noch zu überlegen. Entweder gar nichts, also etwas schlechtere Startbedingungen für die, die sich zu spät anmelden, oder vielleicht ein Bonus von 5 Punkten? Ein zusätzlicher Joker erscheint mir eher zu viel des Guten. Aber ich halte es ohnehin für wenig wahrscheinlich, dass wir so viele werden.
LG, Craterelle
Kein Wunder, dass Du Dir das Plätzchen nicht wieder mit mir teilen konntest, ich bin einfach zu langsam.
Hallo Anja,
Naja, ich wähnte dich ja weit, weit vor mir (in meiner Wettliste auf dem 2. oder 3. Platz), da bin ich dir dann einfach hinterhergestürmt
LG, Craterelle
Hallo zusammen,
eigentlich hatte ich vorgehabt, die Abstimmung an den anderen Beitrag hängen, aber die Option dazu ist jetzt gar nicht mehr da
(@ Moderatoren: falls das unter Erhalt der Umfrage möglich ist, könnt ihr die beiden Themen gern zusammenfügen.)
Deshalb also bitte hier munter abstimmen. Etwas ausführlicher dargestellt und v.a. verlinkt (zumindest die meisten) sind die Kandidaten hier:
http://www.pilzforum.eu/board/thema-apr-2016-pfahl-wahl
LG, Craterelle
P.S.: Ich habe die Dauer mal auf 7 Tage gesetzt, das sollte hoffentlich ausreichen. Und jetzt habe ich mich in der Überschrift der Umfrage tatsächlich mal am F verschluckt, hust.
Hat noch jemand Lieblingspfähle? Noch Pfähle jemand?
Ich werde die bis dahin genannten heute abend dann mal in eine Umfrage gießen.
Aus meiner Sicht sollten 3 Stimmen für jeden ausreichen, oder habt ihr da massive Einwände?
