Bericht vom 26.04.2016: Der Spaziergang am Fluss endete mit einer Sequenzierung

**Schwammer-Dieter** · 10. Februar 2017

[font="Arial"]26.04.2016: Der Spaziergang am Fluss endete mit einer Sequenzierung

Hallo Schwammer-Freunde,
heute wollte ich eigentlich nur ein bisschen am Fluss entlang gehen - aber sicherheitshalber nahm ich mal meine Kamera mit.
Es gab einiges zu sehen und die tollsten und interessantesten Funde habe ich für Euch wieder mal zusammengestellt.
Vor allem den letzten Fund in diesen Bericht solltet Ihr Euch mal ansehen.
Und los geht's....
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[font="Arial"]Fundnummer: 2016-04-26-1420
Den Auftakt machten diesmal Judasohren (Auricularia auricula-judae):

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[font="Arial"]Fundnummer: 2016-04-26-1512

Weiter ging es mit einem Rindenpilz der nicht leicht zu bestimmen war...

Makrodaten:
Fundort: ca. 550 müNN. ca. N50, O12, an Totholz Birke
Fundzeit: 26.04.2016
Größe: ca. 12 cm
Sporenpulverfarbe: weiß
Geruch: nicht getestet
Geschmack: nicht probiert

Mikrodaten:
[/font]
[font="Arial"]Sporen:
hyalin, manchmal auch etwas punktiert (aber keine klar erkennbare Öltröpfchen), gurkenförmig (suballantoid)
(9) 9.2 - 10.8 (11.3) x (2.3) 2.5 - 2.9 (3) µm
Q = (3) 3.4 - 4.2 (4.3) ; N = 18
V = (27) 31 - 45 (48) µm ³
Me = 9.9 x 2.7 µm ; Qe = 3.7 ; Ve = 38 µm ²
Die Sporengröße ist nicht wirklich aussagekräftig, da der Pilz kaum aus-sporte - also entweder zu unreif oder "überreif" war.

Basidien:
4-sporig, Basal-Schnallen waren nicht erkennbar (heißt nicht dass keine da waren)
(19.2) 19.25 - 25.5 x 5.3 - 5.7 µm
Q = 3.6 - 4.8 ; N = 3
Me = 22.2 x 5.5 µm ; Qe = 4.1

Sterigmen:
(3.6) 3.61 - 4 µm
N = 3
Me = 3.9 µm
[/font]
[font="Arial"]Zystiden:
Sehr selten, moliniform
37.3 x 4.1 µm
Q = 9 ; N = 1
Me = 37.3 x 4.1 µm ; Qe = 9

[/font]
[font="Arial"]Hyphen:
septiert, mit Schnallen
2 - 2.8 (2.9) µm
N = 14
Me = 2.3 µm

Hyphenenden:
zylindrisch über keulig bis kopfig
(2.8) 3.1 - 5.7 (6.2) µm
N = 11
Me = 4.3 µm
Hinweis: Die kopfigen Hyphenenden sind in "Corticiaceae of north europe" für die Art die unten gleich genannt ist dargestellt.

Tramakristalle:
deutliche würfel-förmige Kristalle
(2.9) 3.3 - 4.1 (4.2) µm
N = 9
Me = 3.6 µm
Hinweis: Die Kristalle im Trama sind in "Westfälischen Pilzbriefen VII. Band, Heft 7/8 - Jahr 1969" für die Art die unten gleich genannt ist beschrieben.
[/font]
[font="Arial"]

Pablo half mir bei der Bestimmung sehr. Danke noch mal.
Es ist der Reibeisen-Rindenpilz (Basidioradulum radula).
Für mich ein sehr schöner Erstfund (bzw. eher eine Erstbestimmung):

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[font="Arial"]Fundnummer: 2016-04-26-1552

Leider hatte ich bei dieser Art einen Wassertopfen auf der Linse nicht bemerkt - sorry.
Nadel-Blasssporrübling (Gymnopus perforans):

[/font]
[font="Arial"]Fundnummer: 2016-04-26-1602

Der nächste Fund: Ein Standard - aber davon hatte ich noch keine Bilder:
Striegeliger Schichtpilz (Stereum hirsutum):

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[font="Arial"]
[/font]
[font="Arial"]Fundnummer: 2016-04-26-1705

Zum krönenden Abschluss folgte ein für mich sehr, sehr spannender Fund, da er sehr schwer zu bestimmen war.
Eine Psathyrella.
Zum Schluss konnte ich ihn aber doch knacken... Ich freue mich Euch den "Bestimmungsweg" zeigen zu können...

Zuerst nahm ich die Makrodaten auf:
[/font]
[font="Arial"]Makrodaten:
[/font]
[font="Arial"]Fundort: ca. 550 müNN. ca. N50, O12, auf Erde (mit Laub bedeckt) und an Totholz Laubholz
Fundzeit: 26.04.2016
Wuchsform: einzeln
Hutform: konvex
Huthaut: karamellbraun
Hygrophanität: ja, wird ocker
Hutrand: Lamellen durchscheinend, mit minimalem Behang
Lamellen: creme, mit Zwischenlamellen
Lamellenschneiden: creme (keine Farbunterschied zu Lamellen)
Lamellen-Stielübergang: sieht angeheftet aus aber wenn man genau hinsieht ausgebuchtet angewachsen
Fleisch: weiß, zwischen Hut und Lamellen eine orange Zone
Stiel: weiß, oben längsrillig bereift, Mitte kahl, unten stark befasert, hohl
Stielbasis: verdickt
Größe: Hutdurchmesser ca. 1,5-2 cm; Stiellänge 4-6 cm, Stieldurchmesser ca. 3 mm
Sporenpulverfarbe: schwarz mit Violettstich
Geruch: neutral
Geschmack: nicht probiert

Klar - damit lässt sich überhaupt noch nichts anfangen.
Weiter ging es an die Mikrodaten:
[/font]
[font="Arial"]Mikrodaten:

Sporen:
(7.3) 8.5 - 9.4 (10) x (4.2) 4.3 - 4.8 (5) µm
Q = (1.7) 1.8 - 2.1 (2.2) ; N = 21
V = (73) 80 - 112 (122) µm ³
Me = 8.9 x 4.5 µm ; Qe = 2 ; Ve = 96 µm ³

Cheilos:
24 - 29.7 x (8.5) 8.53 - 12 µm
Q = (2.4) 2.43 - 3.1 ; N = 5
Me = 27.4 x 9.9 µm ; Qe = 2.8

Pleuros:
(36.2) 36.23 - 53.38 (53.4) x (9.9) 9.91 - 12 µm
Q = 3.5 - 5.39 (5.4) ; N = 5
Me = 44.4 x 11 µm ; Qe = 4.1

Basidien:
4-sporig
(21.4) 21.44 - 22.8 x (8.5) 8.51 - 9 µm
Q = (2.5) 2.52 - 2.5 ; N = 2
Me = 22.1 x 8.8 µm ; Qe = 2.5

Schnallen:
ja, aber nur in den Hyphen

Sphaeropedunculate Marginalzellen:
(9.8) 11.5 - 24 (29.1) x (5.4) 6.3 - 13.4 (17.2) µm
Q = (1.3) 1.5 - 2.1 (2.4) ; N = 24
Me = 17.8 x 10 µm ; Qe = 1.8

[/font]
[font="Arial"]Wenn man diesen Pilz akribisch(!) schlüsselt, dann kommt man auf die interessante Gruppe:
Psathyrella fatua ODER Psathyrella spadiceogrisea agg. Unter Psathyrella spadiceogrisea agg. verbergen sich mindestens 3 Sippen nach Info von Andreas.
Das bedeutet es kommen mindestens 4 Arten in Frage.
Das dumme an der Geschichte ist nur: Psathyrella fatua und Psathyrella spadiceogrisea agg. lassen sich definitiv weder makroskopisch noch mikroskopisch unterscheiden.
Das bedeutet hier musste ich zwingend eine Sequenzierung in Angriff nehmen.

[/font]
Ergebnis der Sequenzierung:

Sequenz des Pilzes:
[font="Courier New"]GAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAATGAATATCTATGGTGTTGGTTGTAGCTGGCTTCTCGGAGCATGTGC
ACGCCCACCATTTTTATCTTTCCACCTGTGCACTTGATGTAGATCTGGATAACCCTCGCTTTACACAAGCGGATGCAAGGATTGCTGCGTCGCAAGGCCG
GCTCTCTTTGAATTTCCAGGTCTATGTACCTTACACACCCCAATTGTATAATGAAGAATGTAGTCAATGGGCTCTAAGCCTATAAAACAAAATACAACTT
TTAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAAC
GCACCTTGCGCTCCTTGGTACTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTCATCAGTTTTGTAACGAGACTGTGGGATTGGATGTG
GGGGTTTGTGTAGGCTGCCTCAGTGCGGTCTGCTCCCCTGAAATGCATTAGCGAGTTCAAACTGGGCTCCGTCTATTGGTGTGATAATTATCTACGCCGT
GGATTGAGCTTAGACTTGCTTCTAACCGTCCGCAAGGACAATTTTTTGACAATTGACCTCAAATCAGGTA[/font]

Primermap:

Vergleich mit dem Typus:

[font="Arial"]Ich verglich mit den Daten der ITS-Region mit der DNA des Typus (DQ389681.1) von Psathyrella fatua:[/font]
Psathyrella fatua voucher LO132-97 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Sequence ID: DQ389681.1 - Length: 1622
Score 1184 bits(641)
Expect 0.0
Identities 661/671(99%)
Gaps 2/671(0%)
Strand Plus/Plus

[font="Courier New"]Fund 1 GAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAATGAATA 60
|||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Typus 11 GAAGTATAAGTCGTAANCATGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGTAAGGAT-ATTAATGAATA 69

Fund 61 TCTATGGTGTTGGTTGTAGCTGGCTTCTCGGAGCATGTGCACGCCCACCATTTTTATCTT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Typus 70 TCTATGGTGTTGGTTGTAGCTGGCTTCTCGGAGCATGTGCACGCCCACCATTTTTATCTT 129

Fund 121 TCCACCTGTGCACTTGATGTAGATCTGGATAACCCTCGCTTTACACAAGCGGATGCAAGG 180
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Typus 130 TCCACCTGTGCACTTAATGTAGATCTGGATAACCCTCGCTTTACACAAGCGGATGCAAGG 189

Fund 181 ATTGCTGCGTCGCAAGGCCGGCTCTCTTTGAATTTCCAGGTCTATGTACCTTACACACCC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Typus 190 ATTGCTGCGTCGCAAGGCCGGCTCTCTTTGAATTTCCAGGTCTATGTACCTTACACACCC 249

Fund 241 CAATTGTATAATGAAGAATGTAGTCAATGGGCTCTAAGCCTATAAAACAAAATACAACTT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Typus 250 CAATTGTATAATGAAGAATGTAGTCAATGGGCTCTAAGCCTATAAAACAAAATACAACTT 309

Fund 301 TTAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Typus 310 TTAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAA 369

Fund 361 TGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Typus 370 TGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTA 429

Fund 421 CTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTCATCAGTTTTGTAACG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Typus 430 CTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTCATCAGTTTTGTAACG 489

Fund 481 AGACTGTGGGATTGGATGTGGGGGTTTGTGTAGGCTGCCTCAGTGCGGTCTGCTCCCCTG 540
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Typus 490 AGACTGTGGGATTGGATGTGGGGGTTTGTGCAGGTTGCCTCAGTGCGGTCTGCTCCCCTG 549

Fund 541 AAATGCATTAGCGAGTTCAAACTGGGCTCCGTCTATTGGTGTGATAATTATCTACGCCGT 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Typus 550 AAATGCATTAGCGAGTTCAAACTGGGCTCCGTCTATTGGTGTGATAATTATCTACGCCGT 609

Fund 601 GGATTGAGCTTAGACTTGCTTCTAACCGTCCGCAAGGACAATTTTTTGACAA-TTGACCT 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Typus 610 GGATTGAGCTTAGACTTGCTTCTAACCGTCCGCAAGGACAATTTTTTGACAATTTGACCT 669

Fund 660 CAAATCAGGTA 670
|||||||||||
Typus 670 CAAATCAGGTA 680[/font]

[font="Arial"]Einen weitern Vergleich machte ich unter anderen mit der Sequenz D01_3280_1F_D01 ITS4_106 von Andreas:[/font][font="Courier"]
>D01_3280_1F_D01 ITS4_106[/font][font="Courier"]
GCATTAGCGAGTTCAAACTGGGCTCCGTCTATTGGTGTGATAATTATCTACGCCGTGGATTGAGCTTAGACTTGCTTCTAACCGTCCGCAAGGAC
AATTTTTTGACAATTGACCTCAANNNAGGTAGANNNNNTCCTTGGTACTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTCATC
AGTTTTGTAACGAGACTGTGGGATTGGATGTGGGGGTTTGTGCAGGCTGCCTCAGTGCGGTCTGCTCCCCTGAAATAGCCTATAAAACAAAATAC
AACTTTTAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGA
ATCTTTGAACGCACCTTGCGCGATCTGGATAACCCTCGCTTTACACAAGCGGATGCAAGGATTGCTGCGTCGCAAGGCCGGCTCTCTTTGAATTT
CCAGGTCTATGTACCTTACACACCCCAATTGTATAATGAAGAATGTAGTCAATGGGCTCTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACNTGC
GGAAGGATCATTAATGAATATCTATGGTGTTGGTTGTAGCTGGCTTCTCGGAGCATGTGCACGCCCACCATTTTTATCTTTCCACCTGTGCACTT
AATGTATCTTTGGTCNNNTTAGAGGAAGTA[/font]

Hier mal in einer Darstellung die nur den Unterschied zeigt (gefällt mir sehr gut):
99.1% identity

[font="Courier New"] 10 20 30 40 50 60
Fund GAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAATGAATA
2380 ....................................[/font][font="Courier New"]N.......................

70 80 90 100 110 120
Fund TCTATGGTGTTGGTTGTAGCTGGCTTCTCGGAGCATGTGCACGCCCACCATTTTTATCTT
2380 ............................................................

130 140 150 160 170 180
Fund TCCACCTGTGCACTTGATGTAGATCTGGATAACCCTCGCTTTACACAAGCGGATGCAAGG
2380 ...............A............................................

190 200 210 220 230 240
Fund ATTGCTGCGTCGCAAGGCCGGCTCTCTTTGAATTTCCAGGTCTATGTACCTTACACACCC
2380 ............................................................

250 260 270 280 290 300
Fund CAATTGTATAATGAAGAATGTAGTCAATGGGCTCTAAGCCTATAAAACAAAATACAACTT
2380 ............................................................

310 320 330 340 350 360
Fund TTAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAA
2380 ............................................................

370 380 390 400 410 420
Fund TGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTA
2380 ............................................................

430 440 450 460 470 480
Fund CTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTCATCAGTTTTGTAACG
2380 ............................................................

490 500 510 520 530 540
Fund AGACTGTGGGATTGGATGTGGGGGTTTGTGTAGGCTGCCTCAGTGCGGTCTGCTCCCCTG
2380 ..............................C.............................

550 560 570 580 590 600
Fund AAATGCATTAGCGAGTTCAAACTGGGCTCCGTCTATTGGTGTGATAATTATCTACGCCGT
2380 ............................................................

610 620 630 640 650 660
Fund GGATTGAGCTTAGACTTGCTTCTAACCGTCCGCAAGGACAATTTTTTGACAATTGACCTC
2380 ............................................................

670
Fund AAATCAGGTA
2380 ..NNN.....[/font]
[font="Arial"]
Und das bedeutet es ist...... der Tonblasse Mürbling (Psathyrella fatua) - ein tolles Schwammerl:[/font]

[font="Arial"]
[/font]
[font="Arial"]
[/font]
[font="Arial"]

Hygrophanisiert:

[/font]
[font="Arial"]
[/font]
[font="Arial"]So ging wieder mal ein spannendes Schwammer-Abenteuer zu Ende... [/font]
[font="Times New Roman"][font="Arial"]Ich freue mich über Eure Kommentare.
Beste Grüße
Dieter[/font][/font]

**Ingo W** · 11. Februar 2017

Hallo Dieter!

Sehr interessanter Beitrag, welcher vermittelt, was ihr euch für Arbeit für eine gute Bestimmung macht, und was für Möglichkeiten dazu genutzt werden können.

Zitat

Psathyrella fatua und Psathyrella spadiceogrisea agg. lassen sich definitiv weder makroskopisch noch mikroskopisch unterscheiden.

Woher weißt du das?
Dann müsstest du schon spadiceogriseo gegenüberstellen.

Will deinen Optimismus nicht dämpfen, aber bisher weißt du nur, dass du einen Pilz hast, dessen Sequenz mit einer anderen gut übereinstimmt, die den Namen Ps. fatua trägt.

VG Ingo W

**Beorn** · 11. Februar 2017

Moin, Dieter!

Wunderbare Dokumentationen, auch dieses Mal.

Wenn man zwei Pilze hat, die sich nur durch eine ITS - Sequenz unterscheiden, morphologisch aber identische Variationsbreiten haben, ist das immer eine schwierige Sache. Vor allem in der Interpretation. Was für unser Verständnis in so einem Fall ja sehr interessant wäre: Ob sich Pilz mit Sequenz A und Pilz mit Sequenz B kreuzen lassen. Wenn ja kann man einfach davon ausgehen, daß die Abweichung in der ITS - Sequenz in dem Fall nicht relevant ist. Wenn nein: Dann können das schon gut zwei Arten sein, und dann sollte man vor allem weiter nach den Punkten suchen, in denen sie sich auch morphologisch unterscheiden. Vermutlich gibt es immer irgendwelche Merkmale, nur haben wir die noch nicht gefunden. Da darf man ruhig etwas kreativ sein, um es mal übertrieben und etwas spaßhaft zu formulieren: Daß die Zystiden mit Mangosaft angefärbt bei der einen Art nach Krabbenbrot schmecken, und bei der anderen nach Salbeibutter.
Trotzdem ist es ja richtig so, wenn man einen Pilz untersucht hat und auch eine Sequenz dazu vorliegt, ihn erstmal so zu nennen, wie es am besten mit morphologischen Merkmalen und anderen Sequenzen zusammen passt.
Man sollte sich nur immer klar machen, daß Sequenzen (und der ITS - Abschnitt ist nicht immer ideal) halt auch nur ein Merkmal von vielen sind. Und sehr vorsichtig interpretiert werden müssen (= immer auch kritisch hinterfragt). Wie alle anderen merkmale auch. Wenn man das denn tut, sind sie ein hervorragendes Werkzeug zur Forschung. Wenn man Sequenzen unkritisch verwendet so nach dem Motto "Sequenz = Name der Pilzart" (ohne Berücksichtigung der Morphologie), sind die sie einfach nur für die Tonne, weil völlig irrelevant.

LG, Pablo.

**Ingo W** · 11. Februar 2017

Hallo!

Ja, da spricht der Pablo gleich noch das andere Problem an, nämlich, dass man wohl bei jeder Gattung neufestlegen muss, ab wann ungefähr, also ab wieviel Abweichung man von einer neuen Art sprechen kann. Ich meine, dass bei Pezicula (einer Becherart) die ITS von morphologisch augenscheinlich verschiedenen Arten wohl gerne eine Übereinstimmung von 99-100% bringen. Da muss man wohl nach einer geigneteren Sequenz-Passage suchen, um die Unterschiede zu dokumentieren.

Zum Thema Kreuzung möchte ich nochmal ein altes Beispiel aufgreifen, dass mir bisher nicht aus dem Kopf ging:

Stellen wir uns im westlichen Europa den Fliegenpilz vor, fangen wir in GB an. Diese Aufsammlung unterscheidet sich nur gering von einer Nachbaraufsammlung in Portugal. Übereinstimmung der Sequenzen fast perfekt 99%.

Die Aufsammlung von Portugal stimmt fast perfekt 99% mit einer Aufsammlung in Spanien überein. Sind in Versuchen alle drei noch gut miteinander kreuzbar.

Wir ziehen auf diese Art und Weise jetzt immer weiter nach Osten, jedes Mal ist die Sequenzübereinstimmng der Nachbarn 99%, jedes Mal weicht also nur ein Basenpaar ab oder vielleicht 2, jedesmal kommen wir auf das Ergebnis muss Fliegenpilz sein.

Jetzt sind wir mit dieser Methode am Ural angekommen, auch dort sind die Pilze noch unpolitisch und der ukrainische Fund hat 99% Übereinstimmung mit dem russischen, also dort auch noch Fliegenpilz, dort auch noch miteinander kreuzbar, dort auch nur Abweichung 1 Basenpaar der Nachbararten.

Vergleicht man aber jetzt den letzten der Serie, also den russischen mit dem ersten, dem GB-Fund, und lässt sich dort die Abweichung ausdrucken, sind wir eventuell bei einer Übereinstimmung der Basenpaare von nur noch 95%, und vielleicht sind diese auch nicht mehr miteinander kompatibel.
Und jetzt?
Eigentlich könnten die russischen Mykologen ja jetzt eine neue Art beschreiben, denn die "übliche" Abweichung zur britisch hinterlegten Sequenz reicht aus.

VG Ingo W

Edit:
Beispiel Pablo

Zitat

Vermutlich gibt es immer irgendwelche Merkmale, nur haben wir die noch nicht gefunden. Da darf man ruhig etwas kreativ sein, um es mal übertrieben und etwas spaßhaft zu formulieren: Daß die Zystiden mit Mangosaft angefärbt bei der einen Art nach Krabbenbrot schmecken, und bei der anderen nach Salbeibutter.

=

Dieter, das soll dich auf keinen Fall runterziehen oder den schönen Beitrag schmälern, aber das sind mitunter so die Gedanken, die ich mir mache.
Bei den Mollisien gibt es gleiche Beispiele. Einmal hat man welche als sehr eindeutig (die rucken und zucken nicht in den Sequezen, sind schön festgelegt, kaum Abweichung) und dann gibt es andere, die streuen wahnsinnig, da sieht man in den "Bäumchen" gar nicht wo die anfangen und aufhören wollen.

**Schwammer-Dieter** · 11. Februar 2017

Hallo Ingo,

Zitat von Ingo W

Zitat

Psathyrella fatua und Psathyrella spadiceogrisea agg. lassen sich definitiv weder makroskopisch noch mikroskopisch unterscheiden.

Woher weißt du das?

Von Andreas

Zitat von Ingo W

Dann müsstest du schon spadiceogriseo gegenüberstellen.

Makroskopische und mikroskopische Gegenüberstellung folgt in einem meiner folgenden Beiträge.
(keine konstanten Unterschiede)
Sequenz-Gegenüberstellung:
Gerne als 1 Beispiel in der Kürze der Zeit:

[font="Courier New"]Psathyrella spadiceogrisea voucher LO92-01 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence[/font]

[font="Courier New"]Sequence ID: DQ389682.1 Length: 1626
Score 1075 bits(582)
Expect 0.0
Identities[/font]
[font="Courier New"]646/676(96%)
Gaps[/font]
[font="Courier New"]7/676(1%)
Strand
Plus/Minus[/font]

[font="Courier New"]Query 1 TACCTGATTTGAGGTCAA-TTGTCAAAAAATTGTCCTTGCGGACGGTTAGAAGCAAGTCT 59
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 682 TACCTGATTTGAGGTCAAATTGTCAAAAGATTGTCCTTGCAGACGGTTAGAAGCAAGTCT 623

Query 60 AAGCTCAATCCACGGCGTAGATAATTATCACACCAATAGACGGAGCCCAGTTTGAACTCG 119
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 622 AAGCCCAATCCACGGCGTAGATAATTATCACACCAATAGACGGAGCCCAGTTTGAACTCG 563

Query 120 CTAATGCATTTCAGGGGAGCAGACCGCACTGAGGCAGCCTACACAAACCCCCACATCCAA 179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 562 CTAATGCATTTCAGGGGAGCAGACCGCACTGAGGCAGCCTGCACAAACCCCCACATCCAA 503

Query 180 TCC-C--ACAGTCTCGTTACAAAACTGATGAGGTTGAGAATTTAATGACACTCAAACAGG 236
| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 502 GCCTCATACAGTCTCATTACAAAACTGATAAGGTTGAGAATTTAATGACACTCAAACAGG 443

Query 237 CATGCTCCTCGGAGTACCAAGGAGCGCAAGGTGCGTTCAAAGATTCGATGATTCACTGAA 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 CATGCTCCTCGGAGTACCAAGGAGCGCAAGGTGCGTTCAAAGATTCGATGATTCACTGAA 383

Query 297 TTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCAAG 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 382 TTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCAAG 323

Query 357 AGATCCGTTGCTAAAAGTTGTATTTT-GTTTTATAGGCTTAGAGCCCATTGACTACATTC 415
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 322 AGATCCGTTGCTAAAAGTTGTATTTTTGTTTTATAGGCTTAAAGCCCATTGACTACATTC 263

Query 416 TTCATTATACAATTGGGGTGTGTAAGGTACATAGACCTGGAAATTCAAAGAGAGCCGGCC 475
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 262 TTCATCATACGATTGGGGTGTGTAAGGTACATAGACCTGGAAATTCAAAGAGAGCCGGCC 203

Query 476 TTGCGACGCAGCAATCCTTGCATCCGCTTGTGTA-AAGCGAGGGTTATCCAGATCTACAT 534
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 202 TTGCGACGCAGCAATCCTCGCATCCGCTCGTGTATAAGCGAGAGTTATCCAGATCTACAT 143

Query 535 CAAGTGCACAGGTGGAAAGATAAAAATGGTGGGCGTGCACATGCTCCGAGAAGCCAGCTA 594
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 142 TAAGTTCACAGGTGGAAAGATAAAAATGGCGGGCGTGCACATGCTCCGAGAAGCCAGCTA 83

Query 595 CAACCAACACCATAGATATTCATTAATGATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTG 654
||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||||||||||||||||| |
Sbjct 82 CAACCAACACCATAGATATGCATTAATGATTCATTCGCAGGTTCACCTACGGAAAACATG 23

Query 655 TTACGACTTTTACTTC 670
||||||||| |||||
Sbjct 22 GTACGACTTT-ACTTC 8[/font]

Zitat von Ingo W

Will deinen Optimismus nicht dämpfen,

Keine Sorge, Du hat meinen Optimismus nicht gedämpft

Zitat von Beorn

Moin, Dieter!
Wunderbare Dokumentationen, auch dieses Mal.

DANKE!!!

Zitat von Beorn

Wenn man zwei Pilze hat, die sich nur durch eine ITS - Sequenz unterscheiden, morphologisch aber identische Variationsbreiten haben, ist das immer eine schwierige Sache. Vor allem in der Interpretation. Was für unser Verständnis in so einem Fall ja sehr interessant wäre: Ob sich Pilz mit Sequenz A und Pilz mit Sequenz B kreuzen lassen. Wenn ja kann man einfach davon ausgehen, daß die Abweichung in der ITS - Sequenz in dem Fall nicht relevant ist. Wenn nein: Dann können das schon gut zwei Arten sein, und dann sollte man vor allem weiter nach den Punkten suchen, in denen sie sich auch morphologisch unterscheiden.
Vermutlich gibt es immer irgendwelche Merkmale, nur haben wir die noch nicht gefunden. Da darf man ruhig etwas kreativ sein, um es mal übertrieben und etwas spaßhaft zu formulieren: Daß die Zystiden mit Mangosaft angefärbt bei der einen Art nach Krabbenbrot schmecken, und bei der anderen nach Salbeibutter.
Trotzdem ist es ja richtig so, wenn man einen Pilz untersucht hat und auch eine Sequenz dazu vorliegt, ihn erstmal so zu nennen, wie es am besten mit morphologischen Merkmalen und anderen Sequenzen zusammen passt.

Der einzige Punkt den ich gefunden hatte war die speckig glänzende Huthaut, weshalb ich sie schon als Psathyrella cf. fatua vorbestimmte (das hab ich Euch verschwiegen, gell ;-)).
Die genomische Analyse machte ich quasi zur Bestätigung und zur Übung natürlich, für das für mich total neue Gebiet der Schwammerl-Bestimmung.
Bitte verzeiht also den ein oder anderen Fehlgedanken meinerseits. Bin ja Anfänger.
In kommenden Analysen aus 2016 werdet ihr auch die Sequenzen von Psathyrella spadiceogrisea sehen. Allerdings werde ich diese wohl vorläufig nur als agg. bezeichnen können.

Zitat von Beorn

Man sollte sich nur immer klar machen, daß Sequenzen (und der ITS - Abschnitt ist nicht immer ideal) halt auch nur ein Merkmal von vielen sind. Und sehr vorsichtig interpretiert werden müssen (= immer auch kritisch hinterfragt). Wie alle anderen merkmale auch. Wenn man das denn tut, sind sie ein hervorragendes Werkzeug zur Forschung. Wenn man Sequenzen unkritisch verwendet so nach dem Motto "Sequenz = Name der Pilzart" (ohne Berücksichtigung der Morphologie), sind die sie einfach nur für die Tonne, weil völlig irrelevant.

Ja, ich denke ich hab den Pilz kritisch hinterfragt - zumindest für mein Können zu diesem Zeitpunkt... das ist für mich OK.
Neue spannende Gen-Abenteuer folgen bald. Da sind auch schöne grafische Spielchen dabei wie man Sequenzen vergleichen kann und so...

So, und dass wir das ganze noch rund machen - ich habe ja geschrieben "Ich verglich mit den Daten der ITS-Region unter anderem mit Andreas' Sequenz D01_3280_1F_D01 ITS4_106".
Logischer weise auch der Psathyrella fatua Typus dabei gewesen. und siehe da:

[font="Courier New"]Psathyrella fatua voucher LO132-97 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence
[/font]

[font="Courier New"]Sequence ID: DQ389681.1 Length: 1622 Number of Matches: 1
Score 1184 bits(641)
Expect[/font]

[font="Courier New"]0.0
Identities
661/671(99%)
Gaps
2/671(0%)
Strand
[/font][font="Courier New"]Plus/Minus

Query 1 TACCTGATTTGAGGTCAA-TTGTCAAAAAATTGTCCTTGCGGACGGTTAGAAGCAAGTCT 59
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 680 TACCTGATTTGAGGTCAAATTGTCAAAAAATTGTCCTTGCGGACGGTTAGAAGCAAGTCT 621

Query 60 AAGCTCAATCCACGGCGTAGATAATTATCACACCAATAGACGGAGCCCAGTTTGAACTCG 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 AAGCTCAATCCACGGCGTAGATAATTATCACACCAATAGACGGAGCCCAGTTTGAACTCG 561

Query 120 CTAATGCATTTCAGGGGAGCAGACCGCACTGAGGCAGCCTACACAAACCCCCACATCCAA 179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 560 CTAATGCATTTCAGGGGAGCAGACCGCACTGAGGCAACCTGCACAAACCCCCACATCCAA 501

Query 180 TCCCACAGTCTCGTTACAAAACTGATGAGGTTGAGAATTTAATGACACTCAAACAGGCAT 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 TCCCACAGTCTCGTTACAAAACTGATGAGGTTGAGAATTTAATGACACTCAAACAGGCAT 441

Query 240 GCTCCTCGGAGTACCAAGGAGCGCAAGGTGCGTTCAAAGATTCGATGATTCACTGAATTC 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 GCTCCTCGGAGTACCAAGGAGCGCAAGGTGCGTTCAAAGATTCGATGATTCACTGAATTC 381

Query 300 TGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCAAGAGA 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 TGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCAAGAGA 321

Query 360 TCCGTTGCTAAAAGTTGTATTTTGTTTTATAGGCTTAGAGCCCATTGACTACATTCTTCA 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 320 TCCGTTGCTAAAAGTTGTATTTTGTTTTATAGGCTTAGAGCCCATTGACTACATTCTTCA 261

Query 420 TTATACAATTGGGGTGTGTAAGGTACATAGACCTGGAAATTCAAAGAGAGCCGGCCTTGC 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 TTATACAATTGGGGTGTGTAAGGTACATAGACCTGGAAATTCAAAGAGAGCCGGCCTTGC 201

Query 480 GACGCAGCAATCCTTGCATCCGCTTGTGTAAAGCGAGGGTTATCCAGATCTACATCAAGT 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 200 GACGCAGCAATCCTTGCATCCGCTTGTGTAAAGCGAGGGTTATCCAGATCTACATTAAGT 141

Query 540 GCACAGGTGGAAAGATAAAAATGGTGGGCGTGCACATGCTCCGAGAAGCCAGCTACAACC 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 140 GCACAGGTGGAAAGATAAAAATGGTGGGCGTGCACATGCTCCGAGAAGCCAGCTACAACC 81

Query 600 AACACCATAGATATTCATTAATGATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACG 659
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 80 AACACCATAGATATTCATTAAT-ATCCTTACGCAGGTTCACCTACGGAAACATGNTTACG 22

Query 660 ACTTTTACTTC 670
|||| ||||||
Sbjct 21 ACTTATACTTC 11
[/font]
Andreas hat Psathyrella fatua auch nochmal gegengeprüft.
Somit hake ich den auch so ab.

Beste Grüße
Dieter

**Beorn** · 11. Februar 2017

Moin.

So in etwa müsste man das im Hinterkopf haben, ja.

Nur daß mein Kommentar nicht mißverstanden wird: Erstens: Genetik ist ein wichtiges Thema und öffnet eine Menge Türen auch in der Mykologie. Also Türen, die uns einen besseren Blick und ein Besseres Verständnis von Arten und Artentwicklungen verschaffen. Zweitens: Super Vorstellung eines Fundes, dazu eine Sequenz ermittelt und beides zusammen (Morphologie und Genetik) schön dokumentiert. Genau so muss das sein, egal welcher Name da am Ende steht und welches Verständnis dieser Sippe wir in 20 Jahren haben.
Genau so wie du das hier machst, bringt das die Mykologie wissenschaftlich voran.
Ganz im Gegensatz zu solchen Albernheiten, wie zB einen Kubikdezimeter Waldboden durchzusequenzieren und daraus 10 neue Arten zu beschreiben. Sowas ist Tinnef, hat wissenschaftlich null Aussagekraft und ist das Papier nicht wert, auf dem nachher die Ergebnisse gedruckt werden. Die Dokumentation hier ist eben das Gegenteil dazu und hat sehr wohl einen mykologischen Wert.
Warum das so ist, siehe Kommentare von Ingo und mir.

LG, Pablo.

**Climbingfreak** · 11. Februar 2017

Hallo Dieter,

wieder mal sehr tolle Dokumentationen. Auch herzlichen Glückwunsch zur Psathyrella.

Was mich bei deinem Fund/deiner genet. Auswertung umtreibt. Wer hat das ausgewertet? Mit welchem Programm? Wurde ein enstprechendes Alignment gemacht? Von wem stammen die Sequenzdaten? Wurde ein phyllogenetischer Stammbaum angefertigt? Wie sehen die Bootstrap-Werte aus? Ich könnte die Liste der Fragen noch beliebig verlängern!

Sequenzierung ist das eine wunderbare Methode. Leider nützt das nicht viel, wenn die Daten nicht gescheit ausgewertet wurden. Dazu braucht man schon eine ziemlich gehörige Portion Fachwissen! Ich hatte letztes Jahr das Glück den Sequenzierkurs von Marko Thines zu besuchen. Was ich dort gelernt habe: Eine gescheite Auswertung geht nur mit viel Erfahrung, einem gehöriges Verständnis für Stochastik inkl. ein Verständnis, was da eigentlich miteinander verglichen wird.

l.g.
Stefan

**Schwammer-Dieter** · 11. Februar 2017

Servus Stefan,

Zitat von Climbingfreak

wieder mal sehr tolle Dokumentationen. Auch herzlichen Glückwunsch zur Psathyrella.

danke Danke

Zitat von Climbingfreak

Wer hat das ausgewertet?

Zuerst ich, dann 2 Profis die ich nicht mit Namen nenne.

Zitat von Climbingfreak

Mit welchem Programm?

Ich: FinchTV, Visual Bioinformatics, DNA Baser, Integrated Genome Browser, Chromatogram Explorer und weitere - alles zu Übungszwecken.

Zitat von Climbingfreak

Wurde ein enstprechendes Alignment gemacht?

Ääääähmmm - Stefan, weißt Du wirklich was ein Alignment ist? Dann kannst Du Dir die Antwort selbst geben.

Zitat von Climbingfreak

Von wem stammen die Sequenzdaten?

Von Psathyrella fatua. Scherz bei Seite - von einem Profi.

Zitat von Climbingfreak

Wurde ein phyllogenetischer Stammbaum angefertigt?

Mit einer einzigen Art kann man keinen DNA-Baum erstellen. Dazu musst Du mehrere Arten haben, und diese in ihrer Entstehungsgeschichte untersuchen... Naja, aber so auf Die schnelle kann ich Dir das jetzt nicht erklären.

Zitat von Climbingfreak

Wie sehen die Bootstrap-Werte aus?

Stefan, Bootstrap-Werte gibt es hier nicht.

Beste Grüße

Dieter

**Ingo W** · 11. Februar 2017

Hallo!

Zitat

Nur daß mein Kommentar nicht mißverstanden wird: Erstens: Genetik ist ein wichtiges Thema und öffnet eine Menge Türen auch in der Mykologie. Also Türen, die uns einen besseren Blick und ein Besseres Verständnis von Arten und Artentwicklungen verschaffen. Zweitens: Super Vorstellung eines Fundes, dazu eine Sequenz ermittelt und beides zusammen (Morphologie und Genetik) schön dokumentiert. Genau so muss das sein, egal welcher Name da am Ende steht und welches Verständnis dieser Sippe wir in 20 Jahren haben.
Genau so wie du das hier machst, bringt das die Mykologie wissenschaftlich voran.

Da hat der Pablo wieder meine Gedanken aufgeschrieben. Funktioniert sehr gut außerhalb des APRs.

Zitat

Ganz im Gegensatz zu solchen Albernheiten, wie zB einen Kubikdezimeter Waldboden durchzusequenzieren und daraus 10 neue Arten zu beschreiben. Sowas ist Tinnef, hat wissenschaftlich null Aussagekraft und ist das Papier nicht wert, auf dem nachher die Ergebnisse gedruckt werden.

Dieser Sport ist total verrückt und muss eine Zeitlang sehr aktuell gewesen sein, denn ich stolper ständig über solche Waldboden-Kulturen, welche dann als beschriebene Art irgendwo im besten Fall als NFF von Becherchen auftauchen.

Zitat

Der einzige Punkt den ich gefunden hatte war die speckig glänzende Huthaut, weshalb ich sie schon als Psathyrella cf. fatua vorbestimmte

Siehst du, das sind die geheimen Zeichen. Ich finde den auch durchschnittlich ziemlich klein und von der Farbe her schon irgendwie abweichend.

Vollkommen klar ist mir, dass man jetzt ein beliebig vorgelegtes Fruchtkörper-Exemplar der Ps. fatua nicht unbedingt eindeutig zuordnen kann, aber ich denke, im Idealfall, wenn man die Fundort-Ökologie selber gesehen hat, und viele Fruchtkörper der Kollektion von jung bis alt am Fundort studieren konnte, dann denke ich, dass vielleicht ein guter Art-Zuordnungsgedanke im Vorfeld möglich ist.
Dass irgendwas geht beim Auseinanderhalten hast du ja selbst schon beinahe bewiesen mit deiner Vorbestimmung, müsste halt öfter klappen.
Ich denke mal, so war das auch von Andreas gemeint.

VG Ingo W

**pilzmel** · 11. Februar 2017

Hallo zusammen,
ich hänge mich mal rein, weil ich zitiert wurde.
Meine Meinung deckt sich mit vielen Aussagen. Insbesondere mit der Gewichtung morphologischer vs. molekularer Merkmale. Letztere nutze ich persönlich nur wenn ich nicht mehr weiter weiß, um ein weiteres Merkmal zu gewinnen, oder weil (wie es sich heuer eingebürgert hat) mir sonst niemand glaubt. Manchmal denke ich auch insgeheim, es scheint sich eine ungeheure Bequemlichkeit breitgemacht haben. Erstmal sequenzieren, dann gucken. Auf diesem Wege hat sich übrigens ein Riesenhaufen Datenmüll in der Genbank angesammelt. Und ebenso heimlich weitergedacht, so richtig scheint sich die hardcore-Wissenschaft nicht mehr für die Morphologie zu interessieren.
Und kurz noch zu Dieters fatua. Ich kenne tatsächlich keinen Trick, spadiceogrisea und fatua immer perfekt zu trennen. Die Merkmale sind schwammig. Also greife ich hier gerne zur Sequenzierung, zumal der Typus von fatua definiert ist. Und wenn dann die höchste Übereinstimmung bei diesem greift, dann ist das halt fatua.
Dieters Beispiel von spadiceogrisea LO92-01 (DQ389682) ist allerdings casca (sorry für den Schlaumeiermodus).
Beste Grüße,
Andreas

**Schwammer-Dieter** · 11. Februar 2017

Zitat von pilzmel

Dieters Beispiel von spadiceogrisea LO92-01 (DQ389682) ist allerdings casca.

Hihii... ja so schnell geht's
OK zu den Spadiceogriseas kommen wir ja noch später...
Bis bald
Dieter

**Ingo W** · 11. Februar 2017

Hallo!

Wenn der Dieter noch einmal schreibt, haben wir hier auch noch ein Jubiläum, ein Beitragsjubiläum.

Pilzmel meint:

Zitat

Erstmal sequenzieren, dann gucken. Auf diesem Wege hat sich übrigens ein Riesenhaufen Datenmüll in der Genbank angesammelt. Und ebenso heimlich weitergedacht, so richtig scheint sich die hardcore-Wissenschaft nicht mehr für die Morphologie zu interessieren.

Ich habe sogar manchmal das Gefühl, dass Feldmykologen belächelt werden und gar nicht mehr zählen, sobald Sequenzen ins Spiel kommen.
Diese Nur-Sequenzierer richten nach meiner Ansicht gar nichts ordentliches aus. Eigentlich Müllproduzenten, bloß dass der Müll auch noch wichtig genommen wird.

Beides muss Hand in Hand gehen, nur das bringt ´s!!

VG Ingo W

**Beorn** · 11. Februar 2017

Moin!

Zitat von Ingo W

Zitat

Ganz im Gegensatz zu solchen Albernheiten, wie zB einen Kubikdezimeter Waldboden durchzusequenzieren und daraus 10 neue Arten zu beschreiben. Sowas ist Tinnef, hat wissenschaftlich null Aussagekraft und ist das Papier nicht wert, auf dem nachher die Ergebnisse gedruckt werden.

Dieser Sport ist total verrückt und muss eine Zeitlang sehr aktuell gewesen sein, denn ich stolper ständig über solche Waldboden-Kulturen, welche dann als beschriebene Art irgendwo im besten Fall als NFF von Becherchen auftauchen.

Sach ich ja. Gehört gelöscht der ganze Quatsch.
Muss man vielleicht mal den Moderator von den entsprechenden Datenbanken anhauen. Nur gut, daß ich das nicht bin.

Zitat von pilzmel

Auf diesem Wege hat sich übrigens ein Riesenhaufen Datenmüll in der Genbank angesammelt. Und ebenso heimlich weitergedacht, so richtig scheint sich die hardcore-Wissenschaft nicht mehr für die Morphologie zu interessieren.

Und es freut mich, daß du da ins selbe Horn bläst, Andreas.
Eben als ein weiterer Profi (wenn auch "unbezahlt"), der nämlich tatsächlich wissenschaftlich arbeitet.

Ob man aber von Hardcore - Wissenschaft in dem ZUsammenhang reden kann...
Eigentlich ist es eher ein Rumdaddeln mit technischen Möglichkeiten. Der treffendere Begriff wäre "Pseudo - Wissenschaft".
Also sowas wie "Alternative Fakten".

LG; Pablo.

**Climbingfreak** · 12. Februar 2017

Hi,

ich befürchte, dass oben meine Intention mit den Fragen misverstanden worden sein könnte; deswegen jetzt noch eine Antwort.

Zitat von pilzmel

Hallo zusammen,
ich hänge mich mal rein, weil ich zitiert wurde.
Meine Meinung deckt sich mit vielen Aussagen. Insbesondere mit der Gewichtung morphologischer vs. molekularer Merkmale. Letztere nutze ich persönlich nur wenn ich nicht mehr weiter weiß, um ein weiteres Merkmal zu gewinnen, oder weil (wie es sich heuer eingebürgert hat) mir sonst niemand glaubt. Manchmal denke ich auch insgeheim, es scheint sich eine ungeheure Bequemlichkeit breitgemacht haben. Erstmal sequenzieren, dann gucken. Auf diesem Wege hat sich übrigens ein Riesenhaufen Datenmüll in der Genbank angesammelt. Und ebenso heimlich weitergedacht, so richtig scheint sich die hardcore-Wissenschaft nicht mehr für die Morphologie zu interessieren.
Und kurz noch zu Dieters fatua. Ich kenne tatsächlich keinen Trick, spadiceogrisea und fatua immer perfekt zu trennen. Die Merkmale sind schwammig. Also greife ich hier gerne zur Sequenzierung, zumal der Typus von fatua definiert ist. Und wenn dann die höchste Übereinstimmung bei diesem greift, dann ist das halt fatua.
Dieters Beispiel von spadiceogrisea LO92-01 (DQ389682) ist allerdings casca (sorry für den Schlaumeiermodus).
Beste Grüße,
Andreas

Alles anzeigen

Hallo Andreas,

ich finde den Schlaumeiermodus an dieser Stelle sehr wohl angebracht. Ich hatte ja, wie oben erwähnt letztes Jahr den Kurs bei Marco besucht. Natürlich haben wir uns auch über Sequenzierung und Morphologie ausgetauscht. Er war auch der Meiunung, dass die Sequenz nicht allein den Ausschlag geben darf, ob ein Fruchtkörper eine neue Art bildet. Eine andere Art sollte seiner Meinung auch sich morphologisch unterscheiden sollte. Ich halte es durchaus auch für legitim, dass nach der Sequenzierung zweier ähnlicher Arten erst die morphologischen Unterschiede "gesucht" werden. Es ist dann durchaus so, dass bestimmte Erkennungsmerkmale nicht im Standardprogramm der Pilzbestimmung verankert sind. Wenn diese Unterschiede aber erstmal gefunden und in anderen Exsiccaten (auch mit Sequenzierungsdaten untestützt) dieser Art gefunden werden und in der ähnlichen Art nicht, dann ist das ein übersehenes Unterscheidungsmerkmal. Ditte hat in Ihrem Vortag zur DGfM-Tagung auch 1-2 Beispiele von Ihrer Abeit in ihrem wunderbaren Vortrag erwähnt.

Hallo Dieter

meine Fragen oben haben bezüglich Stammbaum und Bootstrap-Werten durchaus auch einen fachlichen Hintergrund gehabt. Marco meinte, dass bei einer gescheiten genet. Untersuchung der Stammbaum mit dazugehört. Du kannst dafür sehr gut auch Sequenzen aus den Datenbanken nehmen und diese vergleichen. Da kommen spannende Erkenntnisse bei rum. Zum Beispiel gibt es in den Datenbanken Sequenzen von Hypholoma fasciculare, die nie und nimmer von ein und derselben Art stammen können. Das beweist aber auch, dass es Sequenzdaten gibt, die falsch benamst sind, und somit "Müll" (wurde ja auch schon erwähnt). Da ist es auch wichtig zu sehen, wer diese Daten eingestellt hat etc. Ich hatte damals einen eigenen Fund von Hypholoma elongatum selber sequenziert. Leider gab es keine Daten von Hypholoma polytrichi, was ich sehr schade fand.

Wenn ich also kritisch nachfrage, ist das keine Beleidigung von mir. Bei solchen Sequenzierungen ist es immer wichtig zu verstehen was geschieht und das man die Daten kritisch und mit Bedacht auswertet. Alles andere ist in meinen Augen nicht seriös.

Die obigen Zeilen sind eine Wiedergabe meiner Einschätzung zu dem Thema und sollen bitte nicht als Einschätzung der Arbeitsweise deiner erwähnten Experten misverstanden werden.

l.g.
Stefan

**Rada** · 12. Februar 2017

Ich würde gerne den Diskussionsfaden "Sequenzierung" von Dieters wundervollen Bericht lösen. Zum einen, weil die Bedenken hinsichtlich der Sequenzierung sonst vielleicht als Kritik an Dieters Ergebnissen aufgefasst werden, und die Sache möglicherweise ins persönliche abgleiten könnte. Zum anderen aber auch, um den Bericht hier nicht zu verwässern.

Darum bitte ich, die allgemeine Diskussion hier

http://www.pilzforum.eu/board/…r-fluch-der-sequenzierung

fortzuführen.

**Schwammer-Dieter** · 18. Februar 2017

Zitat von Climbingfreak

Wenn ich also kritisch nachfrage, ist das keine Beleidigung von mir. Bei solchen Sequenzierungen ist es immer wichtig zu verstehen was geschieht und das man die Daten kritisch und mit Bedacht auswertet. Alles andere ist in meinen Augen nicht seriös.

Sorry für die verspätete Antwort, ich hatte vie zu tun.
ne nee - passt schon Stefan.
Gerne schreibe ich in meinen nächsten Bericht etwas mehr zu Sequenzierungen. Ich wusste nicht dass das Thema solchen Anklang findet.
Bis bald.

Ach und JUUUUUUUBEL!!!!!!!!!!!!!!!

Der 1000ste Beitrag von mir!
==Pilz24==Pilz24==Pilz24==Pilz24

Beste Grüße
Dieter

PS: Hier noch das gewünschte Phylogramm - das ist aber nur ein Ausschnitt von der Vorauswahl gewesen - entstanden während der Recherche:
[font="Times New Roman"][font="Arial"]Ausschnitt aus dem Phylogramm:[/font]
[/font]

Bericht vom 26.04.2016: Der Spaziergang am Fluss endete mit einer Sequenzierung

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